百合在养生防病治病方面，应用十分广泛，主要有以下几方面：
治疗肺热咳喘：百合甘而微寒，能清肺热，滋肺阴，润肺而止咳，可用于肺虚久咳、阴虚劳嗽等证。唐代《药性论》谓其可治“热咳逆”。《本经逢原》云其：“清金，止嗽。”《古今医案》用生百合煮粥，加蜜服用，主治肺虚咳嗽。《卫生简易方》单用鲜百合捣汁服，治肺虚咳嗽吐血。《济生方》百花膏以百合与款冬花，治咳嗽不已或痰中带血。也有用百合配合其他养阴清肺止血之品，用于治疗支气管扩张。近现代利用百合养阴润肺清热之性，用于肺结核等属于阴虚肺热之证的治疗，如古今名方《慎斋遗书》百合固金汤。动物实验证实百合具有明显的止咳祛痰作用，并可对抗组织胺引起的过敏性哮喘。
治疗心神不宁：百合味甘能补，微寒可清，可以养心阴，清虚热，补虚而宁心安神，用以治疗虚烦心悸，失眠多梦，以及百合病之燥扰不宁。《日华子本草》称其能“安心，定胆”。医圣张仲景在《金匮要略》中，以百合为君药，组成数首方剂，治疗热病后，余热未尽之“百合病”。药理实验提示，百合具有镇静作用。用百合作主料，配制成各种养生汤、养生膏，用以缓解心身疾病导致的疲乏无力、烦躁失眠等症。如百合银耳羹治疗口干多汗，虚烦不寐，百合莲子银耳羹治疗饮食无味以及失眠多梦等。
百合含有微量的秋水仙碱，具雌激素样作用，对于更年期妇女雌激素失调造成的烦躁多汗，有一定的调养作用。
治疗疮痈肿毒：《日华子本草》记载百合可治疗“乳痈，发背及诸疮肿”。指出百合对痈疮诸证具有治疗作用。《本草正义》云：“百合，为甘寒滑利之品。”甘可和，寒可清，滑可祛涩，百合具有清热解毒，利气通经之功，对于瘀热浊毒导致的痈肿疮毒，内服外用均有效。如单用百合，或煮或蒸食，治肺痈；以鲜百合外敷，治疮肿不溃。现代临床经验认为，本品外敷治疗创口发炎、久溃不敛者，效果良好。
治疗二便不利：《神农本草经》记载“利大小便”。本品为甘寒滑利之品，可用于浮肿、小便不利之证的治疗。《证治准绳》以百合与茯苓、大腹皮、紫苏等同用，主治咳喘胸闷、浮肿腹胀、小便淋涩等。《邹云翔医集》滋肾养肺汤，以百合与北沙参、麦冬、黑芝麻、桑寄生、川断、芦根、天花粉等同用，用于治慢性肾盂肾炎，症见小便淋漓，伴口干咽燥、头痛、便秘者。
肿瘤病人的调养：百合属于甘凉滑润之品。润不滞邪，凉不伤阳，润气机而助气运，融瘀结而利气机，有利于肿块的消融。
肿瘤疾病症候复杂，但浊毒瘀滞是重要因素和关键节点，处理浊毒瘀滞就自然成为治疗肿瘤的重心。百合清瘀热而解浊毒，与肿瘤的病机十分合拍。药理实验提示，百合所含的生物碱如秋水仙碱，具有抑制癌细胞有丝分裂，阻止癌细胞增殖的作用。清代《本草纲目拾遗》就指出“百合可清痰火，补虚损”，说明可选用百合调养痰火虚损导致的肿瘤。
胃脘痛的调治：《神农本草经》记载百合治“邪气腹胀，心痛”。《药性论》谓其“除心下急、满、痛”。《时方妙用》记载有百合汤。以之与乌药配伍，治疗胃脘痛。现代用药即以本品为主药，配伍乌药、川楝子等，行气止痛，治疗胃脘痛取得了良好的效果。
国医大师李佃贵在治疗胃脘痛，如慢性浅表性胃炎、慢性萎缩性胃炎方面，认为百合甘可补、寒可清，对于缓解疼痛（甘以缓急和中），修复创面（甘以养正复损），预防扭转恶变（抗恶变，治未病），防治胃脘痛再次造成的正气耗损，预防调养过程导致的壅滞，百合是一个攻守兼备的周全选择。