《本草纲目》叙药时，正名为“纲”，分项叙事为“目”。
李时珍说：“诸品首以释名，正名也。次以集解，解其出产、形状、采取也。次以辨疑、正误，辨其可疑，正其谬误也。次以修治，谨炮炙也。次以气味，明性也。次以主治，录功也。次以发明，疏义也。次以附方，著用也。或欲去方，是有体无用矣。”
李时珍的具体做法是，纲：首标药物正名，大字书写（之下小字注明出处）；目：下分8项（释名、集解、正误、修治、气味、主治、发明、附方）专题叙述。
释 名
此项内大字排列异名，各名之下小字注明出处，然后再述药名的含义等内容。
本草释名，首先从陶弘景开始，为本草释名奠定基础，但也存在一些缺点和失误，唐代苏敬等编纂的《新修本草》扩大释名范围，并纠正陶弘景的一些错谬。宋代的本草书较多，但大型的还是《开宝本草》《嘉祐本草》《证类本草》。这三部本草著作药物种类逐渐增多，引用文献资料更加丰富。尤其唐慎微在《证类本草》中引载有关本草释名的资料更多，本草释名有所发展，但未能形成系统，编著期间受到王安石《字说》的消极影响比较大。
李时珍开辟专项，大规模进行本草释名，在本草学术史上尚属首创。他不仅继承了先贤在本草释名上的优良传统，而且发挥自身深厚的学术功底，亲自考辨药物，采用名物训诂方法，如辨物订正、因字求义、因音求义等，确定了《本草纲目》所载药物的正名及出处，排列出绝大多数药物的异名及最早来源。众多的药名含义，经李时珍的探索和阐述，隐晦者获彰显，错谬者得纠正。如在第18卷“葎草”与“勒草”之辨，破解了本草界千年的疑问。类似例子举不胜举。
李时珍也受到王安石《字说》的消极影响。在《本草纲目》中转引《字说》内容20余条，其实俱为穿凿字形、附会字义的“产品”。李时珍也将一些形声字当作会意字，轻说字形字义，便难免穿凿附会。另外，有些药名，并无多少道理可说，多是“约定俗成”的，或者是外域药品的音译，但李时珍总想找个说法，望文生义，其实未见得妥当。以上这些未妥和讹误与全书释名内容比较起来，仅为一小部分，瑕不遮瑜。
李时珍对本草名物训诂的贡献巨大，具有承前启后的作用。
集 解
新设这个专项，主要是记述药物的品种来源、产地、生态环境、形状、生长过程、采收等多方面的内容，甚为丰富。
历代本草书都做过这方面的工作，而且唐代《新修本草》及宋代《嘉祐本草》在编纂时还组织过全国药物大普查，将药物绘画并配以文字说明上报、汇总，积累了大量有关资料。李时珍将相关的论述都摘录、汇集到“集解”中，遇到错、乱的问题，则进行评议，破惑解疑。
李时珍从小就生活在天然的药物园中，蕲春依山傍水，气候温暖，雨量充沛，物产丰富。药材品种繁多，蕲艾、蕲蛇闻名于世。在学医、业医和编纂《本草纲目》时，经常上山采药、考察药物。也常到外地考察。有些新药还亲自品尝饮用，体验药物的性、味、功用。甚至自己栽培药物，观察、掌握生长全过程。因此，《本草纲目》记述详实、生动，读来往往有如在现场之感。
《本草纲目》的广博内容，吸引了无数学者进行研究，不同领域的专家在“集解”项中，发现许多有关植物、动物、矿物、化学、农学、物候，以及天文、地理等方面有价值的古代史料。笔者曾在有关《本草纲目》的论文中看到我国著名科学家竺可桢从《本草纲目》中寻找到丰富的物候学资料。
在“集解”中，也存在一些漏错之处，多因旧本记载不详，又无法去实地考察所致。
正 误
旧本的错谬很多，李时珍在《本草纲目》编纂中，每见错处即指出纠正。新设此项，专为一些存在严重错误却未引起注意，药名或辨药、用药等方面长期争论不休的问题，李时珍“辨其可疑、正其谬误”。全书共计“正误”69条，内容却是多方面的，有8条对药名正误，位置便在“释名”之后，也有对“气味”“主治”中的问题正误，另有10条系对某药中的某部位的问题正误。8项中仅“正误”的位置是灵活安排的。还有40多条“正误”即一半多在“集解”后，主要辨析药物来源、品种等方面，系“正误”中的重点。也是体现李时珍十分重视药品真伪、用药安全、辨别能力的重要方面。如卷11详论朴消、消石、芒硝等诸消之别。又如对凝水石一药的来源，唐、宋诸家总是争论不休，经李时珍分析考辨，认为是陶弘景所说出于碱卤地称为盐精，能凝水之寒水石，他十分感慨地说：“石膏之误，朱震亨氏始明；凝水之误，非时珍深察，恐终于绝响矣。”
修 治
一般也称“炮制”或“炮炙”，包括对药材进行清洁与多种加工处理，如水浸、日晒、蒸、煮、炮炙等，又需粉碎或切片等，以保安全，使用方便。再者，分别用酒、醋、生姜汁、猪胆汁等同制，可改变或部分改变药性及功用，发挥独特疗效，也较常用。总之，本草书中药物的炮制是很有特色的理论和技术，与天然药物有显著区别，故李时珍专辟“修治”一项，很有必要。
《本草纲目》“修治”内容非常丰富，且都注明出处，大约可分为： ①《证类本草》中所载药物炮炙专著《雷公炮炙论》。虽然属丹道家编纂的《雷公炮炙论》，在唐代之后才开始出现在蜀地（四川地区），但毕竟是我国最早的药物炮炙专著。李时珍将《证类本草》中的《雷公炮炙论》条文大部分都吸收到《本草纲目》修治项内。对其中漏误或者为服食之用而过度蒸煮，或制作特别繁琐之处，予以指正，提出新制法。②摘录历代诸家本草书中有关药物炮炙的论述，有详有略，李时珍常加自己的评议。③李时珍新增的炮制方法很多，便于操作、推广，许多至今还在运用。
气 味
又称为“性味”，以四气（寒热温凉）、五味（酸苦甘辛咸）为主。从《神农本草经》开始有很多性平之药，《本草纲目》也如此。李时珍在“气味”专项中，将他确定的性味排列在前，大字标出，后以小字分别注出诸家补充的论述或不同说法，最后李时珍偶有评议。其间增添和补充了许多有关药性升降浮沉，诸药相须、相使、相畏、相恶、相反，以及有毒、无毒的内容。仅有极少数几条不够准确，如鲩鱼、青鱼等几种鱼的胆，《本草纲目》记载“无毒”，实际是有毒的。
主 治
主要是论述药物的功效和运用方法。凡是《本经》《别录》的主治内容，大多首先记载，其后是诸家的言论。在旧本中，诸家论述比较多，但显得零散，又缺乏甄别。经李时珍辨析，精选进“主治”项中，一般最后是李时珍新增的主治功用。李时珍首次新増的药物，则是李时珍自己定义的主治。
李时珍将“气味”“主治”两项作为“小纲”，因为这两项是“本草”医药理论的核心内容之一，特使用大字来显示它的重要性。李时珍以其渊博的医药知识，长期的临床实践，以及亲自品尝体验确定药物的性味、功效（如曼陀罗花），使《本草纲目》药物“性味”“主治”内容丰富，确切实用。为后世许多临床实用本草书取材的理想来源。
发 明
李时珍说是“疏义也”，即阐发疏明之义。李时珍十分注重“发明”，在评价历代本草书时，他认为《李氏药录》（李氏即李当之）“颇多发明”，《本草衍义》“发明良多”，《本草衍义补遗》“多所发明”，《本草蒙签》亦“颇有发明”，但《四声本草》《删繁本草》《食鉴本草》则“无所发明”。实际上，主要还是指在医药学术上有无新内容、新见解。《本草纲目》中的“发明”多达855个，分布在各部各卷，但非均分，常用药可能每个药都有1～3个“发明”，而莲藕、小麦条目有6个，禽兽部有好几条药物“发明”有8、9个或10多个，鸡条内最多，共有17个。“发明”题材广泛，形式多样，有的仅几句话便指出一个重点，或阐发一个新观念。卷19水萍（又名浮萍）条，除记述前贤关于“浮萍”发汗胜于麻黄，以及方药、用法、疗效等的新论述外，李时珍又引用一首浮萍治“风瘫”的诗，仅十句，却生动活泼，便于记诵。一些重要药物，如甘草、黄芪、人参等，李时珍则详引前人的论述 （有別于在“集解”“气味”“主治”项中的论述），又着重吸收和运用金、元时期医药学大家建立的新医药理论体系，如气味厚薄、升降浮沉、药物归经等多方面的新内容。其中还附加了李时珍自己的学术见解，临床治疗的方法、经验，以及许多当世名医和李时珍之父李言闻的医疗验案，大都是疑难重症。李时珍记述生动、精练，把医理药理写的活灵活现。
附 方
李时珍设此一项，为的是“著用也”，还说“或欲去方，是有体无用矣”。纵观历代本草书，陶弘景便开始有少量的附方，至唐、宋时期有所增加，而唐慎微《证类本草》所附方剂明显增多。
附方的优点是以方来解释药物的功效，更有利于学习、研究和临床运用。李时珍本着药物为体、附方为用的原则，所收录的方剂，大多为单方、小方，药少力专，可证实所述药物为此方药效的主力。李时珍新增之方系从多年来收集的众多药方中筛选出来的。又从明初新编纂的大型方书《普济方》中吸收大量的对应药方，再加上自己编写的《濒湖集简方》。据统计，“旧本附方二千九百三十五，今增八千一百六十一”（旧本即《证类本草》），合计为11096方。
李时珍新设的“附方”项，实际成为一个颇具特色的方剂库。这种简明实用的有效方剂，深受人们的珍视，不断运用于临床，发挥良好的治疗作用。
清代康熙年间，蔡烈先依据《本草纲目》编有《本草万方针线》，这是首次为本草书编附方索引，后翻刻的《本草纲目》多将它附之于后，方便检索，但已不太适应现代需要。近三十年来已出版有《本草纲目》附方分类选编，或小型类编方书，还出版了一些《本草纲目》专题方药书。（详见郑京生《〈本草纲目〉研究》，华夏出版社，2009年出版）。
总的说来，李时珍新的叙事8项，有继承，有创新，而创新的成就和贡献尤大。
《本草纲目》还有一个颇有特色的“纲”与“目”。第一、二卷的序例，第三、四卷的“百病主治药”，相当于总论，即是总纲，后48卷为各论，总纲与后各部各类各条，即大纲、小纲及各条目是紧密联系的。
关于“序例”，李时珍说：“旧本序例重繁，今止取神农为正，而旁采别录诸家附于下，益以张，李诸家用药之例”。李时珍还新增加《黄帝内经》的相关重要论述，古本《药对》及徐之才增饰过的《药对》，金、元医家张元素、李杲、张从正不少名篇，如“七方”“十剂”等，都经过李时珍的阐发，广敷其义，大显其实用价值。
关于“百病主治药”，李时珍说“古本百病主治药，略而不切……今分病原列之，以便施用。虽繁不紊也。”即以病名为“纲”，共列112种，包括内、外、妇、儿、皮肤、五官及各种外伤疾病，再分证型、治法，下附各部各类药物为“目”，成为完备的方药治疗纲要，但内容根源是后面的48卷。
前4卷总论，连同1109幅药图所用的篇页，约全书的四分之一，可见比重之大，新增内容之多。
李时珍用多个不同层次的“纲”与“目”，精心编织的网络，组成的《本草纲目》，实现了他要编纂成“修正谬误、立言解惑、搜罗幽隐、格物明理、不厌详悉”的理想。
（作者刘山永曾任中华中医药学会李时珍研究分会副主任委员。华夏出版社出版的《本草纲目》新校注本第二校注者，此书第一版曾获1999年全国优秀科技图书奖。）