李时珍在长期医药研究和临床运用中，发现历代本草书中错误很多，以讹传讹，而有些疑误，诸家又争论不休，一直未得定论。诸如此类，不胜枚举。
李时珍认为“本草一书，关系颇重”，存在的错讹如不予纠正，会误人不浅。再则，宋代《证类本草》刊行以来，已有440多年，其间有不少专业性本草和区域、地方性本草书出现，里面有大量有效且常用的药物需要收进主流本草书中，并且有许多新的重要医学理论，也当采纳、引载。还有李时珍自己多年来收集的经史百家书中有关医药资料，比前代本草书收集的更广泛、更丰富，更当充实进来。
自此，李时珍下定了决心要重新编修一部大型、综合性本草书。
新编本草书，任务颇艰巨，工作量很大，李时珍深思熟虑，蕴酿出全新的可行方案，经过一些筹备，于嘉靖31年（1552）正式开始编纂。至万历21年（1593年），李时珍以毕生精力，呕心沥血，编纂的大型综合性本草书（中后期由其子孙及门人参予），终于刻成面世。书名叫《本草纲目》。
众所周知，“纲”是提网之绳，“目”是网之孔眼。引申应用到书籍项目编制，即是大纲与细目的编制。
药分部类 以部为纲，以类为目
《本草纲目》凡例说：“一、神农本草三卷，三百六十五种，分上、中、下三品。梁陶弘景增药一倍，随品附入。唐、宋重修，各有增附，或并或退，品名虽存，旧额淆混，意义俱失。今通例一十六部为纲，六十类为目，各以类从。二、旧本玉、石、水、土混同，诸虫、鳞、介不別，或虫入木部，或木入草部。今各列为部，首以水、火，次之以土、水、火为万物之先，土为万物之母也。次之以金石，从土也。次之以虫、鳞、介、禽、兽，终之以人，从贱至贵也。”
16部顺序及各部所含类数：水（2类）、火（1类）、土（1类）、金石（4类）、草（10类、9类加有名未用1类）、谷（4类）、菜（5类）、果（6类）、木（6类）、服器（2类）、虫（3类）、鳞（4类）、介（2类）、禽（4类）、兽（5类）、人（1类）。
因为李时珍新创以部为纲、以类为目的分类方法，纲举目张，便将空间扩大了，次序理顺了，再多的药物都可以放在它所属部、类中的合适位置上。
立条定种 正名为纲，附品为目
在以往本草书中，药物计数单位因无定则而显混乱。例如《本经》有牛黄，牛角角思 两种，又有《别录》牛乳，其实都出自牛身上，却分别单列，分别计数。李时珍“俱考正分别归并，但标其纲，而附列其目”。例如立药物正名“牛”条为“纲”，之下附列有黄牛肉、水牛肉、牛头蹄、牛鼻、牛皮等38个可作药物用的部件为“目”。这种“振纲分目”方法的好处在于：药物总体（基原）的形态生长的特性、产地等内容，仅记述一次即可，又能方便地了解部位特性，并且制定了一个统一的药物计算标准：称“纲”之药计数，为“目”之附品不计数。
《本草纲目》将有资格记数的药物正名标为纲之药，称为“种”，全书共有1892种。这很容易使人们与旧本草书之“种”的概念相混，认为旧本《证类本草》（政和本）收载药物已1748种。那么《本草纲目》增药并不多。其实《本草纲目》中未计数的各药附品，相当于旧本的“种”，据我统计，各药附品数总计3725“种”。为《神农本草经》十倍多，比《证类本草》政和本多出一倍多。
再则，《本草纲目》全书1892种中，有少数并非指一种药，如卷5“诸水有毒”、卷33“诸果有毒”、卷44“诸鱼有毒”、卷49“诸鸟有毒”、卷50“诸肉有毒”及“解诸肉毒”，均作为一种，实际是书中列有一条。如果全都称为“条”，便更好一些。
“有名未用”药
有一些人很奇怪《本草纲目》还有许多“有名未用”药，以及其他形形色色物品当作药。其实这是一般简明实用的“本草”书与大型、综合性本草书不同。简眀实用本草书，便于临床运用，不可承载过多内容，大型综合性本草书则相反。李时珍编纂的新本草书，要比前代的更丰富,发挥更多方面的作用。
李时珍说：本草书“虽曰医家药品，其考释性理，实吾儒格物之学，可禆《尔雅》《诗疏》之缺。”“格物明理、不厌详悉”为李时珍编纂主旨，他广收博采，使《本草纲目》成为颇具特色的医药书，又犹如一部博物书，成为多学科的资料宝库。例如44卷，李时珍首次收载的金鱼，一般人认为药物价值不大，但英国著名的生物学家达尔文却认为价值很大，他在《本草纲目》找到了金鱼进化史学说的历史文献根据。他还参考过《本草纲目》记载的鸡等其他内容，称《本草纲目》为“中国古代百科全书”（详见 《<本草纲目>之东被及西渐》，潘吉星著）。
至于“有名未用药”，历代相传下来，李时珍更不会一扔了事。他认为那些药，可能比其余仍在使用之药的年代更为久远，它们的历史价值也许更大。
其实“有名未用”，并非就无用，李时珍就把旧本中“有名未用”的《本经》《别录》资料，细心考察、研究、甄别后捡回20种药，另外又捡出《别录》27种，分别并入相关各药品中，再将《别录》34种作为附录，分散附于相关各条之后。总计81种。差不多减少了旧本194种，占有名未用药的一小半。《本草纲目》中实际保存有名未用药108种，留待后人考察、研究。
新增药物
唐、宋以来，新增药品增多，李时珍又从多种本草书及经史百家书中搜集到更多的药物及相关内容，新、旧都收进《本草纲目》中，按照“纲”“目”（部、类）有序地排列。大部分是临床实用性的药物，一小部分是文献资料性的文字。李时珍认为：“天地品物无穷，古今隐显亦异，用舍有时，名称或变”，如莎草，陶弘景不知晓，他说“方药也不多用”。至唐苏敬等编著的《新修本草》指出莎草之根即香附子，为功效很高、应用广泛之常用药。李时珍称赞为“气病之总司，女科之主帅”。并详加阐述。更进一步说：“乃知古今药物兴废不同。如此则本草诸药，亦不可以今之不识，便废弃不收，安知异时不为要药如香附者乎？”
值得一提的是，李时珍对于邪术家以妇人月水谬称红铅，还有人精，作为秘方蛊惑愚人，用于淫秽而敛财，便给予揭露，严正批判，坚决抵制。“凡红铅方，今并不录。”对用人肉疗病、谢神，绝伦灭理的愚蠢行为，一一批驳、立言解惑。如果不予揭露、批判，任其泛滥，则贻害无穷。《本草纲目》第52卷，有人肉、人精、妇人月水的条目，也是李时珍借以说理，批判邪恶、愚昧之处，实际显现的是积极的意义。
明代仍很盛行炼丹之术，方士、邪术家以炼出的丹药，充为“仙丹”，号称长期服用能长生不老，甚至成仙。李时珍便经常揭穿方士们的诳言，猛烈地抨击他们敛财害人的恶行，这是需要很大勇气的。因为迷上“仙丹”的正是宫廷，他们既想长命不死、又想贪欲无度。王公大臣尽相仿效，还漫延各地。但李时珍毫无顾忌，大张旗鼓地揭露。在《本草纲目》丹参、水银等很多条目内都记载了服用所谓的“仙丹”，造成丧命或病残的实例，第九卷雄黄条，李时珍愤怒地说：“方士乃炼治服饵，神异其说，被其毒者多矣。”敢于说真话，这正是李时珍和《本草纲目》可贵之处。
《本草纲目》新增药物374种，比唐、宋4部主流本草各自增加药物的总和还要多，丰富了《本草纲目》的药物品种。其中三七、番红花（即西红花、藏红花）、半边莲、紫花地丁、淡竹叶、凤仙、月季花、土茯苓、石见穿、刀豆子、丝瓜（络、叶、藤）、蜡梅、木芙蓉、九香虫、守宫、番土鳖（马钱子）等，至今都是功效良好的常用药。例如土茯苓，在湖北、四川山箐中甚多，其根状如菝葜而圆，大者若鸡鸭蛋，其肉软，可生啖。有赤白两种，入药用白者良。其如山药，可以充饥，但往昔都不知其用处。明代弘治（1488～1505）、正德（1506～1521）年间，杨梅疮毒（梅毒、性传染病）盛行，相互传染，自南而北，遍及海宇。当时的医生率甪轻粉、银朱（皆为水银制剂）取效，毒留筋骨，久则肢体拘挛，变为痈漏，溃烂终，竟致废笃。唯以重用土茯苓为主药之方，不用轻粉，安全高效，病深者，服之亦效。但诸医还不识土茯苓，或指为萆薢，或说成菝葜，李时珍辨别释疑，亦将土茯苓的主治功用、治病机理详细阐述，连同收集的有效药方，公之于世，推广应用。现代土茯苓不仅应用于梅毒等多种性传染疾病，还可治妇科炎症、卵巢囊肿、泌尿外系感染、多种肾病蛋白尿、系统性红斑狼疮、风湿性关节炎、高尿酸性血症、痛风性关节炎、血栓性静脉炎、慢性萎缩性胃炎。单独土茯苓外用尚能治婴幼儿皮肤病，如婴幼儿湿疹，小儿疖肿、暑痱等。关键是以上各病，必须具有湿毒、湿浊、湿热的病机，土茯苓解毒、祛湿、通利关节之性能，重用为主药，配合相关药物组成方剂，才可取得佳效。
再如三七，李时珍说：“此药近时始出，南人军中用为金疮要药，云有奇功。”即亲自运用于临床，确定三七味甘，无毒，能止血散血定痛。内服、外用可治金刃箭伤、跌扑、杖疮、动物咬伤血出不止，又可治吐血衄血、下血、血痢，妇人崩中、漏下不止、产后恶血不下，总之，能治一切血病。便将自己在治疗中制定的多首验方，收进他的《濒湖集简方》。李时珍虽然未能到广西、云南去实地考察三七的生长、采摘等状况，但是临床应用中已充分认识到又名“金不换”的三七很可贵，便收进《本草纲目》。
现今，大家都知道三七是闻名中外的“云南白药”中重要成分。三七炖鸡炖肉，吃肉喝汤可以养血。治病方面，除上述疾病外，又有新的拓展，如治疗血管硬化、斑块、狭窄引发的心脑血管疾病，应用广泛，疗效肯定。还能治疗慢性前列腺增生。总之，三七药性平和、无毒，兼备多种功能，治病救人无数。还需说明：李时珍采用新创“纲”“目”体例编纂《本草纲目》时，“通合古今诸家之药，析为16部，当分者分，当并者并，当移者移，当增者增。不分三品，惟逐各部，物以类从，目随纲举。”旧“以朱墨圈盖分别古今，经久讹谬”，便弃之不用。改为“每药标一总名，正大纲也。之下明注本草及三品，所以原始也。大字书写气味、主治，正小纲也，之下明注各家之名，所以著实也。小字分注则各书人名，一则古今之出处不没，一则各家之是非有归。”
我曾详细考察过《本草纲目》的蓝本《证类本草》，发现明代刊刻的版本较差，至嘉靖二年（1523年）陈凤梧序刊的《证类本草》黑底白字，在目录及正文都用双线框住文字代替。后来嘉靖16年（1537年）楚府崇本书院刊本及另三种刊本俱是如此，其中一部据楚府本翻刻的巾箱（小）坊刻本，框围《本经》文字的双线改为单线，框线缺漏不全或全漏，甚至框错了地方，其他文字错、脱更为严重。不幸的是，李时珍使用的就是这种刊刻最差的本子，以致讹误不少。后来李时珍才得到一部嘉靖二十一年（1552年）王积序刊之周珫刻本，《本经》文系黑底白字，刻印较好，李时珍据此纠正和避免了一些讹误，工因作量太大，未能够全部修改，遗留了不少错误。
李时珍十分尊重传统医药，保留传统医药文献内容。在《本草纲目》中，凡属《神农本草经》者，总是首先录载，其次《名医别录》，之后为各家学说，自己的阐发多数在最后，而且每条引用都有书名或人名的标识，层次分明。这种做法，能够和传统医药衔接，与主流本草是一脉相承的。
（作者刘山永曾任中华中医药学会李时珍研究分会副主任委员。华夏出版社出版的《本草纲目》新校注本第二校注者，此书第一版曾获1999年全国优秀科技图书奖。）