《黄帝内经》全书关于方药的阐发散见于多篇文章中，其中《素问》载8方，《灵枢》载5方，合计为13首方，通称“内经十三方”。内经十三方是中国医学史上运用方药治疗疾病的早期记载，从多维度呈现了早期选药、组方、剂型、用法等，在中国方药史上有独特的理论意义与历史价值。对当今方药作用的认识与疾病的论治不乏启示作用。
汤液醪醴
汤液、醪醴出自《素问·汤液醪醴论》，都是五谷酿制的酒类，其中清稀淡薄者称汤液，稠浊味厚者称醪醴。虽五谷皆可为汤液、醪醴的制作原料，但经文明示“必以稻米”，因其生长于高下得宜之平地，得“天地之和”，而功效纯正完备。稻米春种秋收，伐取得时，故曰“稻米者完，稻薪者坚”，称其为汤液、醪醴的最佳原料，稻薪则是制作的最好燃料。
特点与启示：一是此处汤液与醪醴的制作介绍乃是首论酒剂之制法，是提出酒可入药治病的最早文献记载，对后世中医方药的形成与发展有重要影响。二是使用五谷、稻米制作汤液、醪醴，亦为使用中药粳米、秫米、薏米、赤小豆等之发端。三是提出时代不同，疾病谱有不同，其预防与治疗随之有不同的理念。如上古作汤液，“为而弗服”；中古“邪气时至，服之万全”；当今之世，“必齐毒药攻其中，镵石针艾治其外”。
乌鲗骨藘茹丸
乌鲗骨藘茹丸出自《素问·腹中论》，以乌鲗骨、藘茹二味药研末混合，以麻雀卵和丸，如小豆大。饭前服五丸，“饮以鲍鱼汁”。乌鲗骨，即乌贼骨，又名海螵蛸，味咸、性温，治女子赤白漏下及血枯经闭等。藘茹，即茜草，凉血活血，祛瘀通经。麻雀卵，补益精血。鲍鱼，“利肠中及伤肝”，通利肠中，通血脉，益阴气而补肝。本方主治血枯，即精血枯竭，“月事衰少不来”。其成因“有所大脱血，若醉入房中，气竭肝伤，”多由大脱血，失血过多，或因醉后行房，阴精尽泄，精血两伤，气亦耗散。症见“病胸胁支满者，妨于食”，常自觉闻腥臊气味，鼻流清涕，甚“先唾血，四肢清，目眩，时时前后血”等。
特点与启示：一是剂型为二药研末混合，并以血肉有情之品，雀卵为丸，鲍鱼汤送下。二是注明饭前服用之方法。三是描述用药禁忌，“热中消中，不可服高梁芳草石药”，指出石药可使人发瘨，芳草可使人发狂。且热中消中者，多为富贵之人，而芳草之气美，石药之气悍，“二者其气急疾坚劲”，非缓心和人，不可以服此。警示“热气慓悍，药气亦然”，若二者相遇，“恐内伤脾”。
鸡矢醴
鸡矢醴出自《素问·腹中论》，矢，同屎。鸡屎能下气消积，通利大小便，主治鼓胀。鼓胀，是肝病日久，肝脾肾功能失调，气滞血瘀、水停腹中所致，或因积滞而成，“此饮食不节”“气聚于腹”，症见“病心腹满，旦食则不能暮食”等，且“虽然其病且已，时故当病”，即具有反复的特点。
特点与启示：对其作用与适应症的阐发，如张景岳注：“鸡矢之性，能消积下气，通利大小便，盖攻伐实邪之剂也，凡鼓胀由于停积及湿热有余者皆宜用之，若脾肾虚寒发胀及气虚、中满等症，最所忌也，误服则死。”后世常用其与鸡内金同研末，治小儿消化不良之腹胀等。
生铁洛饮
生铁洛饮出自《素问·病能论》。洛，与“落”通用。生铁落，锻铁时锤落之铁屑，其性寒而重，而“下气疾”，有坠热开结之功，既可平木火之邪，又平肝降痰，故以生铁落一味，独煎为饮，主治阳厥怒狂。
特点与启示：一是陈述单味药，独煎为饮的运用；二是“夺其食”，饮食控制与服药配合；三是阐述生铁落重坠下气之功。生铁落至今仍为临床常用癫痫、躁狂类病证。现代用加味生铁落饮治梦游症、疳积、小儿腹型癫痫等，皆有良效。
泽泻饮
泽泻饮出自《素问·病能论》，由泽泻、白术各十分，麋衔五分，三药混合研末，每次三指撮，饭前空腹服。其中泽泻淡渗，利水，清利湿热。白术苦温，健脾燥湿止汗。麋衔又名薇衔、鹿衔、鹿衔草，有补虚益肾，祛风除湿，活血调经，止咳止血之功。泽泻饮主治酒风，即因酒后感受风邪，亦称漏风病。正如《素问·风论》所云“饮酒中风，则为漏风。”症见身热倦怠无力，汗出如浴，恶风少气。
特点与启示：一是组方用三味药，属于奇方，开后世角药使用之先河。二是描述用药剂型为散剂，即研细末。三是明确服药时间“为饭后”。四是《金匮要略》取其方意，去糜衔而名为泽泻汤，治饮停心下，头目眩晕。《张氏医通》载漏风之治，先宜五苓散热服取汗，后与黄芪建中汤加白术、泽泻，可见《黄帝内经》的影响。
兰草汤
兰草汤出自《素问·奇病论》，以兰草一味，煎汁内服。兰草，即佩兰。气味辛平芳香，“除陈气也”，可醒脾化湿，清暑辟浊，消胀除满，主治口甜病证。此文言瘅，是热病。脾瘅，即脾胃湿热所致，症见“病口甘”，究其成因，多由食肥甘厚味太过，“必数食甘美而多肥”，助热生湿，“肥者令人内热，甘者令人中满”，脾气滞而不能输布津液，“故其气上溢”，而见口甘等，甚至“转为消渴”。
特点与启示：一是此处消渴，乃后世糖尿病的最早论述。二是阐释过食肥甘厚味可助热生痰。三是提示服法“温服无时”，可谓代茶饮的早期陈述。
左角发酒
左角发酒出自《素问·缪刺论》，剃其左角之发，烧制为末，即血余炭，以美酒一杯同服。血余炭功能止血化瘀利尿，乃止血消瘀之良药，故主治血病。酒性温热，有温经散寒，活血通脉，通达表里之功。后文又明示应“审其虚实而调之，不调者经刺之，有痛而经不病者缪刺之”。因手足少阴、手足太阴、足阳明五络会于耳中，而上络于左额角。若邪气侵犯，五络闭塞不通，“五络俱竭”，故“而形无知也，其状若尸”，而见突然神志昏迷，不省人事，谓之“尸厥”。若五络通，气血行，阴阳和调，则神志得清。
特点与启示：一是以血余炭与美酒一杯同服，若口噤不能饮，则灌服之。二是采用针刺，如刺足大指内侧爪甲上，刺足心，刺足中指爪甲上等，若不已，“以竹管吹其两耳”。三是张锡纯《医学衷中参西录》载血余炭“性能化瘀血、生新血有似三七”。《证治准绳》依据此方之作用原理，用其治产后昏厥。现代亦因血余炭止血消瘀，常用作止血药，治吐血、衄血、血淋、崩漏等。
小金丹
小金丹出自《素问遗篇·刺法论》，由方辰砂二两、水磨雄黄一两、叶子雌黄一两、紫金半两组成，用火二十斤煅之，七日终，候冷，次日取出，埋药地中，七日取出，顺日研之，炼白沙蜜为丸，如梧桐子大，服法每日望东吸日华气一口，冰水下一丸，和气咽之，服十粒，作用“无疫干也”。因小金丹为《素问遗篇·刺法论》所记载，乃疑为后世之方，故亦有学者提出“内经十二方”之说。
特点与启示：其一提示服后“无疫干”，乃是具有预防疫病之丹剂，此论开防疫丹方之先河。二是服法望东吸日华气一口，冰水下一丸，和气咽之。三是本方出自《素问遗篇·刺法论》故有小金丹为后世方之说。
寒痹熨法
寒痹熨法出自《灵枢·寿夭刚柔》，“用淳酒二十斤，蜀椒一升，干姜一斤，桂心一斤。凡四种皆咀，渍酒中，用棉絮一斤，细白布四丈，并内酒中”。其中蜀椒，禀纯阳之性，为交通心肾之药；干姜，温中散寒，回阳通脉；桂心引火归元，温养经脉；酒性热而悍急，有通行十二经循行肌肤之力；诸药得酒性温行散，加之生桑炭火的热力，装入夹袋之中，制成生桑炭炙巾，“以熨寒痹所刺之处，令热入至于病所，寒复炙巾以熨之”，熨贴患处，“汗出以巾拭身”，则营卫通，汗液出，寒痹自愈。“起步内中，无见风。每刺必熨”，原理在于“所谓内热也”，主治寒痹，“时痛而皮不仁”等。
特点与启示：一是最早的外治法药熨制作与运用之翔实记录。二是以酒配药物外用，取酒性温行散，加之生桑炭火的热力，“每刺必熨”药熨与针刺同用。三是明示“起步内中，无见风”，使用注意避风，勿因腠理开泄而受风邪。
马膏膏法
马膏膏法出自《灵枢·经筋》，马膏，即马脂。此以马膏涂之，以缓其急；以桑炭火烤，以祛其寒；以白酒、官桂性味辛温，通经络，行血脉。在此例举足阳明之筋感受寒邪，或转筋，或急引，或口僻，或目不合，皆为外邪入侵导致。“有寒则急，引颊移口。有热则筋弛纵，缓不胜收”，故而经筋收引或缓纵，表现为一侧拘急，目不合，一侧缓纵，目不开、僻等。治则“寒者热之”“虚者补之”，补虚劫寒，壮阳除阴，通络和肌表，调和气血。并以马膏起到“急者缓之”“甘以缓急”的作用。
特点与启示：一是外以马脂涂之缓急，桑炭火烤，以祛其寒；二是燔针劫刺，以知为数；三是饮美酒，食美炙肉，以补其虚；四是不饮酒者，自强也，摩其患处。体现多环节多途径之治法综合运用的思路。
半夏秫米汤
半夏秫米汤出自《灵枢·邪客》，其中秫米“养营补阴”，半夏“和胃散邪，除腹胀目不得瞑”“以流水千里以外者八升，扬之万遍，取其清五升，煮之，炊以苇薪，火沸，置秫米一升，治半夏五合”去滓，每次服一小杯，则“阴阳已通，其卧立至”。主治目不瞑，即不得眠、失眠。因卫气昼日行于阳，夜行于阴，常从足少阴之分间，行于五脏六腑，卫气行于阳则寤，行于阴则寐。今“厥气客于五藏六府”“卫气独卫其外”，卫气行于阳分，不得行于阴分，阳盛于外，阴虚于内而不得眠。治以半夏汤。治则“补其不足，泻其有余”，以除其厥逆之邪，阴阳通调。
特点与启示：一是“取用长流水，扬之万遍”，《金匮要略》称为“甘澜水”，取其流畅而无阻滞，以加强药效；二是治疗“调其虚实，以通其道，而去其邪”；三是服用方法“以知为度”，“久者，三饮而已”。四是张景岳注“过于饱食或病胀满者，卧必不安，此皆胃气不和”，治疗饮以半夏汤，“盖专为去邪者设耳。”国医大师朱良春在半夏秫米汤启发下，自拟夏枯汤治疗顽固性失眠，疗效颇著。现代用加味半夏汤治疗失眠、嗜睡、抑郁等，疗效良好。
菱翘饮
特点与启示：其记载内服“强饮厚衣，坐于釜上，令汗出至足已”，即服药同时辅助疗法，对后世有深远影响。如《伤寒论》桂枝汤“温覆，令一时许，遍身漐漐微似有汗者益佳”。又如《金匮要略》服用防己黄芪汤，“后坐被上，又以一被绕腰下，温令微汗”、服用甘草麻黄汤，“重覆汗出”“慎风寒”等，其理法源于《黄帝内经》。
豕膏
豕膏出自《灵枢·痈疽》，即猪脂，亦名猪油。气味甘，微寒，无毒，功能泄肺经之积热。主治咽喉之猛疽、胁下之米狙。嗌，即咽喉处，“痈发于嗌中”，肺气出入受影响，“脓不写，塞咽”，其病来势凶猛，故称为猛疽。若病位在腋下，坚硬红肿而小，“发于腋下赤坚者”，其形状如米粒之着，则称米疽。
特点与启示：一是“冷食”，以加强解热的效力，使邪由下而出。二是同时“治之以砭石，欲细而长，疏砭之”。三是“涂以豕膏”，且“勿裹之”，后世用猪脂做膏药，可谓此方演变而来。
内经十三方分布于《素问》《灵枢》之中，其涵盖最早的选药组方、制作方法、使用方法、服药要求、主治病证，以及预防作用等。剂型涉及汤、膏、散、丸、酒、丹等。治疗途径，有内服、外治，或二者结合、针刺与服药，以及药熨结合等。其组方用药、剂型选择、病证论治，专方专病的治疗等认识，具有独特的启迪作用，对后世乃至当今产生了深远影响。（钱会南）