黄连为毛茛植物黄连、三角叶黄连或云南黄连的根茎。味苦、性寒。归心、肝、胃、大肠经。功能清热泻火，燥湿解毒。主治热病邪入心经，高热，烦躁，谵狂或热盛迫血妄行之吐衄，湿热胸痞，泻泄痢疾，心火亢盛之心烦 失眠，胃热呕吐，或消谷善饥，肝火木赤肿痛，以及热疮疡，疔疮走黄，牙龈肿痛 ，口舌生疮，聤耳，阴肿，痔血，湿疹，烫伤。
用于时行热病心火亢盛之证
黄连苦寒直折上炎之火，善泻火邪热毒，治热病高热烦躁，谵妄不安，或热盛迫血妄行，吐血，衄血，三焦热毒盛者，常与黄芩、黄柏、栀子同用，如《外台》黄连解毒汤；若热邪初入营分，烦躁谵语，斑疹隐隐，可于手生地黄、玄参、连翘等清营解毒药中佐以黄连，如《温病条辨》清营汤，以上皆取其泻火邪而清热毒之功。小儿发热，惊风抽搐者，常与龙胆草、钩藤同用，如钱乙凉惊丸。用治心烦失眠，属心火亢盛者，常与朱砂、生地黄等同用，如朱砂安神丸；属阴虚火旺，烦热失眠者，常与阿胶、鸡子黄等同用，如黄连阿胶汤；属心肾不交者，常与肉桂同用，如交泰丸，均以黄连清泄心火为用。
用于胃热肝火之证
用于胃热呕吐哕逆，黄连常与半夏、竹茹同用，如黄连橘皮竹茹汤；肝火犯胃之脘痛嘈杂,，泛吐酸水，常与吴茱萸同用，如左金丸。其治胃热口渴，消谷善饮，常与天花粉、地黄同用；若胃火牙龈肿痛，常与石膏、升麻同用，如清胃汤，均取其清泻胃火之用。若心胃火炽，吐血衄血，胸痞烦热，可配黄芩、大黄以兼泻心胃之火，如《金匮要略》泻心汤。用治肝火上炎，头晕头痛，常与龙胆草、芦荟等清肝泻火药同用，如当归龙荟丸；肝虚火盛,视物模糊，羞明怕光者，常与决明子、黄芩密蒙花等清肝明目药同用，如黄连羊肝丸；暴发火眼，目赤肿痛者，常配菊花、当归煎洗，或入人乳浸点，均以清泄肝火为用。
用于湿热之证
湿温病热重于湿，发热不退，脘痞，舌苔黄腻，黄连常与厚朴、白豆蔻等同用，如王氏连朴饮。若暑湿夹热，复感风寒，常与香薷、厚朴同用，内清暑热，外解表邪，如黄连香薷散。治湿热夹痰，虚烦眩晕，常与半夏、竹茹、枳实同用，如黄连温胆汤。用于痰热互结，胸院痞闷，按之则痛，常配半夏、瓜蒌，以辛开苦降，宽胸散结，如小陷胸汤。用于身热不解，泄泻下痢，可与葛根、黄芩同用，如葛根黄芩黄连汤；如热毒痢便脓血者，常配白头翁、黄柏同用，加强清热解毒之功，如白头翁汤；兼有气滞，里急后重者，可配木香行气导滞。治脏毒便血，黄连与猪大肠为丸服，如脏连丸。黄连亦常用治小儿疳热，泄泻少食，腹痛膨满，一般配以使君子或雷丸、芜荑之类，更加麦芽、神曲或木香等消食行气药，如《普济方》三圣丸、宣连丸，《审视瑶函》四味肥儿丸等。
用于疮疡热毒证