•李士懋说：“抚思历代名家，无不悟透经典的某一观点，加以发挥，广泛应用，而成为某一学派宗师或不朽之大家。此即王永炎院士所倡‘发皇古义创新说’，这是发扬中医学的正确途径。”
•完全用西医标准和指标来衡量中医和阐释中医机理，对提高中医辨证论治水平帮助有限，对促进中医发展的作用亦有限，中医应该有自己的特色标准。
•首先要对中医再认识、再评价，摆脱科学一元论和唯西方科学的偏见，真正承认中医这一独特的科学体系，深刻认识中医理论体系蕴涵的诸多超前的科学内涵，方能健康地继承发扬。
中医不仅要继承，更要发扬。继承是基础，发扬是目的。跳出窠臼，不断创新，岐黄之术才能生生不息。已故国医大师李士懋教授曾说：“中医不仅要传承，更要发展。中医的发展有两种途径：一是传统的发展途径，一是与现代科技手段结合的发展途径。”
【重视中医传统创新】
从金元四大家刘完素创立“火热论”、张从正创立“攻邪论”、朱丹溪创立“滋阴论”、李东垣创立“脾胃论”等新说，到明清时期温病学家吴又可、叶天士、薛生白、吴鞠通、王孟英等创立温病学说，再到清末中西医汇通医家王清任、张锡纯等创立“血瘀论”“气虚中风论”“气血上菀中风论”“大气下陷论”“凡脱皆脱在肝论”，中医传统创新的脚步从未停止过。
李士懋说：“抚思历代名家，无不悟透经典的某一观点，加以发挥，广泛应用，而成为某一学派宗师或不朽之大家。这些大家无疑是我们的楷模，犹如历史长河中闪烁着光芒的灯塔，指引我们前进的方向。此即王永炎院士所倡‘发皇古义创新说’，这是发扬中医学的正确途径。”但是，目前中医界有轻视中医传统创新的倾向，过分看重现代先进科技手段和检测指标，不把读经典做临床提出的新认识、新见解、新思想看作为科研成果。李士懋看在眼里，急在心上，他振臂高呼要重视传统创新。他说：“现在振兴中医，强调继承发扬。有人认为继承不能总在经典里打转转。此言太小视中医经典，并未体会到中医经典的博大精深。一提到发扬，仿佛就是以现代科学技术手段研究中医。固然，此为发扬中医的一条路子，但中医传统不应被冷落、边缘化。发扬中医，应该还有条路子，就是依照中医固有的体系去探索、研究，拿下一个个疾病堡垒。若真能把中医经典及历代的发展理解了，并看活了，依其思想、方法、观点去探索，就可展现一幅幅波澜壮阔的生动画卷。还原分析的现代研究方法，在人体生命科学这样复杂学科面前，路子是越走越窄了，而整体的科研方法将开辟一条新路。我们高举整体医学大旗，拿出突出的疗效，世人不仅信你，而且要学你，终有一天，整体医学的大旗，将插上科学巅峰。”
李士懋重视传统创新之路，他在反复研读经典和长期实践的基础上，对中医辨证论治、仲景脉学、仲景伤寒各篇、仲景经典处方、李时珍脉学、四言举要、温病的本质和治疗、叶天士温热论、薛生白湿热论、汗法的应用、火郁证的诊治等都提出了新的见解和认识，对临床实践具有重要的指导价值。
在上述传统创新的基础上，他又进一步创新性地提出“溯本求源、平脉辨证”理论体系。他曾说：“我们在半个多世纪领悟经典、临床磨砺、苦苦求索的基础上，提出‘溯本求源，平脉辨证’。辨证论治是中医的核心特色，我们更提出‘平脉辨证’是辨证论治体系的精髓、灵魂。只有高举‘溯本求源、平脉辨证’这面大旗，才能使中医的传承发扬走上康庄大道。”
【践行现代技术创新】
李士懋认为，现代科技是中医药技术创新的重要支撑。在不背离中医药自身发展规律的前提下，快速发展中医必须借助现代科技的力量。因此，李士懋主张应充分利用现代科学技手段发展中医。现代中药新剂型、中医小针刀、中医诊疗设备，都是对传统煎服法、传统针具、传统诊疗手段的改进创新，可谓是老树开新花，可有力地促进中医的发展。
李士懋非常重视中医药科技手段的创新应用，他带领科研团队开发了升降调脂胶囊治疗高脂血症，开发了升降感冒胶囊治疗外感热病、连苏止呕胶囊治疗神经性呕吐、脑栓通胶囊治疗中风。他提倡以证为核心的现代研究方法，既符合中医固有特点，又能应用现代技术手段研究中医，也为中西医在理论层面的逐渐融合开启了一条道路。正如他曾经所说：“与现代科学手段相结合的研究，应以证为核心，找好切入点。这种科研成果价值大小的标准，要看对中医发展有多大裨益。我们立项的国家十二五科技支撑课题‘汗法治疗寒凝证的研究’，就是按这个思路进行设计的。”《素问·举痛论》：“寒客脉外则脉寒，脉寒则缩蜷，缩蜷则脉绌急，绌急则外引小络，故卒然而痛。”寒客脉绌急则痛，供血减少则引发心血管、泌尿、消化、呼吸等诸多病证。汗出寒散，则组织器官供血改善而愈。寒凝证搭建了中医汗法与西医诸病的桥梁，对研究中医汗法机理和拓展中医汗法应用提供了现代科学依据。
【提出遵循中医规律的创新】
现在有的人将西医理论与中医理论简单机械地结合和对号入座来指导中医，比如一见血脂高就是中医的痰浊，一见冠心病就是瘀血痹阻，一见炎症就是中医的火热等等；有的人简单机械地提取中药某些成分来代替中药，比如用人参皂甙代替人参，用三七皂甙代替三七，用小檗碱代替黄连等等。李士懋认为，这种创新违背中医药自身发展规律，也看不到中医特色，只会导致中医后继乏人乏术，只会导致中医失去自我。他曾说：“若按西医理论用中药，必然重蹈废医存药的覆辙。其实何止废医，连药也废了。所谓中药，是指在中医理论指导下的自然界的植物、动物、矿物；若脱离了中医理论指导，只能称为天热药物，而不叫中药。医理与药物都没有，那不就把中医消灭了吗？以外部力量来消灭中医，并不可怕，最可怕的是由于学术的异化，从内部、从根上、从学术上，打着发展中医的大旗，行消灭中医之实。当前，虽说是中西医结合，但毕竟是两个医学体系的两种医学，远未融合，硬要削足适履，到头来，恐履虽已适，而足已非足了。”
还有的人简单机械地用西医标准来衡量中医，简单机械地用西医动物实验指标来衡量中医，比如长期以来中医科研多数是制定一个方子治疗西医的某一病，用动物实验和西医检测指标进行统计分析得出该方子的疗效并进行机理分析等等。他认为，完全用西医标准和指标来衡量中医和阐释中医机理，对提高中医辨证论治水平帮助有限，对促进中医发展的作用亦有限，中医应该有自己的特色标准。他曾说：“百余年来，尤其是近几年来对中医的争论，都指出中医的致命缺陷是缺乏客观、量化的标准。这点，中医确实不如西医，也是中医今后的努力方向之一，但中医有着独特的理论体系，也有着独特的诊断标准、疗效标准、最佳药效标准，及吉凶顺逆转归的标准。如《伤寒论》桂枝汤中就提出明确的外感病疗效标准。曰‘微似有汗者益佳’，这就是以正汗作为疗效、痊愈的标准。很多标准须我们去发掘整理，并结合、吸纳现代医学的有益检测指标，形成现代中医的特色标准。”
科学是多元化的，发展道路也应是多元化的，西医学不是唯一的医学科学，西方科学体系也不是唯一的科学体系，他们都不是检验中医是否科学的适宜标准。李士懋曾说：“首先要对中医再认识、再评价，摆脱科学一元论和唯西方科学的偏见，真正承认中医这一独特的科学体系，深刻认识中医理论体系蕴涵的诸多超前的科学内涵，方能健康地继承发扬。”
【提倡创新要敢于疑古】
现代医家和古代医家面临的疾病发生了很大变化，所以完全照搬古代医家的学术思想和治病经验也是不恰当的。张元素就曾说过：“古方今病不相能也。”在长期实践中，如果发现古代医家的学术思想和治疗经验与现代临床有出入，就要敢于大胆怀疑古人。现代著名中医何绍奇教授也曾有“以古为师、以古为友、以古为徒、以古为敌”的名言。只有敢于怀疑古人，才能发现新问题，才能纠正和弥补前人的不足，才能有所发展和创新。李士懋在中医教学、科研、临床中就非常善于思考发问和敢于疑古。他在实践中有了新想法和新火花，就及时记下来。然后围绕这个新想法学习经典，使这个新想法得到初步完善。把初步完善的新想法再应用到实践中加以反复验证和充实完善。这个过程大多情况下都不是短期的，常常需要好几年才能得以完成。
正是这种不断疑古发问，不断学习完善，不断实践检验，使得李士懋不断创新进步。《伤寒论》云：“太阳之为病，脉浮，头项强痛而恶寒。”后世凡言风寒表证，皆多将其脉象讲成浮脉，少有敢对医圣张仲景提出异议者。李士懋却在临床发现，风寒表证见浮脉者少。他通过学习大量有关脉学专著，终于发现有些古代医家也有不同的看法。如《四言抉微》所言：“表寒重者，阳气不能外达，脉必先见沉紧。” 亦言：“岂有寒闭腠理，营卫两郁，脉有不见沉者乎。”在学习古代脉学经典的基础上，结合长期实践，他提出了“表证不一定见浮脉，浮脉并非表证的特异指征”的新见解和新认识。在大量这种新认识和新见解的基础上，他著成《脉学心悟》《濒湖脉学解索》《仲景脉学求索》等脉学专著，进而形成了平脉辨证论治理论体系。
叶天士在《外感温热篇》中提出“温邪上受，首先犯肺”著名论断，似乎成为不容置疑的真理。可是，李士懋在阅读其他温病学著作时，发现很多温病学家的认识与叶天士的论断不一致。例如吴又可提出温疫邪伏募原，位居半表半里；薛生白提出湿热邪气多侵犯脾胃；杨栗山提出温邪直行中道，初起阳明者十八九和温邪侵袭三焦的见解；吴鞠通提出温邪可直犯心包，首见心营证；李士懋在临床发现温邪直入三阴和直入血分者也不少见。他在学习《内经》和诸多温病著作的基础上，结合自己的临床实践，提出了“温邪并非一定首先犯肺” “温病本质为郁热”“温病传变只有气血之分”“温病的治法清透滋”等新见解和新思想，进而著成《温病求索》《叶天士温热论求索》《薛生白湿热论求索》《火郁发之》等系列专著。