豆类所含的低聚糖被肠道细菌发酵，能产生二氧化碳和氨气，进而引起打嗝、肠鸣、腹胀、腹痛等症状。严重消化性溃疡病人不要食用豆制品，因为豆制品中蛋白质和钙含量高，有促进胃酸分泌的作用。急性胃炎和慢性浅表性胃炎患者也不要食用豆制品，以免刺激胃酸分泌和引起胃肠胀气。
分解豆类需要的酶只在肠道细菌中存在，如果平时没有吃豆类的习惯，消化道可能没有足够的酶去消化豆类，一旦吃入豆类就容易产生腹胀。在日常的膳食中要逐渐把豆类食品增加到饮食中，这样会慢慢增加消化豆类所需酶的用量，有助于身体逐渐产生所需的酶去分解豆类。通过做汤的方法烹饪豆类，补充水分，有助于消化豆类含有的大量蛋白质，或者延长烹饪时间，对消化豆类食物是有帮助的。
豆类整粒不易消化，可以在煮前用水浸泡后就容易煮烂；要煮到熟烂了再吃，因为太硬的豆子，不但不好消化还容易造成胀气不利于吸收；或打成浆做成豆制品则吸收率更高，如豆腐、豆腐脑、千张等。吃豆类食物时要细嚼慢咽，不要一次吃得太多、太撑，并应注意与含蛋氨酸丰富的食物搭配，如米、面、蛋等。饭后不要一直闷坐在沙发上，可以起身走一走，洗洗碗，或是散散步，温和轻缓的运动都有助于帮助消化。
对于肾脏排泄废物能力下降的老年人来说，尤其应该控制豆制品的食用量。一般来说，一周吃两次就足够了。