一般情况下，真菌不会侵犯正常角膜，但当眼外伤、手术或长期局部使用抗生素、皮质类固醇以及机体抵抗力下降或角膜炎症后及干眼症等，造成眼部免疫低下或正常菌群失调，可使非致病的真菌变为致病菌，引起角膜继发性真菌感染。现在有些人长期使用抗生素或皮质类固醇激素滴眼液，也是真菌性角膜炎的发病率不断增高的原因。另外，或当角膜被真菌污染的农作物如谷物、枯草、树枝等擦伤及角膜异物挑除后引起真菌感染。常见的致病菌以曲霉菌多见，其次是镰刀菌、白色念珠菌、头芽孢菌及链丝菌等。
真菌性角膜炎起病缓慢、病程长，常在伤后数天内出现角膜溃疡，病程可持续达2～3个月。刺激症状较轻。角膜溃疡因致病菌种不同，其形态不一致。早期溃疡为浅在性，表层有点状结节样浸润，呈灰白色或乳白色混浊；形状不规则，表面粗糙不平，有干性感，与健康角膜界限清楚。坏死组织无黏性，易去除。深在型溃疡，除自觉症状较重外，表现形似“匐行性角膜溃疡”，溃疡面平而粗糙，呈“舌苔”或“牙膏”状，高起于角膜表面。基质有菌丝繁殖，浸润较为致密。因菌丝伸入溃疡四周而形成伪足，或在溃疡外围呈现出所谓“卫星”病灶。有时在溃疡边界处可出现浅沟。在溃疡向深部发展时，坏死组织脱落，角膜穿孔，或出现“露水”现象，可推测前房已消失。有时在坏死的角膜中，夹杂有虹膜组织，表示溃疡已穿孔。前房积脓，特别是在早期，常为本病的特征之一，早期积脓呈白色，发展至严重阶段时，则呈淡黄色，质地黏稠不易移动，很难分清溃疡、脓肿或积脓，脓液内常含真菌。角膜后沉降物常为棕灰色粉沫状、颗粒状或淡黄色浆糊状
真菌性角膜炎药物治疗一般可使用二性霉素B、氟康唑、伊曲康唑以及那他霉素等药物局部和全身应用。氟康唑对念珠菌、隐球菌、曲霉菌及球孢子菌感染有效；那他霉素对曲霉菌、念珠菌、镰刀菌等均有效。对真菌性角膜炎，尚五十分满意的广谱抗真菌药，目前应用的抗真菌药物对眼部真菌感染总体疗效不佳。由于真菌性角膜炎容易误诊，常因治疗不当而导致失明。因此，眼睛出现不适时应尽快到正规医院就诊。