中国医学的传入和模仿时期
日本的医学在明治政府决定采用德国医学之前，中国的传统医学一直占据着主流地位。这种医学最早通过朝鲜半岛传入日本，接着和其它的文化一起由中国大陆直接传入。从那以后，日本的医学不管是在制度上还是在内容上都模仿着中国而发展。奈良时代的大宝律令（701年）中就记载有模仿唐朝的医疗制度，在这个医疗制度下宫廷中开展了教育和诊疗活动。当时使用的全是中国的教科书。
这种制度一直持续到平安时代，编集新医书的潮流出现了。把中国医书中的精华“提炼”出来，面向日本人方便阅读，成为了编辑的主要工作。其中最著名的就要算丹波康赖编集的《医心方》（984年），在这以后的大约一百年里就没有出现过超越它的医书。
镰仓时代
到了镰仓时代，佛教在人民群众中传开，在寺院中进行医疗活动的僧侣也出现了。其中最具有代表性的是在奈良修建了北山十八门户，在镰仓（神奈川县东南部的市）修建了极乐寺的忍性，也就是在这个时代，元朝统治着的中国，两次出兵日本，使得一段时间里和日本的来往变得很少，但是这种状况没有持续多久，来自中国的新文化一直影响着日本的文化。
14世纪初期，梶原性全通过使用新传来的中国的医书，整理出了《顿医抄》和《万安方》两本书。大量使用的中国医书中最具代表性的是《太平圣惠方》、《圣济总录》和《幼幼新书》。
室町时代（1336~1573）
从室町时代开始，从明朝来的信息就增多了，去中国学医的人也出现了。其中竹田昌庆、半井明亲、吉田宗桂、田代三喜等人及其继承者成为以后日本医学界的先驱。
室町时代的末期，随着五山僧（京都、镰仓的禅僧）积极地展开医学文献的研究，文人对医学的关心程度高涨，通过被称为“遣明船”的商船运输，流入了大量的医学文献和药材。不过输入的医书有些局限性，据说大多是从建阳的一位叫熊宗立的书贩兼医生处来的。这些书大半是出版于宋代以前，从金元到明代的书仅有很少。因此，日本化了的宋医学成为当时的主流。
战国时代（1392~1573）出现的曲直濑道三改变了这种状况。曲直濑道三在田代三喜的门下学习当时最新的明朝医学，1545年返回京都后，发挥所学知识，并参考了许多书籍，建立了自己独特的医学体系。他还开设学舍“启迪院”教育弟子，并运用经验成果主编了《启迪集》。
这本书是参考了64册中国医书才编撰而成的，其中虽然照搬了许多语句，但在采用的方法及构成法里蕴涵了许多他自己的独特构思。
他在自己序文里这样写道：“日本直到现在察证辨治的书还没有，著此书是为了开始改变这局面”。察证辨治和现在中医学里运用的辨证论治有着相同的意思。这是他从诊断到治疗都根据传统医学论而建立的理论体系，也是他编集《启迪集》的方针。
江户时代初期——曲直濑流的繁隆
曲直濑道三向来自全国的弟子们传授，他创立的医学体系。结果，这个体系作为日本医学的标准在全国广泛传播开来。并由他的长子玄朔及许多弟子们继承下来。
在这期间大量来自中国的医书的内容得到吸收并得到发展，特别是吴昆的《医方考》、李延的《医学入门》、龚廷贤的《万病回春》、李时珍的《本草纲目》被反复研究，不仅是译成日文，还把精华提取出来批上注广泛地进行普及。
一方面，随着藩镇制度的逐渐完善，为幕府、大名服务的私人医生及开业医生的增加，对医学的关心也随之高涨起来。与时惧进，专业知识丰富的同时，出现了许多简明易该的口诀，各种各样的口诀，作为以后日本汉方医学的传统被重视起来。此时期最具有代表性的书籍是冈本玄治的《玄治方考》、长泽道寿的《医方口诀集》（北山友松子做过补充）、曲直赖流的《众方规矩》等。
但是，到了17世纪后期，出现的几个新动向使局面有所改变。其一是《伤寒论》的普及：道三作的体系虽然包含有伤寒的治疗方法，但是《伤寒论》本身在日本基本上是空白，1615~1643年间出版的《注解伤寒论》并没有流向民间。与此同时，中国第二次《伤寒论》的热潮中诞生的方有执的《伤寒论条辨》、喻昌的《尚论篇》等等传到了日本、1659年日本版的《仲景全书》、1668年《宋版伤寒论》相继出版，一时间对古典的关心高涨，开始有许多人以次作为研究对象。
其二是儒学界中出现了伊藤仁齐和荻生祖徕倡导的新变革运动，他们否定朱子学，展开复古运动。受到儒学思想巨大影响的医学也发生了变化，重视研究作为原点的《伤寒论》，成为最重要的课题，并流行起来。这个就成为具有日本独特风格流派“古方派”的萌芽。
古方派的基本观点是，把古代先人的医术用到现代，实际的形式是因人而异，因时代而不同。
伊藤仁齐站在重视气的立场上批判朱子学的理气二元论。医学界与其相呼应，名古屋玄医提出了重视阳气学说，倡导了扶阳抑阴学说。他的《伤寒论》研究就是依据以上观点而展开的。
这个时候的日本医学界，有很多人接受儒学思想重视气的学说。比玄医稍后出现的后藤艮山倡导一气留滞说，首次提出了以气为中心的生理和病理的体系。并向刚成为汉方医学基础的阴阳五行说提出了疑问。频繁使用民间疗法等，显示出迄今为止的汉方医学的传统正在进行局部变革的动向。
江户时代中期—古方派的兴起
古方派真正的活动开始于以上叙述的两位先人之后。后藤艮山破坏了一部分的传统医学理论，他的弟子香川修庵比他更加彻底。修庵把儒学（圣道）和医术结合到一起，倡导“儒医一本论”，用实证的眼睛审视疾病，在他的著作《一本堂行余医言》中，大量引用各种文献的同时，详细阐述了证候论。
艮山还有一个弟子叫山胁东洋，他尽全力想让以前的医术复活。他重视《伤寒论》、翻译《外台秘要》、实行人体解剖并发行《藏志》，再现了古人所掌握的解剖知识。虽然留下了重视吐方等革新的业绩，但都出发于反古的观点。东洋的弟子永富独啸庵想在继承的基础上进行发展，可惜英年早逝，医学失去了这个方向的发展途径。
东洞结合自己的经验和古典的记载，加上自己的思考，提出了“万病仅仅是一毒引起”。完成了与当时完全两样新的病理观。并且宣扬去毒的工具是中药，为了达到目的《伤寒论》、《金匮要略》中的处方是极其有效的。毒虽然只有一个，但根据所在的位置，呈现出各种各样的症状，重视使用‘腹诊’的方法来诊断毒所在的位置。主张“医的学仅有方”，研究排毒处方的适用性。“万病一毒说”是不存在正气的问题，重点是着眼于邪的存在，主体可以看成是驱邪。
但是在东洞的理论中还有一个特征。用眼睛是无法看见阴阳五行的医学理论的，而且也无法客观的证明，因此放弃病态生理（病因、病机）的分析，作为知道功能却不知道构造的装置，与特定的症状和特定的处方相对应，开发了被叫做“方证相对”的体系。这就好像把中国传统医学中最重要的部分变成了完全无用的东西一样。
为了让“方证相对”服务于施行治疗，他拆解了《伤寒论》和《金匮要略》，另外以处方重新组合编成了《类聚方》。结果各种条文以处方的形式被整理，鲜明地展示了根据这个系统而运用的方法。他还试着从这些处方中归纳出药物的作用，并把成果写在了《药证》上
江户时代后期—折中派的时代
吉益东洞的思想，一片争议声当中在日本全土快速渗透着，短时间内曲直濑流的医学体系就崩溃了。本来的传统医学理论的根本被否定，思辨被排除，直接用实证治疗的看法成为了主流。
但是同时期的望月三英、今大路亲显、多纪元孝等在江户活跃的官医们却没和东洞同步走，他们以宋医为模型建立了自己的医学体系，形成了和京都的医生不同的学派。
在这种情况下，津田玄仙、和田东郭、荻野元凯、中神琴溪、原南阳、片仓鹤陵等医师以各种方式进行了折中，从18世纪后期到19世纪积累了大量的经验。
此期间，被东洞完全否定的传统医学的概念，因为有在临床上的必要，被再次使用。但仅是在框架中放进了个人范畴的分类。阴阳、表里、寒热、虚实的八纲及太阳病、阳明病等《伤寒论》的六经的概念均一一复活，而且东洞的儿子吉益南涯抛出了“毒虽然只有一个，但是和气、血、水相关”。的气血水说。这个用语表面上看和原来的传统医学用语并无差异，其实是大相径庭的，生理和病理的意思完全不同，但是作为分类的指标被使用着。
18世纪后期，儒学出现了新动向，折中、考证之风代替了一直流行了的祖徕学，当然这种动向也影响到了医学。在儒者中井上金峨起到的作用很大。1765年多纪元考设立齐寿馆（后来的江户医学馆），任命井上金峨为经营万事并委托他为学证的总理。元考之孙多纪元简跟着金峨钻研儒学，并把方法论应用到医学上，面世了许多考证学上的研究。以后，江户医学馆成为了幕府医疗行政的一部分，在以多纪家为中学的考证学领域作出了巨大贡献。
这其中有重要的古典复刻本（《千金要方》、《千金翼方》、《医心方》等）、古典的注解（《伤寒论辑义》、《素问识》、《灵枢识》、《伤寒论述义》、《金匮要略述义》等）还有书志学研究的（《医籍考》、《经籍访古志》等）
另外，1774年《解体新书》出版以来流行起荷兰医学，1805年华冈青洲首次实施了全身麻醉下的乳癌手术。至此，西洋医学和东洋医学统一了的世界观在不少医师中出现。特别是到了幕府后期，荷兰医学的气势越来越盛，兰方医被选为将军的侍医，而且这种优越性在种痘防疫方面也显现出来。
但是，在汉方医学被荷兰医学统治的大环境下，坚守汉方医学并使其发展的医家也很多。其中最著名的是吉益东洞直系的尾台榕堂、和江户医学馆关系密切折中派的浅田宗伯。
尾台榕堂是吉益东洞的笔头弟子、峰少翁的徒孙，行东洞流的医术，以卓越的治疗为世人所知。特别是给《类聚方》写了头注的《类聚方广义》展示了《伤寒论》处方的使用方的规矩评价很高。一方面，浅田宗伯是被江户幕府、明治新政府重用，给政府要人、各国公使治疗而被人所知的人物。他的医术综合了京都和江户学派，涉及方面较广，以《伤寒论》为中心，根据宋代的医学理论创立的独特的体系。其中《勿误药室方函》、《勿误药室方函口诀》作为解说书的规范而被尊重。
从明治维新到现代——衰退和复兴
1868年的明治维新，新政府制定了新的医疗制度，决定采用德国医学，汉方医学失去了医学的地位，在学校也无法教授汉方医学。但是，仅有针灸被允许在社会上延续。还有，作为汉方处方材料的生药研究即生药学，是当时最新的学问，在大学的药学部的研究相当火热。比如说，长井长义从麻黄中提取Ephedrine等。这些是继承了日本药学的传统并与现在汉方医学的科学研究相关联。
当时的汉方医们为了使汉方医学在政治上取得地位，1879年成立了温知社，最后在议会中激烈争论，明治28年（1895）提出的法案被否决。终于彻底断绝了在政治上存在的道路。但是从江户时代开始用汉方医学治疗的汉方医们还有很多，在他们那儿学习的年轻有为的医生们，正为汉方医学的复兴而不懈的努力着。
这个时代的汉方医们大致可以分为三种：
其一，少年时代看着自己的姐姐在汉方医学的治疗下神奇地恢复，自身成为汉方医师后，努力发展汉方医学的和田启十郎及他的后继者们。1910年和田出版了《医界之铁锥》，这是一本在西洋医学知识的背景下，介绍汉方医学作为治疗医学优秀性的书物。由此成为社会上汉方医学复兴的开始。这本书的思想与吉益东洞的一致，是按照《伤寒论》、《金匮要略》而著，他们的医学与江户时代的古方派很相似。
其二，江户时代末期和明治时代初期时活跃了的浅田宗伯及后继者们。他们继承师父的医学，各自发挥着才能施治一方，人数虽少为汉方医学的发展却竭尽所能。也就是所谓的折中派。代表人物是东京的木村博昭，大阪的中野鸿章和京都的新妻壮五郎。
其三，宗教家森道伯跟着有实力的汉方医学习医术，加上自己的构思，建立了根据独特体质分类的体系，促进了发展。分为瘀血证体质、脏毒证体质、解毒证体质三证和与之相应的五处方（通导散、防风通圣散、柴胡清肝汤、荆芥连翘汤、龙胆泻肝汤）。他的流派以药室的名‘一贯堂’为称号。使用的处方因为主要是后世方，所以被称为后世派。
这三个流派到了第二代，彼此间相互合作，构建了日本汉方医学的体系。并且把成果编集于《汉方诊疗的实际》一书。
这本书是由浅田流的木村长久、古方派的大冢敬节、一贯堂流的矢数道明三人及药学家清水藤太郎执笔，出版于昭和16年（1941）。他们都是各流派的代表人物，“繁忙的临床家没有任何预备知识，短时间内轻松掌握汉方医学。”是他们著此书的初衷。
这本书经过数次改版，1968年该名为《汉方诊疗医典》，以横着写的形式出版。这是现在日本汉方医学的原点。1976开始的健康保险适用的汉方制剂就是在此基础上成立的，在这以后惊人的增长也是这本书的方法论支持的结果。
医疗用的汉方制剂在一般的医疗机关被使用，并广泛普及。以日本东洋医学会开始的学术活动相当频繁，大量的研究被发表，在大学的医学部开始开展汉方医学教育等，终于具备了诊疗、研究、教育的基础一直到现在。
摘编自经方医学论坛