透邪达表，治伤寒温病邪热
《名医别录》云：（柴胡）“除伤寒心下烦热。”《滇南本草》谓其为“伤寒发汗解表要药，退六经邪热往来。”张仲景小柴胡汤用作治疗少阳往来寒热的主方。故医家多谓其乃少阳解热主药。殊不知，解少阳之邪热，只是小柴胡汤解热的一个方面。张仲景曾在柴胡加芒硝汤条下云：“先宜服小柴胡汤以解外”，由此观之，小柴胡汤并不只是作为少阳病的主方，而是可以作为解除六经除太阴、少阴之外的其余四经外邪发热的主方。柴胡作为方中主药，更是可以解伤寒温病的表里热邪。
温热之邪在肌表卫分，透表泄热，可用柴胡配金银花、连翘、薄荷、青蒿、牛蒡子等以宣散；风寒之邪在太阳表分，可配麻黄、桂枝以解表达邪；邪居表里之间，可配黄芩、薄荷、芦根等和解表里；邪入阳明，可配伍石膏、知母等清解兼以达邪，引邪外出，使上焦得通，津液得下，胃气因和而解；邪伏膜原，可配厚朴、枳实、白芍、黄芩等透邪外出；即便是热入血室，邪气深藏，仍然可以用小柴胡汤配四物汤，自血室透热外达。
另外，治肝炎湿热之邪内蕴而外见发热，北京中医药大学刘渡舟教授自创柴胡解毒汤以柴胡为君药，配伍黄芩、茵陈、凤尾草、土茯苓、草河车、生甘草，用之有立竿见影之效；治泌尿系感染之尿痛、尿频、尿急，热痛淋漓，往来寒热，国医大师张志远用柴胡配蒲公英、穿心莲、瞿麦、鸭跖草、苦参、败酱草、白花蛇舌草，也有桴鼓之应。
总之，柴胡为透邪外出的药，而非只用于治疗少阳或半表半里的疾病。笔者在临床上运用柴胡，于伤寒则用治三阳经与厥阴经之热，于温病则用治卫分、气分之邪，从不拘于半表半里之论。另据现代药理研究发现，柴胡有较好的解热、抗炎、杀灭病原体以及镇静作用，这可能是其解外在邪热的基础。
疏肝解郁，除胁痛胸闷乳胀
疏肝解郁，为柴胡的另一个重要功效，如名方四逆散、柴胡疏肝散、逍遥散，均以此为君药，治疗情志不舒、急躁易激惹之症。因肝胆经脉循行的关系，柴胡对于胁痛、胸闷、乳胀及小腹憋闷、两肩膀不适也是的对之药。柴胡常配伍白芍、郁金、香附、甘松、川楝子、青皮、佛手等，以条达肝气，开郁闭，通结滞，对于肝气不畅所导致的诸般症状确有疗效。
笔者曾治一老妇，与儿媳生气后，两胁胀闷疼痛，不可进食，胸满喘憋，呃逆声高，自觉有气团游走，所过处憋胀，按之则呃，呃则稍舒，大便不下，小便亦少，且头面肿胀，症属肝气郁滞，三焦不畅，水谷不行。用柴胡18克，白芍30克，枳实20克，生甘草15克，川芎15克，青皮10克，郁金20克，川楝10克，生大黄10克，大腹皮10克，焦榔片15克。患者服后，1剂即知，4剂病消大半，7剂后病除。
升举阳气，祛头面耳目之疾
首先提出柴胡具升举阳气之能者，为金元四大家之一张元素，他在《医学启源》中指出柴胡为“少阳厥阴引经药”，并明确言其“引胃气上升”。其后，张元素之高徒李东垣师古而不泥，将柴胡用于清阳不升或清阳下陷诸证，由此开启了柴胡升阳举陷之先河。如他在补中益气汤中用柴胡，称其“引清气行少阳之气上升”，并谓全方“补其气而升其阳”。再如《脾胃论》补脾胃泻阴火升阳散火汤、升阳汤等，皆尊此用法。后世运用柴胡升阳功效广泛，如张锡纯升陷汤、《仙拈集》升气汤、《顾松园医镜》升阳除湿汤等。需要指出的是，清阳（气）不升，既可见于虚证（无力升举），也可见于实证（邪实阻遏），对于此两类清阳（气）不升，柴胡均可治之。但在升举阳气时，柴胡只可作为佐使用药而不可用作君药，对于无力升举之证，必以补气药为主，对于邪实阻滞不能升举者，要以祛邪之药为主，柴胡只是引导气机上升，而且用量不宜大，如果以柴胡为君药，且药量偏大，则会适得其反。
柴胡的升举功效对于很多头面之疾有很好的治疗效果。《五十二病方》最早记载柴胡治疗头痛病症。除治疗清阳不升的头晕痛之外，柴胡也可用于风邪上袭的头痛头晕，如《医学入门》之清空膏治风热上壅头痛、《仁术便览》苍术复煎汤治风湿头痛、《卫生宝鉴》之乳香盏落散治偏头风等。
再如柴胡治目疾，自汉代即有记载。《神农本草经》言其可以“明目”。《千金要方》以之与决明子相伍为末，用乳汁调和敷目上，治眼目昏暗。《本草纲目》谓其可“治目昏、赤痛障翳”。笔者用柴胡与黄芩、栀子、荆芥、蝉蜕、僵蚕相伍，治疗风热火眼；用之与白芍、牡丹皮、石斛、决明子、茺蔚子相伍治目干涩，见风流泪，皆屡屡建功。
柴胡治耳疾，也属古已有之。由于耳聋、耳鸣多与少阳相火相关，柴胡和肝胆之经，功善疏畅气机，升清开窍，故为治疗耳聋耳鸣之要药。如《幼幼新书》通鸣散，用柴胡与菖蒲、远志、细辛、磁石等配伍，治窍闭不通之耳聋；《杂病源流犀烛》聪耳芦荟丸，以之与芦荟、大黄、龙胆草等同用，治肝胆火盛，耳内蝉鸣。笔者治耳鸣耳聋，也用之为引经药。
此外，对于口鼻咽喉之疾，柴胡也可以为导引之药，加入对证的药中，起到引药至上的作用。
宣畅气血，疗风湿筋骨痹痛
《名医别录》记载柴胡可“除湿痹拘挛”，《药性论》言其治“骨节烦疼”“肩背疼痛”，这可能与其散风邪、开结气、宣郁滞，即“宣畅气血“有关。如《辨证录》双解风湿汤，以之与防风、薏仁、茯苓、甘草同用，治风湿相搏，身体烦疼，不能自转侧。《症因脉治》之柴胡独活汤，以之与防风、独活、川芎等同用，治风湿腰痛。笔者经验，在治疗风湿药中加入本品的确可以宣畅气血，提升抗风除湿的疗效。
有关柴胡应用的争鸣
关于“柴胡劫肝阴”
温病大家叶天士“柴胡劫肝阴”的论点，对后世影响巨大。然赞成者固多，而反对者亦不少。从《神农本草经》记载来看，柴胡列为上品，且有“明目益精”之功，何以能劫肝之阴血？再从张仲景柴胡用量常至八两来看，也不似有劫肝阴之弊。笔者认为，这可能是和临床所治证候有关，如确有肝血大伤，真阴不足，柴胡有升发之性，性偏燥，用之或有不当用之处，但对于平素肝血不亏之人，则绝无伤人肝阴之说。而对于肝阴不足者，确当用柴胡解热、疏肝抑或升提时，可佐以补肝血之药，如白芍、地黄、黄精之类，自可用其长而防其短。总之，柴胡为平达之药，不可因叶氏之说而限制其临床功效的发挥，使明珠蒙尘。
关于柴胡用量
笔者体会，对于解表退热，透表达邪，柴胡用宜大，一般20克起步，多者可用至50克；对于疏肝解郁，宜用10~18克，如果气郁甚重，至胸胁胀痛者，也不宜超过20克；如用于升提，则量宜少而不宜大，一般3~5克为宜，量过大则药过病所，失其佐使之功，反而无效。
治外感退热柴胡用量宜大，如小柴胡汤治少阳往来寒热及少阳阳明合病时，其用至八两之多。笔者对于外感发热不退，常用量是20~30克，效果不显者，可以加至50克。曾治一名高热稽留患者，体温39~40℃，10日不解，用柴胡30克，黄芩15克，生石膏60克，青蒿30克，茅根30克，芦根30克，双花20克，连翘20克，3日不退，重新辨证无他，故将柴胡加至50克，半日开始退热，一天半退净。