吴茱萸“味辛温。主温中，下气，止痛，咳逆寒热，除湿血痹，逐风邪，开腠理。根，杀三虫。”（《本经》）
吴茱萸味辛、苦，气温，主入足厥阴肝经、足太阴脾经，辛温能暖脾胃，苦能降逆止呕、咳，即“温中、下气”，故可治疗脾胃虚寒、运化失常之呕吐、泄泻、腹痛，也可治疗胞宫虚寒之月经病；而且，吴茱萸的“止痛”作用很强，凡脾胃虚寒或肝胃虚寒导致的痛症，如胃痛、胁痛、厥阴头痛、妇女痛经、寒疝等，表现为喜温喜按，恶心呕吐，纳呆腹胀，畏寒肢凉，便溏泄泻，舌淡苔白，脉沉弦或迟者，尤宜于用吴茱萸，如吴茱萸汤、导气汤、温经汤、四神丸等。
慢性肾衰竭之属脾肾阳虚、水湿浊邪内盛，症见尿少，水肿，呕吐，泄泻，纳呆，腹胀者，可予以吴茱萸汤与真武汤合方温肾健脾、利水降浊，药用吴茱萸6克，党参15克，生姜10克，大枣5枚，熟附片10克，茯苓30克，焦白术10克，益母草30克，车前子15克，其中，加益母草、车前子是为了加强利水作用。
慢性腹泻久治不愈者，乃因脾阳虚弱，日久伤及肾，致命门火衰，强调温肾固涩二法，用吴茱萸15克温中散寒入脾，五味子100克收敛固涩入肾，此方虽简，却有良效。
左金丸乃黄连为君，佐少量吴茱萸为臣，用量为6:1，治疗肝火犯胃证之胁痛口苦、呕吐吞酸。余受此启发，认为吴茱萸为君，佐少量黄连为臣，用量仍为6:1，可治疗心腹积冷、心下结气之胃寒证，凡见脘腹冷痛、胀气，呕吐吞酸，冷食不消，畏寒喜暖，舌淡苔润，脉沉弦紧者，予以吴茱萸9克，黄连1.5克，山栀子3克。因腹内久郁寒湿，必蕴湿火，栀子入六经，泄三焦火，又能行结气，故宜加之。
女性月经不调，少腹冷痛胀滞，经水色紫成块，淋漓不尽者，为冲任虚寒、瘀血阻络，经水不能循经而行，妄行于经络之外而淋漓不尽，拟温经汤去生姜加炮姜、乌贼骨化瘀止血，药用当归6克，白芍6克，吴茱萸6克，川芎6克，炮姜6克，法半夏6克，丹皮6克，麦冬10克，党参10克，桂枝6克，阿胶6克（烊化）,炙甘草6克，乌贼骨15克。妇女经行腹冷痛，呕吐，经水紫黯有块者，余常用少腹逐瘀汤加吴茱萸、生姜温经散寒，止痛止呕，疗效显著。
阴疽如流注、痰核、瘰疬、乳岩、横痃、脱疽、贴骨疽、鹤膝风等，属营血本虚、寒凝痰滞痹阻肌肉筋骨血脉关节所致者，症见患处漫肿无头，酸痛无热，皮色不变，破溃脓液如血水不稠，口不渴，舌淡脉沉细等，可以吴茱萸300克，荜茇100克，细辛100克研末，用醋调敷于局部，纱布固定，每日更换，同时内服阳和汤。
吴茱萸依靠其辛温走散之性，通过开发腠理，达到逐风寒湿邪而止痹痛之功。
吴茱萸辛温燥烈，容易耗气动火，故阴虚有热者忌用。吴茱萸有小毒，临床不宜用量过大、服用时间过长。