明清时期，指朱元璋从1368年，建立明王朝至清代鸦片战争时止(公元1840年)这个时期，是中国封建社会的后期。
公元1368年，元朝末年，农民革命，推翻了蒙古贵族的统治政权，朱元璋建立了明王朝。明朝初期，采取发展生产，开垦荒地，发展农业，大兴水利，扶植工商业，经济出现繁荣景象，政治稳定，人民安居乐业。中期以后，纺织、冶炼、瓷器、印刷、造船等行业欣欣向荣，海内外贸易十分活跃。郑和七次下南洋，与 30多个国家进行贸易交往，促进我国与海外各国的友谊。明朝后期，欧洲出现了资本主义国家，不断侵人我国，他们还派传教士进入我国，通过天主教传教，达到经济、政治上的目的。同时也带来了西方科学文化，从医学方面有西医、生理、解剖等方面的医术与著作。
明代医药学十分发达，有许多创造、发明；许多医家总结前人著述，结合个人经验，撰写许多有价值的医学巨著；中国与海外的交流也十分频繁，促进了我国医药学，食疗学的发展。
李时珍从公元1552—1578年，经过20年的时间，撰写了我国医学巨著——《本草纲目》。全书52卷，载药1892种，附方11096首，插图 1160余幅。李氏以’《经史证类备用本草》为蓝本，参阅医书共84家。据李时珍说： “自陶弘景以下，唐、宋诸本草引用医书，凡八十四家，而唐慎微居多。时珍今所引，除归本外，凡二百七十七家。”他博采众方，集我国医学之大成。主要贡献是：
第一，总结明代以前的医药学，收载药物1800余种，附方10000余首，插图1000余幅。第二，纠正了我国过去本草药物中许多错误。比如，过去把两药葳蕤与女萎当成一种药物之错误更正，把过去是认为一种药物，实际是两种药物的南星与虎掌分清。第三，创造了先进的药物分类方法，他采取“物以类从，目随纲举”这样按性质归类，便于查找；第四，发展了食疗学，书中附方所含补养方、食疗方甚多，其中药粥方近百首；第五，系统地阐述各种药物的全面知识，比如，每种药物来源、校正、释名、集解、辨疑、正误、修治、气味、主治、发明、附录、附方等，甚是细致。第六，批判过去一些对药物的见解。比如，批判过去服食水银，雄黄成仙的错误认识。第七，丰富了我国乃至世界医药宝库。《本草纲目》是医药学、食疗学、植物学、矿物学、动物学、化学、物理学、农学、天文学、气象学等多种学科的结晶；第八，对少数民族医药进行收集整理，为发扬民族医药做出了贡献。比如，蒙古族，用牛腹治疗外伤的方法；第九，对文字学进行考证，阐明许多汉字之字形、读音与历史的演变情况；第十，收载了我国明代以前的文献，光本草医药学就有八十四家，有效地把一些已经亡佚的医学著作、文献保存下来，传给后代。第十一， 《纲目》图文并茂，文字简练，深入浅出，说理透彻，为学者提供良好条件。李时珍是我国医圣、药王，受之无愧，其业绩将永垂青史。
这个时期，对食疗学发展有价值的医药古书较多，其中有卢和撰写的《食物本草》，公元1506—1521年经汪颖厘正为两卷。在卢和《食物本草》问世以后，另一本托名元代李果编辑，明代李时珍参订的《食物本草》二十二卷本，药成书于明末，广为流传。后明末医家姚可成作了辑补，许多是摘录《本草纲目》内容。姚可成辑补的《食物本草》其贡献在于：其一，将食物列为1682条，叙述全面，有名称、产地、加工、制备、治疗功效等，是我国明代食物专著中较完善的版本。姚氏对水重要价值认识较高，以泉水为最多，有650条，阐述丁各泉水的分布、历史、功效、评论等。此外，对酒、醋、酱、饴糖、砂糖、麻油、豆油、盐、酪、椒、茶，详细介绍了性味、制备、食用方法、对人体的食疗价值，且文字通俗，便于阅读和推广。本书对于本草的研究，水泉的开发，食用药物的开拓，并对科研、制药、食疗、保健都具有重要意义，尤其对食疗学，药膳用食物提供了重要文献，做出了重大贡献。
《救荒本草》为朱元璋第四子朱棣于1406年编撰成书。《四库全书》云：朱棣“好学能文，留心民事”，他为了在灾年人民群众能以野菜代食，度过荒年，撰写此书。为了使书充实，真切，他将一些能食的植物，种在苗圃里，还亲自观察生长、成熟情况，并请画工绘成图，供群众参照食用。全书收载植物414 种，其中276种，是新增补的。每种植物叙述较详，包括名称、生产环境、形态、性味、食用部分、加工、去毒方法、去异味方法和烹调方法都一一地作了介绍。徐光启在编撰《农政全书》时，将《救荒本草》内容全部收入。《救荒本草》出版后，不仅在国内产生极大影响，而且海外也十分重视，在17世纪末，《救荒本草》传人日本。1716年，松岗恕庵从《农政金书》中抽出《救荒本草》内容，进行日名考证并加以训点后刻印出版。之后于1799年和1842年，日人又增补出版。20世纪40年代，英国药物学家伊博恩对《救荒本草》进行研究后认为，该书收载的植物，含有的能量和维生素，对于防止不平衡食物导致的身体疾苦是很有益的，他对书中358种植物定出了植物学名，并对其中许多的营养价值进行了化学分析。他于1946年出版了《<救荒本草>所列的饥荒食物》一书。从以上可以看出， 《救荒本草》在国内外所产生的影响和食疗学中的珍贵价值。
《食鉴本草》为宁原于1522—1566年编撰而成。该书基本与卢和《食物本草》类似，但对品种、主治、功效、民谚、文献记载等，均有增补，李时珍编著《本草纲目》时，对《食鉴本草》有一些引用。
《野菜博录》为明代鲍山于1622年撰写成书，全书草部2卷，木部1卷。据其本人作序说： “兹采集野蔬以防岁歉，随处便于民取。”还说： “共四百数，一种皆予亲尝试之。”这都说明鲍氏既爱人民，又有严谨的治学态度。
明代除了李时珍的《本草纲目》、卢和、姚可成的《食物本草》、朱棣的《救荒本草》、宁原的《食鉴本草》、鲍山的《野菜博录》，尚有王纶撰写的《本草集要》、刘文泰等撰写的《本草员汇集要》、陈嘉模撰写的《本草蒙荃》、徐彦纯撰写的《本草发明》等，这些医药文献除对医药学有贡献外，对食疗学的发展都有其价值，值得认真发掘和研究。
明代后期，皇室贵族和官僚豪绅地主对土地的大量掠夺，对农民进行残酷压迫，农民被迫奋起造反，公元1644年，李白成率农民起义军占领北京，推翻了明朝政权，由于李白成骄傲轻敌和享乐思想滋长，对敌人放松警惕，终于被满族贵族统治者勾结汉族官僚吴三桂，于同年五月攻人北京，从此建立了清王朝。清王朝建立后，采取招民垦荒、分明藩王土地于民、大兴水利、治理黄河、减免钱粮，其政策深得人心，使工农业都有一定发展。
中医药学方面清代又比明代有所进步。清代医学家对医书的考怔、校订工作，兴趣十分浓厚，这对保存和研究古代医学文献意义极大，比如，公元1689 年，汪昂撰写了《索问灵枢类篆药注》，共3卷，辑录了《素问》、《灵枢》两本书的主要内容。公元1695年高世拭撰写的《素用灵枢直解》9卷，校订《素问》全书。这些对《内经》的认识都有提高。滑代对《伤寒》、《金匮》的研究也很深入。比如，公元1759年，徐大椿编成《伤寒类方》，有新的发挥和发明。
《本草纲目拾遗》是赵学敏于公元1765年撰写而成的。全书共10卷，收录《本草纲目》朱载的药物和食物。其中西洋参、冬虫夏草、太子参都是食疗和药膳经常用的药物。比如，西洋参炖乳鸽、虫草炖老鸭、太子参煮牛奶等。都是现在人们喜爱的药膳菜肴和饮料。
《本草纲目拾遗》在“夏草冬虫”项下写道： “出四川江油县化林坪，夏为草，冬为虫，长三寸许，下跌六足，腥以上绝类蚕，羌俗采为上药。功与人参同。《从新》云： ‘产云贵，冬在土中，身活如老蚕，有毛能动，至夏则毛出土止，连身俱化为草。’若不取，至冬复化为虫。《四川通志》云： ‘冬虫夏草出里坝拔浪工山，性温暖，补精益髓……’ 《文房肆考》： ‘迩年苏州皆有之，其气阳性温，孔裕堂述其弟患怯汗大泄，虽盛暑处密室帐中，犹畏风甚，病三年，医药不效，症在不起，适有戚自四川归，遗以夏草冬虫三斤，逐日和荤蔬作肴炖食，渐至愈，’因信此物保肺气，实胰理，确有征验，用之皆效。”以上对冬虫夏草的产地、形态、功效详细作了介绍，接着介绍了夏草冬虫的食法： “炖老鸭法。用夏草冬虫三五枚，老雄鸭一只，去肚杂，将鸭头劈开，纳药于中，仍以线扎好、酱油、酒如常蒸烂食之。其药气能从头中直贯鸭全身，无不透浃。凡病后虚损人，每服一鸭，可抵人参二两。”可以看出，赵学敏对食疗十分重视，不但收载了新药，而且对这种药与食物老鸭配合，而且从鸭头部劈，纳入虫草，使药性进入鸭的全身，使“药借食力，食助药威”，让体弱病人食之即能康复，制作方法沿习至今，许多药膳餐厅都以此如法炮制，效果甚佳。
清代食疗专书，王士雄著《随息居饮食谱》，成书于公元1861年。本书收载食物331种，附食物73种，共计404种，属食物性中药共382种。全书分为水饮、谷食、调和、蔬食、果实、毛羽，鳞介等7类，母类分述。均按性味，功能、主治、临证应用、服法、宜忌等进行论述。 《饮食谱·跋》言： “书先水谷，水，食之精，谷，食之本也，调味为制宜之具世，蔬果亦日用之常也，故曰饮曰食，而考之实，辨之详。毛羽、鳞介不言食，亦非人人为常食也。”王氏提倡食粗茶淡饭、时蔬水果才是养生之本，王氏主张食无饱，味勿厚滋，而以清淡洁净，适合时令为佳。讥讽世俗“孳于肉食”， “不甘淡泊”。郎景在题辞中总结道： “膏梁非所愿，丹药亦有毒，造物养吾身，阳饮阴食足，世人味鲜知，万钱恣口腹，损形兼损神，酣豢病已伏。参苓虽美材，元气剥难服。先生怀苦心，方书补未录。”王氏用简易的食疗方法，治疗各种疾病，效果十分突出，比如， “羊骨粥”治疗赢老胃弱； “荷叶粥”治疗脾虚气陷和便泻等症；白果煨熟去火，细嚼米汤送下，治小便频数等。抗老益寿食疗也有良方，比如，猪脊髓，能补髓养阴，治骨蒸劳热，带浊遗精；桑椹，久久服之，须发不白。这些食疗方法，为老年病学提供了宝贵资料。
除以上所说，对食疗学有突出贡献的著述外，清代还有吴其浚编著的《植物名实图考》，该书成书于1848年，全书39卷，载植物1714种，其中许多植物能食能药，提供了丰富食疗资料。公元1694年汪昂撰写的《本草备要》，公元1695年张璐撰写的《本草逢原》，公元1757年吴仪洛撰写的《本草从新》，公元1769年黄宫绣撰写的《本草求真》等都是有成就的医药学、本草学专著，同时书中也都收载许多能食能药的植物，对食疗、药膳研究都是珍贵的资料。
总的来说，明清时期医药学是很有成就的，特别是李时珍的《本草纲目》，被国内外广泛采用，是我国的医学、食疗学的宝贵遗产。