清代太医院基本上承袭了明代的编制和职能，除了负责宫廷人员的看病诊治外，还要负责皇帝有关医疗事务诏令的贯彻落实，医生的培训考试等工作。
太医院的主要职责是侍直，即在宫廷内伺候听命或宿夜值班。院使、院判、御医、吏目、医士各以所业专科，分班入宫，轮流侍直。“掌分班侍直，给事宫中曰宫值，给事外廷曰六值。西苑寿乐房以本院官二人值宿。”光绪十三年（1887年）议定， 西苑（现中南海及北海）寿乐房，每日须有两名太医院官值宿，药库的库掌、笔帖式等，遇差传唤；乾清宫御药房，每日由太医院大、小方脉二科各一人值宿，以供进御。此外，文武会试、顺天乡试，“由院遴选通晓医理之大方脉科、疮疡科各一人，申送委用”；刑部监狱，“由院选派医生二人供役，每月给发药价银米。效力满六年，割回到院，升授吏目”；凡诸王、公府及文武大臣，外藩、公主、额驸及台吉大臣和军营需医，太医院要奉旨差官医治。
太医难当
太医地位虽然尊崇，但是“伴君如伴虎”，民间有“太医难当”之说。清初太医院医官除看病处方外，还要为帝王煎药。《太医院志》记载：“凡烹调御药，本院官请脉后,开方具本奏明，同内臣监视。每一剂备二服，合为一服。候熟，分贮二器。本院官先尝之，次内臣尝之。其一器进御。”为皇帝煎御药，太医与内臣要一道监视，待药煎好后，分别倒入两杯中，一杯先由主治御医先尝，后由院判、医官、煎药太监依次饮尝，另一杯则进呈皇帝服用。溥仪在《我的前半生》中说：“按照常例，皇帝得病，每天太医开的药方都要分抄给内务府大臣们每人一份，如果是重病，还要抄给军机大臣一份。”
御医整日小心翼翼，谨慎从事，如履薄冰。如果方子难以奏效，太医轻则遭到申斥，重则受到严厉惩处。如康熙四十五年（1706年）十一月二十四日，太医院院使孙之鼎等承旨治疗正黄旗内大臣颇尔盆痔漏复发症，康熙对他们的治疗情况非常不满，曾在朱批中大发雷霆，写道：“庸医误人，往往如此。”光绪帝死前的一两年间，因病情复杂，太医难以治愈，而光绪本人又怨天尤人，他在自书的“病原”中，曾多次对应诊的太医恶语相加，发泄不满。光绪帝死后，太医院院使张仲元、御医全顺、医士忠勋等均以“未能力图保护，厥咎甚重”之类的罪名，受到“即行革职，戴罪当差”等例行处分。
医而升官
当时也有因给皇帝或太后医好病而升官的，江苏无锡人薛福辰就是其中一个。
薛福辰，字振美，号抚屏，祖籍江苏无锡，生于道光十二年（1832年）。薛福辰天资聪明，7岁即能作文，自幼埋头苦读经史，并且喜读《黄帝内经》《本草纲目》等医书。18岁考取秀才，23岁中举，后在北京任工部员外郎。咸丰十年（1860年），被人推荐到李鸿章幕府供职，得到李鸿章的赏识，被提拔为候补知府，到山东补用。正值黄河决口，洪水滔滔，泛滥成灾，饿殍遍地。山东巡抚丁宝桢知道薛福辰精通水利，便召他协助治理黄河水灾。薛福辰深入到抗洪第一线，综合整治，组织民工抢险救灾，成功堵塞决口，并节约不少白银。薛福辰抗洪有功，再一次得到李鸿章的重用，被调任候补道员，补山东济东泰武临道。在任4年，他勤政为民，励精图治，民众安居乐业。他因酷爱岐黄，在公务之余自学医术，研读诸家医典，竟学有所成，名满南北。李鸿章对其十分了解。
光绪六年，年已46岁的慈禧太后突然感到身体不适，茶饭不思，呕吐不止，经太医院的御医诊断为血蛊证。血蛊是由瘀血内停，因循日久所致的鼓胀证。面对慈禧日益见长的腹部，太医们急得团团转，束手无策，朝廷只得下诏遍征名医。可是，全国各地的名医应召而来者倒是不少，但是收效甚微。慈禧整日忧心忡忡，精神不振。她的心腹大臣李鸿章深知薛福辰的医学本领，所以向慈禧太后和光绪皇帝保荐他入宫治病。
薛福辰接旨后不敢怠慢，日夜兼程赶赴京城。当他到达皇宫后，各地名医云集，其中有曲阳知县汪守正和常州孟河名医马培之。薛福辰通过把脉，也诊断为血蛊证。他询问了以前所用药方后，开了几服药，所不同的都是疏通补养之品。慈禧服用后大见成效，令前去会诊的太医和各地名医大为赞叹。于是，薛福辰被留在宫中做事，王公大臣前来医治者络绎不绝。
光绪八年（1882年）十二月，慈禧病体痊愈，薛福辰因治病有功，加赏头品顶戴，调补直隶通永道。这年除夕，慈禧亲书“福”字和“职业修明”匾额赐之，同时赐紫蟒袍、玉钩带一副，又赐宴体元殿、长春宫听戏。
薛福辰不仅医术高明，而且为官有道，在直隶任内政绩卓著，得到民众的交口称赞。光绪十二年（1886年），薛福辰升任顺天府尹。第二年冬调宗人府丞，一年后又授都察院左副都御史。不料突患中风，半身不遂，于光绪十五年（1889年）夏疏请退职，同年7月病逝，皇帝赐白银500两治丧。（郑学富）