长期应用广谱抗菌素容易出现新感染，广谱抗菌素可抑制人体内敏感菌的生长，导致耐药菌大量繁殖，成为优势菌。各种原发疾病、大手术等使机体免疫功能受损，优势菌就可引起消化道、肺部、尿路、血液等感染，且治疗困难，病死率较高。
很多人有个习惯，病了自作主张吃抗菌素。再贵再好的抗菌素也存在危害，随意用很容易导致身体菌群失调，如果必须吃抗菌素，一定要遵医嘱按时按量服用，不要感觉好一些了就不吃，以免身体产生耐药性，最后导致无药可医。正常人体内有许多共生菌群，抗菌素特别是广谱抗菌素的不合理应用，打破了其平衡。
对所有抗菌素都有抵抗能力的耐药菌已成为医院内感染的重要病原菌。如绿脓杆菌可以改变细胞膜的通透性，阻止青霉素类药物的进入；结核杆菌通过改变体内蛋白质结构阻止抗菌素与其结合；更有甚者，有的革兰氏阴性菌可以主动出击，用水解酶水解掉青霉素和头孢菌素类药物。由耐药菌引起的感染，抗菌素无法控制，最终导致病人死亡。