再全面了解病史的基础上，分清疾病的主次，恰当地进行取穴，可根据相应部位，中医辨证，耳穴功能和临床经验的原则来取穴。
理论取穴：皮质下穴有调节大脑皮层的功能，因而神经系统的病症要取皮质下穴，交感穴有调节自主神经的功能，因而内脏病痛要取交感穴，平喘穴有调节呼吸中枢及抗过敏的功能，因而哮喘要取平喘穴。
临床经验取穴：通过大量临床实践，总结了治疗疾病的有效耳穴，如眼穴、肝穴、脾穴能治疗麦粒肿；神门穴、皮质下穴、热穴及相应部位（如踝关节扭伤，相应部位的耳穴是踝），能治疗扭伤；颈椎穴、颈穴、神门穴、外生殖器穴能治疗落枕；枕穴、额穴、枕小神经穴、神门穴、皮质下穴能治疗头痛。
