《本草纲目》药物介绍于“主治”项之后设有“发明”项，究其内涵，诚如凡例所云：“以发明，疏义”，即以其补充“主治”论述之未详。纵观发明项内容，载录历代医家关于药物论述，反映药物认识和使用的古今变化，阐发药物功用机理，分析药物的异同，介绍药物的配伍使用，注释药物毒性禁忌，并纠正前人认识之错误等，颇具特色，值得关注。
药物功用的古今变化
土茯苓古方不载，当今治疗杨梅毒。《本草纲目·草部·第十八卷》土茯苓：“【发明】时珍曰：杨梅疮古方不载，亦无病者。近时起于岭表，传及四方。盖岭表风土卑炎，岚瘴熏蒸，饮啖辛热，男女淫猥。湿热之邪积蓄既深，发为毒疮，遂致互相传染，自南而北，遍及海宇，然皆淫邪之人病之。其类有数种，治之则一也。……惟土茯苓气平味甘而淡，为阳明本药。能健脾胃，去风湿。脾胃健则营卫从，风湿去则筋骨利，故诸证多愈，此亦得古人未言之妙也。今医家有搜风解毒汤，治杨梅疮，不犯轻粉。病深者月余，浅者半月即愈。服轻粉药筋骨挛痛、瘫痪不能动履者，服之亦效。其方用土茯苓一两，薏苡仁、金银花、防风、木瓜、木通、白鲜皮各五分，皂荚子四分，气虚加人参七分；血虚加当归七分。水二大碗煎饮，一日三服。惟忌饮茶及牛、羊、鸡、鹅、鱼肉、烧酒、法面、房劳。盖秘方也。”
关于首载于《本草纲目》的土茯苓，李时珍结合临床阐发其适应病证。说明杨梅疮即梅毒，古方没有记载，亦无此类病症患者。近来由于此病起于岭南，继而病传于四方。因岭南地势低而气候炎热，瘴气熏蒸，当地喜食辛热之品，男女淫猥放荡。湿热之邪蓄积日久既深，病发为毒疮，而且导致互相传染，自南向北，其蔓延遍及四方。皆是淫邪之人罹患此病。其病虽有多种类型，但治疗的原则一致。土茯苓气平，味甘而淡，为阳明经本药，能够健脾胃，祛风除湿。脾胃健则营卫协调，风湿去则筋骨通利，故多种病症痊愈，此乃是古人未言之妙意之所在。当今医家有用搜风解毒汤，治杨梅疮即梅毒，汤内无轻粉。病深重者，用此方一月即愈；病轻浅者，服用半月即愈。若是服用轻粉药而出现筋骨挛急疼痛、瘫痪不能行走者，服之也有效。组方用土茯苓一两，薏苡仁、金银花、防风、木瓜、木通、白鲜皮各五分，皂荚子四分。气虚者，加人参七分；血虚者，加当归七分。用水两大碗煎饮，每日服用三次。服药期间，禁忌饮茶，以及牛、羊、鸡、鹅、鱼肉、烧酒等；并注意忌房劳。
忍冬昔人并未言及，后世为消肿散毒治疮要药。《本草纲目·草部·第十八卷》忍冬：“【发明】弘景曰：忍冬，煮汁酿酒饮，补虚疗风。此既长年益寿，可常采服，而仙经少用。凡易得之草，人多不肯为之，更求难得者，贵远贱近，庸人之情也。时珍曰：忍冬，茎叶及花，功用皆同。昔人称其治风除胀，解痢逐尸为要药，而后世不复知用，后世称其消肿散毒治疮为要药，而昔人并未言及。乃知古今之理，万变不同，未可一辙论也。按陈自明外科精要云：忍冬酒，治痈疽发背，初发便当服此，其效甚奇，胜于红内消。洪内翰迈、沈内翰括诸方，所载甚详。如疡医丹阳僧、江西僧鉴清、金陵王琪、王尉子骏、海州刘秀才纯臣等，所载疗痈疽发背经效奇方，皆是此物。故张相公云：谁知至贱之中，乃有殊常之效，正此类也。”
首先引陶弘景之说，忍冬宜煮汁酿酒饮用，能补虚疗风。经常采来服用可以长年益寿。《仙经》很少用此药。但凡易得之药，人多不肯服用，而愿服用难得之药，以难得者为贵，以易得者为贱，此乃庸人之情。李时珍指出，忍冬的茎、叶及花，其功用皆同。继而，说明古人称其可治风除胀，为治疗泻痢祛除尸虫之要药，而后世不知此类功用，称其为消肿散毒治疮要药，此乃前人尚未言及之功用。其后举例，按陈自明《外科精要》记载：忍冬酒，治疗痈疽发背，初发服用，其效果很好，胜于红内消（何首乌）的作用。内翰洪迈、沈括的书中，相关记载很详细。如疡医丹阳僧、江西僧鉴清、金陵王琪、王尉子骏、海州刘秀才刘纯臣等，其记载之疗痈疽发背的经效奇方中，皆用土茯苓。故如张相公所说：谁知至贱之药，乃有不寻常之功效，其所云即指忍冬之类。
前人之所未发药物作用机制
“发明”项之阐发，补充“主治”项之论述未详。其综述前贤之观点，密切结合临床用药实际，参考李时珍的切身体会，解析药物的作用机制，发前人之所未发。
辛夷体轻浮，能助胃中清阳上行。《本草纲目·木部·第三十四卷》辛夷：“【发明】时珍曰：鼻气通于天。天者头也，肺也。肺开窍于鼻，而阳明胃脉环鼻而上行。脑为元神之府，而鼻为命门之窍。人之中气不足，清阳不升，则头为之倾，九窍为之不利。辛夷之辛温走气而入肺，其体轻浮，能助胃中清阳上行通于天。所以能温中，治头面目鼻九窍之病。轩岐之后，能达此理者，东垣李杲一人而已。”
李时珍指出，鼻气通于天，天在上，而鼻属肺，肺开窍于鼻，阳明胃脉环鼻而上行。脑为元神之府，而鼻为命门之窍。故而人之中气不足，清阳不升，则头倾而九窍不利。辛夷辛温，而走气入肺，其质轻浮，能助胃中之清阳上行，以行通于天。所以能温中，上行开窍，治疗头面目鼻九窍之病变。并感慨而言，轩岐之后，能够通达此理者，只有李东垣一人而已。
一味丹参散，主治与四物相同。如《本草纲目·草部·第十二卷》丹参：“【发明】时珍曰：丹参色赤味苦，气平而降，阴中之阳也。入手少阴、厥阴之经，心与包络血分药也。按《妇人明理论》云：四物汤治妇人病，不问产前产后，经水多少，皆可通用。唯一味丹参散，主治与之相同。盖丹参能破宿血，补新血，安生胎，落死胎，止崩中带下，调经脉，其功大类当归、地黄、芎 、芍药故也。”
李时珍指出，丹参色红味苦，气平而降，为阴中之阳。其入手少阴、厥阴之经，属心与包络血分药。《妇人明理论》原书已佚，李时珍引用此书中四物汤治疗妇人病的内容，才使得我们能看到。丹参能破瘀血，补新血，安生胎，落死胎，止崩中、带下，调理经脉，因其功用大致相似于当归、地黄、川芎、芍药，此说对于后世影响深远。
不同药物的功效区别
阐释药物性状及功用区别，深入论述药物与主治，探究药物性能特点，对于药物的认识与临床运用均有启发。
龟鳖之属，功各有所主。如《本草纲目·介部·第四十五卷》鳖记载鳖甲：“【发明】宗奭曰：经中不言治劳，惟药性论言治劳瘦骨热，故虚劳多用之。然甚有据，但不可过剂耳。时珍曰：鳖甲乃厥阴肝经血分之药，肝主血也。试常思之，龟、鳖之属，功各有所主。鳖色青入肝，故所主者，疟劳寒热，痃瘕惊痫，经水痈肿阴疮，皆厥阴血分之病也。玳瑁色赤入心，故所主者，心风惊热，伤寒狂乱，痘毒肿毒，皆少阴血分之病也。秦龟色黄入脾，故所主者，顽风湿痹，身重蛊毒，皆太阴血分之病也。水龟色黑入肾，故所主者，阴虚精弱，腰脚痠痿，阴疟泄痢，皆少阴血分之病也。介虫阴类，故并阴经血分之病，从其类也。”
引前人之论后，李时珍指出，鳖甲乃是厥阴肝经血分之药，而肝主血。龟板与鳖甲之类，其功效不同，主治各异。鳖色青入肝，故所主者，如疟劳寒热，癥瘕肿块及惊痫，月经失常，痈肿及阴疮，皆为厥阴血分之病也。玳瑁色赤入心，故所主，心风惊热，伤寒狂乱，痘毒肿毒，皆属少阴血分之病。秦龟色黄入脾，故所主，顽风湿痹，身重蛊毒，皆太阴血分之病也。水龟色黑入肾，故所主者，阴虚精弱，腰脚痠痿，阴疟泄痢，皆少阴血分之病也。介虫属阴类，故并治阴经血分之病，其理以从其类。
生熟之功殊别，不可不详。《本草纲目·草部·第十六卷》生地黄：“【发明】好古曰：生地黄入手少阴，又为手太阳之剂，故钱仲阳泻丙火与木通同用以导赤也。诸经之血热，与他药相随，亦能治之。溺血、便血皆同。权曰：病患虚而多热者，宜加用之。戴原礼曰：阴微阳盛，相火炽强，来乘阴位，日渐煎熬，为虚火之证者，宜地黄之属，以滋阴退阳。宗奭曰：本经只言干、生二种，不言熟者。如血虚劳热，产后虚热，老人中虚燥热者，若与生干，当虑太寒，故后世改用蒸曝熟者。生熟之功殊别，不可不详。时珍曰：本经所谓干地黄者，乃阴干、日干、火干者，故又云生者尤良。别录复云生地黄者，乃新掘鲜者，故其性大寒。其熟地黄乃后人复蒸晒者。诸家本草皆指干地黄为熟地黄，虽主治证同，而凉血、补血之功稍异，故今别出熟地黄一条于下。”
援引王好古之说，生地黄入手少阴、手太阳经，故钱乙将之与木通配伍创制导赤散。生地黄治疗诸经之血热，与其他药相配伍，亦能治之。诸如尿血、便血治疗同理。继而引寇宗奭之言，《神农本草经》只提及地黄有干、生二种，但未言及熟地。如血虚劳热，产后虚热，老人中气虚而燥热，若用生干地黄，应当注意其太寒，故而后世改用蒸熟晒干。生地黄与熟地黄之功有区别，不可不详知。李时珍指出，《神农本草经》所介绍的干地黄，乃是阴干、晒干、烤干之品，故又说明生者尤佳。《名医别录》又云，生地黄乃是新掘鲜品，故其性大寒。而熟地黄乃是后人复蒸晒者。诸家本草皆是指干地黄为熟地黄，二者虽主治证同，但其凉血、补血之功有差异，故另分出熟地黄一条。
药物配伍之奥义
发明项列举前人相关药物配伍的理论，联系临床应用经验，阐发药物配伍相须相使相反相成的机理。
苏叶同橘皮、砂仁，则行气安胎；同藿香、乌药，则温中止痛。如 《本草纲目·草部·第十四卷》苏记载茎叶：“【发明】颂曰：若宣通风毒，则单用茎，去节尤良。时珍曰：紫苏，近世要药也。其味辛，入气分；其色紫，入血分。故同橘皮，砂仁，则行气安胎；同藿香、乌药，则温中止痛；同香附、麻黄，则发汗解肌；同芎 、当归则和血散血；同木瓜、厚朴，则散湿解暑，治霍乱、脚气；同桔梗、枳壳，则利膈宽肠；同杏仁、莱菔子，则消痰定喘也。久则泄人真气焉。机曰：宋仁宗命翰林院定汤饮。奏曰：紫苏熟水第一。以其能下胸膈浮气也。盖不知其久则泻人真气焉。宗奭曰：紫苏其气香，其味微辛甘能散。今人朝暮饮紫苏汤，甚无益。医家谓芳草致豪贵之疾者，此有一焉。若脾胃寒人，多致滑泄，往往不觉。”
引苏颂之说后，李时珍指出，紫苏是近世之要药。其味辛，入气分，其色紫，入血分。故配伍橘皮、砂仁，则行气安胎；配伍藿香、乌药，则温中止痛；配伍香附、麻黄，则发汗解肌；配伍川芎、当归，则和血散血；配伍木瓜、厚朴，则散湿解暑，治霍乱、脚气；配伍桔梗、枳壳，则利膈宽肠；配伍杏仁、莱菔子，则消痰定喘，久服则泄人真气。转而引张仲景之言，介绍宋仁宗命翰林院制定消暑之汤饮，以紫苏熟水为第一，究其缘由，在于其能下胸膈之浮气。其久服则泻人真气之说，寇宗奭解释：紫苏气香，味微辛甘能散。故而当今之人朝暮饮服紫苏汤，的确甚无益。医家说芳草致豪贵之疾患，若脾胃虚寒之人，多致滑泄。此言提示用了紫苏的用药宜注意与禁忌。
用补药必兼泻邪，邪去则补药得力，一辟一阖，此乃玄妙。如《本草纲目·草部·第十九卷》泽泻：“【发明】 时珍曰：泽泻气平，味甘而淡。淡能渗泄，气味俱薄，所以利水而泄下。脾胃有湿热，则头重而目昏耳鸣。泽泻渗去其湿，则热亦随去，而土气得令，清气上行，天气明爽，故泽泻有养五脏、益气力、治头旋、聪明耳目之功。若久服，则降令太过，清气不升，真阴潜耗，安得不目昏耶？仲景地黄丸用茯苓、泽泻者，乃取其泻膀胱之邪气，非引接也。古人用补药必兼泻邪，邪去则补药得力，一辟一阖，此乃玄妙。后世不知此理，专一于补，所以久服必致偏胜之害也。”
李时珍指出，泽泻气平，其味甘而淡。淡能渗泄，气味俱薄，所以能利水而泄下。脾胃有湿热，则头重而目昏耳鸣。泽泻渗去其湿，则热亦随之去除，而土气当令，清气上行，天气明爽，故而泽泻有养五脏，补益气力，治疗头目眩晕，使得耳聪明目之功用。又指出若久服，则降泻太过，使清气不升，真阴损耗，则致目昏。张仲景地黄丸用茯苓、泽泻，乃是取其泻膀胱之邪气。李时珍认为古人用补药同时合用祛邪药，因邪去则补药得力，譬如一开一合，乃用药配伍的玄妙之处，并指出后世不懂此理，而专一于补法，故久服必产生偏胜之危害。
若有君无使，是独行无功。如《本草纲目·草部·第十六卷》麦门冬记载：“【发明】宗奭曰：麦门冬治肺热之功为多，其味苦，但专泄而不专收，寒多人禁服。治心肺虚热及虚劳。与地黄、阿胶、麻仁，同为润经益血、复脉通心之剂；与五味子、枸杞子，同为生脉之剂。元素曰：麦门冬治肺中伏火、脉气欲绝者，加五味子、人参二味为生脉散，补肺中元气不足。杲曰：六七月间湿热方旺，人病骨乏无力，身重气短，头旋眼黑，甚则痿软。故孙真人以生脉散补其天元真气。脉者，人之元气也。人参之甘寒，泻热火而益元气。麦门冬之苦寒，滋燥金而清水源。五味子之酸温，泻丙火而补庚金，兼益五脏之气也。时珍曰：按赵继宗儒医精要云：麦门冬以地黄为使，服之令人头不白，补髓，通肾气，定喘促，令人肌体滑泽，除身上一切恶气不洁之疾，盖有君而有使也。若有君无使，是独行无功矣。此方惟火盛气壮之人服之相宜。若气弱胃寒者，必不可饵也。”
首先引寇宗奭之说，麦门冬善治肺热，其味苦，但是专泄而不专收，寒多之人禁服。主治心肺虚热及虚劳。与地黄、阿胶、麻仁配伍能润经益血，为复脉通心之剂；与五味子、枸杞子配伍为生脉之剂。张元素说，麦门冬治肺中伏火，脉气欲绝，加五味子、人参二则为生脉散，补肺中元气不足。继而引李杲之言，说明六七月间湿热方盛，易患骨乏无力，身重气短，头旋眼花，甚则痿软，孙真人用生脉散补益人之元气。人参甘寒，泻热火而益元气。麦门冬之苦寒，滋燥金而清水源。五味子之酸温，泻丙火而补庚金，兼益五脏之气也。其后，李时珍指出，按赵继宗《儒医精要》记载：麦门冬以地黄为使药，服之令人头发不白，其补骨髓、通肾气、定喘促，令人肌体滑泽，能除身上恶气不洁之疾患。麦门冬配伍有君亦有使。若是有君无使，则是独行无功矣。此方适宜于火盛气壮之人，若是气弱胃寒的人，则必不可服用。（钱会南）