吴茱萸为芸香科植物吴茱萸、石虎及毛脉吴茱萸未成熟果实，性热，味辛，苦；有小毒。归肝、脾、胃、肾经。功能散寒止痛，疏肝下气，温中燥湿。
吴茱萸以温中燥湿见长，李时珍谓：“茱萸辛热，能散能温，苦热，能燥能坚，故其所治之证皆取其散寒温中，燥湿解郁之功而已。”（《本草纲目》）缪希雍：“凡脾胃之气喜温而恶寒，寒则中气不能运化，或为冷实不消，或为腹内绞痛，或寒痰停积，以致气逆发咳，五脏不利。吴茱萸辛温暖胃而散寒邪，则中自温，气自下，而诸证悉除。”（《本草经疏》）陈士铎：“吴茱萸入四神丸以治肾泄，非用以祛寒耶？然而四神丸中用吴茱萸者，非用以祛寒也，亦借其性燥以祛湿耳。夫肾恶燥，而泻久肾正苦湿也，吴茱萸正喜其燥以投肾之欢，入肾脏之中逐其水而外走于膀胱，不走于大肠也。”（《本草新编》）苏廷琬：“（吴茱萸）畅水中之覆阳，降土中之滞阴，因寒成湿，能偕辛温取效；因湿化热，可同苦寒奏功。”（《药品明辨》）赵其光：“吴茱萸是肝肺之气味，何以又温中？仲景治阳明食谷欲呕及干呕吐涎沫悉用之，盖肝寒化风必犯中土，未有肝不安而能和胃者。”（《本草求原》）
用于寒凝湿滞诸痛证
吴茱萸辛苦性热而燥，长于散寒燥湿止痛，用于寒凝湿滞诸痛证。治脾胃虚寒，脘腹冷痛，多与干姜、桂枝、木香配伍，以温是散寒，理气止痛，如《圣济总录》茱萸丸、吴茱萸汤；治肝胃虚寒，肝气挟寒饮上逆的厥阴头痛，呕吐涎沫，常与人参、生姜配用，以温肝暖胃，降逆止呕，如《伤寒论》吴茱萸汤；治厥阴中寒，小腹痛甚，常与干姜、附子、甘草同用，以暖肝散寒止痛，如《简明医彀》茱萸四逆汤；治下焦寒湿所致的疝痛，常与小茴香、川楝子同用，如《证治准绳》导气汤；治妇人胞宫寒冷，经行腹痛，又常与当归、艾叶、香附同用，以温暖胞宫，散寒调经，如《寿世保元》艾附暖宫汤；用于寒湿脚气肿痛不可忍者，每伍木瓜以解郁滞，除寒湿，如《证治准绳》吴萸木瓜汤；若脚气入腹，困闷腹胀者，可与苏叶、木瓜、槟榔等散寒舒筋、下气祛湿药合用如《朱氏集验方》鸡鸣散。
用于呕吐吞酸证
吴茱萸能疏肝下气，常用于肝胃不和的呕吐、吞酸。偏寒者，可单用，或与干姜等等温是药同用；若肝郁化火之胁肋胀痛，呕吐，吞酸常与黄连配伍，重用黄连泻火，少佐吴茱萸开郁散结，如《丹溪心法》左金丸。
用于泄泻、痢疾
吴茱萸入脾肾，有温中止泻之功，治脾肾虚寒，五更泄泻常配补骨脂、肉豆蔻五味子同用，协同补骨脂温补脾肾，如《内科摘要》四神丸；若寒热错杂，下痢腹痛常与黄连、白芍共用如《局方》戊己丸。
此外，吴茱萸单味煎服，有杀虫作用，可治蛲虫病。本品研末荆调外敷足心，可引火下行，治口舌生疮及高血压病；外敷脐部，可温里散寒——治呕吐、泄泻。配乌贼骨、硫黄研末掺之，治皮肤湿疹。
吴茱萸内服：煎汤2~5克或入丸、散。外用：适量。研末调敷或煎水洗。止呕，黄连水炒；治疝，盐水炒。
吴茱萸不宜多服久服，无寒湿滞气及阴虚火旺者禁服。（王业龙）