薏苡仁入药的历史很长，《神农本草经》中把它列为养心的上品。它有许多别名，如起实、感米、菩提子、必提珠、益米、裕米、苡米、苡仁、六谷米、药王米、药玉米、回回米、沟子米、催生子、蓼茶子等30余个。薏苡仁果实成熟后，除去外壳及黄褐色外皮，用文火炒至微黄，或与麸皮同炒后就可入药了。其气微，味甘淡，以粒大、饱满、色正、形体完整者为佳。
薏苡仁作为一种中药，早在《神农本草》中即有记载。薏苡仁可强筋骨、益气、和中、消水肿等，此外，阑尾炎、关节炎、脚气病、肿瘤皆可使用，也可煮粥作为病后调养。薏苡根可清热、利湿、健脾，还可治黄疸、牙痛、夜盲等症。薏苡叶可代替绿茶，并有利尿作用。成语“薏苡明珠”与之相关，意是指无端受人诽谤而蒙冤的意思，它来自一段历史故事。
东汉名将马援(伏波将军)领兵到南疆打仗，军中士卒病者甚多。当地民间有种用薏苡治瘴的方法，用后果然疗效显著。马援平定南疆凯旋归来时，带回几车薏苡药种。
可惜，薏苡仁不能治疗一种叫作嫉恨的疾病。当然，哪怕世上有医治嫉恨的药，也很难畅销。因为，嫉恨是深藏于心的毒瘤，得了嫉恨病的人往往讳疾忌医，他们会疯狂地掩饰症状，还会将症状以一种堂而皇之的形式表达出来。马援身边就有很多这样的“重病患者”。他们从来没有看到过薏苡仁，以为马援从南方带来了什么奇珍异宝。许多权贵见马援毫无“孝敬”的意思，更是恨得牙痒痒。只是那时马援深受光武帝刘秀信任和重用，这些人不敢轻举妄动，只能咬牙切齿地暗中咒骂，等待秋后算账。
后来，马援在一次军事行动中病逝，他的仇人、光武帝的女婿梁松便乘机诬陷他，说他在交趾贪污大量明珠。心怀妒忌的其他朝臣也跟着出动，大肆渲染马援当初将一车明珠从交趾运到京城的种种情形。接二连三的告状书，终于让光武帝勃然大怒，他把封马援为新息侯的大印追收回去。马援的妻子和侄子马严不知道马援究竟犯了什么罪，不敢为马援举行葬礼，并用草绳把自己绑起来，上朝请罪。光武帝便把梁松等人的诉状给他们看，他们才明白了事情的来龙去脉。他们以极其悲切哀伤的言辞，先后6次上书诉冤，期间也有些正直的官员为马援说话，光武帝才允许他们为马援举行葬礼。
这一事件大白于天下之后，被朝野认为是一宗冤案，名为“薏苡之谤”。于是，就有了成语“薏苡明珠”，比喻被人诬蔑、蒙受冤屈。
现代研究得知，薏苡仁的主要成分是蛋白质、脂肪、碳水化合物和氨基酸（亮氨酸、赖氨酸、精氨酸、酪氨酸）、薏苡素、薏苡脂、三萜化合物等，证明其作为补益的药物是有可靠理论根据和物种基础的。动物试验证实，薏苡仁具有减少肌肉挛缩、减轻疲劳、降低血糖、扩张血管、镇痛、镇静、解热等多种作用，且对癌细胞有阻止成长及伤害作用，与中医学的传统认识基本吻合。