硼砂的别名叫月石。作为中药应用，要求的制法是矿砂挖出后，溶于沸水中，滤去杂质，滤液放冷后析出结晶，取出干燥。
中医认为硼砂的味甘、咸，性凉；归肺、胃经。外用清热解毒，消肿，防腐；内服清肺化痰。用于急性扁桃体炎，咽喉炎，咽喉肿痛，口舌生疮，口腔炎，齿龈炎，中耳炎，目赤肿痛，汗斑，为五官科疾患的常用药。内服用于痰热咳嗽，噎膈，但相对少用。外用取适量，配合其他药物研粉搽敷患处。或外洗，或配制成眼剂外用。硼砂内服一般系配入丸散中，每日用量不得超过3克。宜在医生的指导下慎用，且不宜久服。
中医学认为，矿物药多质重，其药性多沉降。但硼砂却主要作用于肺胃，主要针对人体上部，认为它有升的效用，特别是治痰时，可以涌呕痰涎。针对上部发挥药物作用，硼砂还具有治噎膈、化骨哽的作用。李时珍对此也加以了论述，并且还引用了宋代的一则医案来加以说明。
“时珍曰：硼砂，味甘微咸而气凉，色白而质轻，故能去胸膈上焦之热。《素问》云：热淫于内，治以咸寒，以甘缓之，是也。其性能柔五金而去垢腻，故治噎膈积聚、骨哽结核、恶肉阴溃用之者，取其柔物也；治痰热、眼目障翼用之者，取其去垢也。洪迈《夷坚志》云：鄱阳汪友良，因食误吞一骨，哽于咽中，百计不下。恍惚梦一朱衣人曰：惟南蓬砂最妙。遂取一块含化咽汁，脱然而失。此软坚之征也。”
——明·李时珍《本草纲目·石部》第十一卷“蓬砂”条下发明项
这则医案，深有出处。是南宋名臣洪迈（字容斋）在其笔记《夷坚志》中所记述的，原文较李时珍所录更为详细，只是把治法的得来说得神化了。究之则多为隐其出处或神其效用以助用，这也是古代医药流传中文人手笔的一种特色。
鄱阳汪友良，因食火肉，误吞一骨，如小指大，哽于咽喉间，隐然见于肤革，引手可揣摩，百计不下，凡累日，虽咳嗽亦痛，仅能略通汤饮，举家忧惧……恍惚梦见一朱衣者，告曰：欲脱内哽，惟南蓬砂妙。索笥得砂一块，汲水洗涤，取而含化，终食间，脱然如失。
——宋·洪迈《夷坚志再补》