薏苡仁是一种药食同源的佳品，但并不适合所有人。
脾胃虚寒，大便稀溏不成形者应少食或炒熟后食用。因薏苡仁性微寒，味苦淡而渗利，脾胃虚寒患者食用会致脾胃更虚，而炒熟后的薏苡仁，寒凉之性可得以祛除。
习惯性便秘患者不宜食用薏苡仁，以免薏苡仁的祛湿作用加重便秘患者的肠燥症状。
干燥综合征的人不宜食用薏苡仁，由于干燥综合征患者大多具有眼干、口干、鼻干等干燥不适症状，而薏苡仁淡渗利湿，食用后易导致干燥综合征的干燥症状加重。
经期或孕妇亦应慎食薏苡仁。薏苡仁其性滑利，现代药理研究证实其对子宫平滑肌有兴奋作用，可促使子宫收缩，有诱发流产的可能。