金匮肾气丸最早见于东汉末年张仲景的《伤寒杂病论》。肾为水火之脏，有调和阴阳之功，阳动则气化，阴静则精生，阴阳协调以化生肾气。金匮肾气丸组方有以下几个特点：
阴阳互根：肾为先天之本，是水火同居之脏，肾中阴阳互相制约，互为依附，互相转化。阴没有阳不能化，同样，阳没有阴不能长。即所谓：孤阴不生，独阳不长。由于肾中阴阳相互维系，因此在补阳的时候，必须考虑到在补阴的基础上补阳，如此便可使阴阳相合，少火生气，阳也不会暴生而成壮火以食气而生后患。
五脏同调：肾藏精气，它所藏的精气乃肾之精气，但它要不断依靠后天脾胃来补养，五脏之精有余则下藏于肾，从而使肾中精气保持旺盛。反之，五脏精气不足，则必然消耗肾精，造成肾精亏损，所谓“久病及肾”。因此肾兼有储藏精气和调节精气的作用。金匮肾气丸用药除了补肾之外，同时补充了脾、肺、肝、心之精气，有五脏同调之意。方中生地补肝肾之阴，山萸肉补心、肝之气，山药补气养阴、涩精，补中兼涩，补脾肺肾之精气，具有收摄阴阳，以成冲和之气的功能；丹皮清热泻火，茯苓甘淡利水，泽泻淡渗利水，分消三焦之邪水；妙在用少量附子、肉桂，温五脏之阳，宣通十二经，纳五脏之气归于肾，化阴精为肾气，再布于周身，而成阴阳相济，气化氤氲之妙。
补泻结合：在金匮肾气丸中有四组药对，即熟地与泽泻、山萸肉与丹皮、山药与茯苓、肉桂与附子。前三组是有补有泻，其中熟地、山萸肉、山药补足三阴经，泽泻、丹皮、茯苓泻足三阳经；最后一组全属温补的。
由此可见，金匮肾气丸是一张阴阳同治，五脏同调，补泻结合，有凉有温，有涩有清的平补之方，符合肾的生理病理特点，可使阴阳协调，邪去正安，疾病康复。