气功是古代劳动人民在长期的养生和医疗实践中逐渐总结而成的。如：劳累时的闭目养神，胸腹胀闷时的呵气、按摩，腰酸背痛时的自我拍打……这些不经意中采用的行之有效的自我保健方法中，包含了气功形体运动（调身）、呼吸锻炼（调息）和心理调整（调心）的内容；而“动作以避寒，隐居以避暑”这种“顺四时而适寒暑”的养生原则中，又隐含了古人对动、静不同养生作用的认识和应用。
将气功用于医疗实践的历史，可以追溯到距今四五千年前的新石器时代。综合《尚书》、《史记》、《孟子》等的记载可知，那时我国的中原地区曾洪水泛滥、水患成灾，灾区人们也因之而患上了许多相关疾病。如《尚书·虞书·尧典》曰：“咨四岳，汤汤洪水方割，荡荡怀山襄陵，浩浩滔天。下民其咨，有能俾乂？”这里的“汤汤”、“荡荡”、“滔滔”都是形容洪水汹涌而来的状况，“汤汤”是指大水流的很快，“荡荡，言水奔突有所涤除”，“浩浩，盛大若漫天”，三词连用可见洪水之大，灾害之重。《史记》、《孟子》也有类似的记载。
《吕氏春秋·古乐》则补充了灾区居民灾害患病及相应的抗病措施，谓：“昔陶唐之始，阴多滞伏而湛积，水道壅塞，不行其源，民气郁阏而滞着，筋骨瑟缩不达，故作为舞以宣导之。”《路史·前纪》中也记载：“阴康氏时，水渎不疏，江不行其原，阴凝而易闷。人既郁于内，腠理滞着而多重，得所以利其关节者，乃制为之舞，教人引舞以利道（导）之，是谓大舞。”而《路史》记述的是起自上古的传说和史事，故在所述事件的时间上与《吕氏春秋》是一致的。上述具有宣导气机、祛除湿邪、活络筋骨作用的“（大）舞”，在出土文物舞蹈纹彩陶盆上展示得非常清晰。盆壁上绘有三组相同的画面，每组5人手拉着手，脑后发辫甩向一直，腰下一道与发辫方向相反的粗墨线，疑为腰部所挂的某种物件。一般认为，这就是《吕氏春秋》之所谓“舞”，该彩陶盆也因之而名为舞蹈纹彩陶盆。而这种具有医疗作用的“舞”便是最早的气功，也是其后各家气功共同的“老祖宗”。其后，在漫长的发展过程中，它与医学、武术及宗教等结合，分别形成了所谓医学（中医）气功、武术气功、宗教气功（道家气功、佛家气功、儒家气功）等。
在医学气功方面，最迟于春秋战国时期，上述“舞”已被称为导引按蹻，并与药物、针、灸焫、砭石一起，成为当时中医临床的五大主要治疗手段。故《素问·异法方宜论》说：“中央者，其地平以湿，天地所以生万物也众。其民食杂而不劳，故其病多痿厥寒热，其治宜导引按蹻。故导引按蹻者，亦从中央出也。”而“中央”地区正是洪水频发的黄河中下游。郭沫若先生说：“古人所说的道（导）引，即今人所说的气功。” 分析中医与气功的关系，有两个现象值得注意，一是古代著名的医学著作中，基本上都载有气功，从《黄帝内经》到《千金》、《外台》，从《圣济总录》到《针灸大成》，直至《医学衷中参西录》……历代名著，少有例外；《诸病源候论》在论述疾病治疗时，更是只讲气功，不述针灸与方药，并特别指出：“烫熨针石别有正方，补养宣导，今附于后。”二是古代名医往往也精于气功，名医华佗创编了仿生功法五禽戏、金元四大家之一刘完素善用六字诀、本草大家李时珍对气功与经络的关系有精辟的论述、温病学家叶天士提倡气功康复、中西医结合汇通派张锡纯对周天功有独特的见解和体会……历代名医，代有相传。
在宗教气功方面，气功广泛见于各家的诸多文献中，并被冠以各种不同的名称。如孔子师徒的“心斋”与“坐忘”为儒家气功的代表功法；周天功（内丹）则是道家气功的代表；佛家的“禅定慧”中也包含了大量的气功内容。此外，诸如吐纳、行气、服气、食气、引气、炼气、守一、胎息、存想等散见于各家文献中的不同名称，从内容来看也都是古代的气功，或其中也包含了气功的内容，五禽戏、八段锦等，则是以具体的功法长时间在民间广泛流传。
“气功”一词，最早见于隋唐道教著作中，如《太清调气经》有“服气功余暇，取静室无人处，散发脱衣，覆被，正身仰卧……”《延陵先生集新旧服气经》有桑榆子注语“只谓气功已晚，自我之事不及矣”；《中山玉柜服气经》有“气功妙篇”，等等。但其内涵与现在通用的气功一词不尽相同，甚至大相径庭。民国时期出版的武术专著《少林拳术秘诀》、《武术汇宗》等，医学著作《意气功详解》、《气功治验录》等中的“气功”，其内涵虽与现在所说者大体一致，但流传不广。
气功被大众接受并广泛推广则始于上世纪50年代。1950年代刘贵珍练功基本治愈所患的神经衰弱等疾病后，在其所在的河北省唐山市开始推广和研究气功，并取得可喜成果，得到卫生部肯定。1955年12月19日，在中国中医研究院（今中国中医科学院）开院典礼上，卫生部嘉奖了这一成果。由时任卫生部长李德全签发的《中华人民共和国卫生部奖状》赞扬：“唐山气功疗法小组的治疗经验，对保障人民健康及发扬祖国医学文化遗产均起到了一定的作用……”这是国家卫生行政部门首次对气功及其作用的确认；同时，报道这一消息的《中医杂志》1956年1月号，便成为首载气功的公开出版的中医药期刊。其后，“气功”与“气功疗法”才开始为人们所熟识并应用；并于上世纪五六十年代和七十年代后期至上世纪末先后两次形成发展高潮。“气功学”一词始见于1985年陕西科学技术出版社出版的《中国气功学》。