研究《伤寒论》版本流传史最感困难的是六朝阶段。
六朝流行的仲景著作主要有王叔和《张仲景方》十五卷，内含《伤寒论》十卷、《杂病方》六卷。《伤寒论》每以“辨”字开头，如“辨太阳”“辨太阴”等，故称《伤寒论》为《辨伤寒》。东晋后期陈延之《小品方》十二卷（已佚），今存残卷，云：“张仲景《辨伤寒并方》有九卷，而世上有不啻九卷，未测定几卷，今且以《目录》为正。”“目录”指刘宋元嘉八年（431）《秘阁四部目录》。因知《张仲景方》在晋代已经分化为《辨伤寒》《杂病方》两书流传。梁阮孝绪（479—536）目录学专著《七录》著录：“《辨伤寒》十卷”，反映六朝时期《辨伤寒》有九卷本和十卷本两种形式。《隋书经籍志》著录“《辨伤寒》十卷，亡”，则《辨伤寒》十卷至迟在唐初编写《隋书经籍志》已经亡佚。六朝时期还有另一部《伤寒论》流行，即《金匮玉函经》八卷。宋林忆谓《金匮玉函经》为王叔和撰次，章太炎《金匮玉函经校录》云：“其书果出叔和撰次与否，今无以断。按其条目文句，与《伤寒论》有异。叔和一人，不应自为舛错，疑江南范汪以下诸医别得旧本而采叔和校语及可不可诸篇以附之也。以此知为江南诸师所述。”
传承《辨伤寒》文脉者有两书，一为荆南国末主高继冲进献于北宋朝廷之本，此本经北宋校正医书局校定而为宋本《伤寒论》，一为孙思邈晚年收录于《千金翼方》卷九卷十之本。后世名为《唐本伤寒论》或《孙思邈本伤寒论》。
《金匮玉函经》成书时代意见多歧，今以《孙思邈本伤寒论》与《金匮玉函经》对比校读，可以确定《金匮玉函经》流传时代。
孙思邈写《千金翼方》时，年已过百。《千金翼方》卷二十六《取孔穴法第一》云：“吾十有八，而志学于医。今年过百岁，研综经方，推寻孔穴，所疑更多矣。”自称 “年过百岁”，难以确知其高寿。1981年《中医大辞典》称孙氏生于581年，卒于682年，享寿102岁。衡诸思邈自述之年齿，考其当时著书之艰辛，又知孙思邈从搜集素材到誊录稿件，绝不委诸他人，云：“抄写方书，专委下吏，承误即录，纰缪转多。以此而言，可为深诫。”写作《针灸》一章时，身怀小恙：“以养疾之暇，撰录《灸经》。”粗计卷二十六至卷三十凡五卷，计四万余言，绝非102岁之绝笔。称孙思邈终年为102岁是考之不精之误说。终年到底何年 ，有待进一步读书考证。
校读《孙思邈本伤寒论》，发现与宋本《伤寒论》有如下几点不同，而与《金匮玉函经》相同：
《孙思邈本伤寒论》卷下之“宜温”“忌火”“宜火”“忌灸”“宜灸”“忌刺”“宜刺”“忌水”“宜水”九目不见宋本《伤寒论》，而见于《金匮玉函经》，分别与《金匮玉函经》之《辨可温病形证》《辨不可火形证》《辨可火病形证》《辨不可灸病形证》《辨可灸病形证》《辨不可刺病形证》《辨可刺病形》《辨不可水病形证》《辨可水病形证》内容及条序同，这就提示《金匮玉函经》亦是流行于六朝之作。
“太阳病三四日不吐下，见芤乃汗之”一条，宋本所无，《千金翼方》有之。据今所存文献考知，六朝时期，唯《金匮玉函经》有此条，宋郭雍《伤寒补亡论》补此条。此亦《金匮玉函经》流传于六朝之力证。
宋本《伤寒论》141条“寒实结胸，无热证者，与三物小陷胸汤，白散亦可服”，方证相悖，寒热舛驰，其方必误。今校读《孙思邈本伤寒论》与《金匮玉函经》，发现二者皆作“寒实结胸无热证者与三物小白散”，无“与三物小陷胸汤”七字。有此七字大误也。林亿在141条下出校语云：“一云与三物小白散”，此校语为成无己删之，是以困惑医家几近千年。章太炎《拟重刻古医书目序》中说：“余昔以《论》中‘寒实结胸与三物小陷胸汤白散亦可服’，寒热互歧，诸家不决。因检《千金翼方》所引，但作三物小白散，而林校所引别本正与《千金翼方》同，由是宿疑冰释，今成注本删此语，则终古疑滞矣！信乎，稽古之士，宜得善本而读之也！”
六朝本《辨伤寒》向后世流传，分为两枝，一为隋本，一为梁本。隋朝避“坚”字，改为“鞕”“固”（如“坚瘕”改为“固瘕”），通称避隋讳者为“隋本”，此为一枝。另一枝不避隋讳，收于《千金翼方》卷九卷十者是，通称此本为“六朝本”或梁本，以著录于梁阮孝绪《七录》也。章太炎《伤寒论单论本题辞》云：
盖孙氏所据为梁本（按唐书《隐逸孙思邈传》，隋文帝辅政，以国子博士召，不拜，密语人曰：“后五十年，有圣人出，吾且辅助之。”是时去梁亡不及三十年，故得见梁时旧本。思邈又言：江南诸师秘仲景法不传，是其得之甚难也。若隋平江南以后，则《仲景方》十五卷已在书府，何忧其秘乎？）继冲所献，亿等所校者为隋本，故一不避隋讳，一避隋讳也。
今天通行之《伤寒论》为隋本，全书之“坚”皆避为“鞕”或“固”可知也。
无论是宋本还是孙思邈本，都经过编校者更改，已非《辨伤寒》原始旧貌。但经过考证辨析，尚可得《辨伤寒》大体旧貌，此项工作，有待加深研究。(钱超尘)