近年来，袁媛进行了药材真伪优劣鉴别理论研究及其快速检测方法的开发，为建立中药材多层次鉴别方法提供了科学依据。
针对中药产业发展中的核心和关键问题，现任中药鉴定与评价研究室负责人，袁媛结合自己专业，经过长期的思考与实践，逐渐形成了稳定的研究方向，即在分子生药学研究领域中开展药材真伪优劣鉴别理论研究及其快速检测方法的开发。袁媛2008 年入选北京市科技新星、2013年评为中国中医科学院青年岗位能手、2014 年入选中国中医科学院“园丁计划”（第一批）。
袁媛还担任中国中医科学院中药资源中心副研究员，硕士生导师，中华中医药学会中药鉴定分会副秘书长，中国生态学会中药资源生态专业委员会委员。
近5 年来，袁媛基于系统生物学研究策略，在药材真伪分子鉴定的基础上，从基因和成分对其化学质量形成的机制进行研究，建立中药鉴别及质量评价新的思路和研究平台。具体成果包括：一是中药分子鉴定现场快检技术，解决了分子鉴别不能简便快速、缺乏现场使用能力的问题，提出中药分子鉴定现场工作模式，并开发20余种药材的分子快检试剂盒，并编写了《中药分子鉴定操作指南》，作为培训教材面向中医药院校、科研机构、药检部门开展分子鉴定快检技术培训，已培训240余人，产生良好的经济效益和社会效益；二是中药材质量双分子评价体系，为解决药材道地性评价指标选择专属性的问题，以活性成分为导向，充分发挥功能基因在表征药材质量方面的独特作用，为药用植物种质评价方法建立提供了新的思路，其核心创新研究成果被BMC genomics 杂志评为高浏览次数文章，并被主流科技网站科学网、生物谷、农博网等报道，袁媛受邀分别在第二届国际基因组大会、南非University ofKwaZulu‐Natal、中韩分子生药学年会、中国‐奥地利中药质量与安全性评价研讨会等国际会议上进行学术报告，介绍相关科研成果，获得高度认可。