民国中医发展历史告诉我们，中医发展与中华民族文化的命运休戚相关，与当局中医政策密切相关；对于外来文化，一定要根据国情，予以借鉴，但不可照搬；科学有阶段性，不能等同于终极真理；中医、西医自成体系，各有优势，相互借鉴，共同发展；西医不能作为判定中医的标准；中医有自己独特的理论和方法，有自己发展的规律。发展中医，要遵循自身规律，发挥特色优势。
近代西方科学文化传入后，我国原有学科开始脱离传统模式，向西方科学文明融会，大多数传统学科或被外来科学所取代，或被肢解成新式学科中的构件。只有中医药学，虽然遭受前所未有的冲击、打压，甚至险遭取缔，但总体上仍然保持着传统学术风貌，可谓一枝独秀。这得益于民国时期中医药界的抗争图存和自强发展。
余云岫早在1916年就著书《灵素商兑》，用西医解剖、生理、病理学作为标准，对《内经》开展全面批判，“痛诋阴阳五行、十二经脉、五脏六腑之妄”，试图使建立在《黄帝内经》基础上的中医理论大厦土崩瓦解。
在时势的紧逼下，为了生存，中医界进行多种探索，改良、革新、科学化，其中“中医科学化”成为一时潮流。陆渊雷认为中医确有实效，但科学毕竟是真理。主张以西医学为参照，用科学方法来整理中医学。陆氏主持起草中央国医馆《统一病名建议书》指出：“国医原来病名向来不科学……西医病名既立于科学基础之上，今若新造病名，必不能异于西医，能异于西医即不能合于科学”。还有谭次仲、谢仲墨等也主张中医科学化，视科学为真理，用西医作为标准。
面对严峻挑战，中医界有识之士从学理、医理上进行反驳、抗争。恽铁樵《对于统一病名建议书之商榷》明确指出：“天下之真是原只有一个，但究此真是之方法则殊途同归，方法却不是一个。……西方科学不是学术唯一之途径，东方医术自有立脚点。”中医阴阳五行学说尤其是五行最受当时科学人士的抨击。而恽铁樵独具慧眼，指出 “《内经》言五行配以五脏，其本源本于天之四时”（《群经见智录》），认为五行是四时的代名词，不过是用来演说四时之变化，从方法论上阐释了中医朴素辨证的认知思维，回击了对中医的责难。
杨则民著《内经之哲学的检讨》，认为“中西医之不同，不在生理、解剖、病理、实验，而在整个之思想系统上矣”。指出《内经》的“最高理论为阴阳五行、生长收藏与调节……自以辩证法为最正确之途径”，认为《内经》的方法论是辩证法，只有站在哲学的高度才能认识到它的真正价值。
陆士谔认为“凡是一种学术，必有其根据地，必有其立脚点”（《士谔医话》）。时逸人认为中医的特长在于“运用虚实寒热等为辨证之方针，选用历代相传之经验良方，尤注意于人体自然之机能，以及风土气候之变迁，方药之配合加减等”（《研究中国医学的几个信条》）。辨证论治为中医立脚点已跃然纸上。
民国时期，虽然有过一些迎合“科学”的探索，但是恽铁樵、杨则民、陆士谔、时逸人等医家坚持中医自有立脚点，积极维护基于《黄帝内经》所建立起来的中医理论体系的完整性，起到中流砥柱的作用。这一时期的医家非常重视传统学术的继承，如《中国医学大辞典》《中国药学大辞典》等首部中医药辞典问世；《三三医书》《中国医学大成》等大型丛书编辑；《清代名医医案精华》《全国名医验案类编》等医案佳作编撰。同时在继承基础上不乏创新提高，在诊治理论和临床实践上取得可圈可点的成绩。诊断方面，祝味菊继承明代张景岳“两纲六变”之说，明确提出“八纲”，并指出它具有“执简御繁”的重要作用。伤寒、温病方面，黄竹斋《伤寒论集注》集伤寒之大成，更有恽铁樵《伤寒论研究》、陆渊雷《伤寒论今释》、余无言《伤寒论新义》、祝味菊《伤寒质难》等多部伤寒新作；何廉臣《重订通俗伤寒论》等，主张寒温融合。临床各科，名家辈出，如治温病有丁甘仁，针灸有承淡安，一指禅推拿有丁凤山。学术思想，传承有序，如治中风有张山雷，上承张伯龙，下及张锡纯。这些大师名家踏着时代的节拍，或继承传统，或融会新知，有力地推动中医临床的发展。正是这些前辈的积极作为，自强进取，才奏响了民国中医发展的主旋律。
近代是中国文明裂变与再造的时期。从1840年鸦片战争起到1911年，晚清政府内忧外患，风雨飘摇。列强环伺的危局，迫使有识之士睁开眼睛看世界，试图师夷长技以制夷。清末西方文化学术日益东渐，并冲击着旧有的制度。但清政府的洋务运动、维新运动、废科举兴学堂、预备立宪等一系列改良努力都未能成功，1911年爆发的辛亥革命彻底葬送了绵延2000多年的封建王朝。
在晚清时期传入的近代西医学，渐渐产生了不少的影响。西医解剖、生理等知识，颇令国人耳目一新，一些“全体学”（解剖学）著作“远近翕然称之，购者不惮重价”（《王韬日记》）。西医外科手术、公共卫生防疫等方面的长处，开始为政府和社会所认识和采纳。西医医院、学校、报刊、杂志等在中国相继出现，出国学习西医的国人增多，早期以外国医学传教士为主体、后来中国人比重逐渐增加的西医医护队伍不断壮大，并成立相应的学术团体和职业团体。这在客观上形成了中、西两种医学并存的局面。
民国初期，由于政治上的守旧思想仍然强大，不时出现复辟等闹剧。知识界急于尽快推进现代文明在中国的启蒙，遂发起了“新文化运动”。运动所倡导的“赛先生”即“科学”，成为一种时代精神，而传统文化则成为“不科学”的标靶，受到猛烈抨击。与传统文化血肉相连的中医，深受其影响，被划入“不科学”的行列。例如“五四运动的总司令”陈独秀，1915年在《新青年》创刊号上发表的标志着新文化运动开端的《敬告青年》檄文，其中就批评中医说：“医不知科学，既不解人身之构造，复不事药性之分析，菌毒传染，更无闻焉；惟知附会五行生克寒热阴阳之说，袭古方以投药饵……”
在时代大潮下，许多知识界名人都借批评中医来显示其对科学的崇尚。典型如清末维新运动领导人梁启超，他在1926年因患血尿不愈，在协和医院做手术，术后症状如故，许多人指出西医手术轻率错误，梁启超本人却发表公开信为西医辩护说：“诊病应该用这种严密的检察，不能像中国旧医那些‘阴阳五行’的瞎猜。这是毫无比较的余地的。我盼望社会上，别要借我这回病为口实，生出一种反动的怪论，为中国医学前途进步之障碍。”而白话文的推动者胡适在1935年为《人与医学》中译本作序，称与近代西方医学相比，“想想我们家里的阴阳五行的国医学，在这个科学的医学史上能够占一个什么地位”，并且发出“多数的中国人至今还不配做病人”的感慨。新文学的创始人之一鲁迅早年因父亲得病经中医治疗无效，曾发出“中医不过是有意无意的骗子”的议论。
这些近代知识文化界名人的言论，并不意味他们本人完全否定中医。像梁启超、胡适都曾请中医治疗疾病，鲁迅也对《本草纲目》等中医古籍有所研究。包括西医学校毕业、自称“平生不服中药”的旧民主主义革命的领导孙中山，在晚年病危时也接受了中医治疗。但他们的公开态度，出于倡导新文化的需要，都毫不犹豫地站在自称为“科学医”的西医这边。
传统中医向来有着精诚为怀、汲取新知的传统，晚清时期一批医家勇于学习西方医学知识，并提出“中西医汇通”口号，太医院也开始尝试在医学教育中纳入西医内容。但由于学科体系不同和认识论存在差异，中西医汇通在当时还未能取得明显成果。
以上情形，正是民国时期中医命途多舛的大背景。的确，近代的西方科技蓬勃发展，“科学”似乎无往而不利，成为西方文明强盛的动力。在西方殖民主义的强势扩张下，“科学”的西医几乎在每一个所到之处轻易地压倒原有的传统医学。各国还没有两种医学并存的先例，日本在明治维新时甚至是主动地取缔汉医改用西医。所以，当民国开始移植建立在西医基础上的卫生行政体系时，一些人士也认为中西医不能并存，乘社会革命之势提出“医学革命”主张，并试图借用行政力量取缔中医。
民国时期的中医，时刻蒙着遭遇废止命运的阴影，唯有在受到种种限制的条件下，坚强地抗争图存、自强发展。