民国时期，面对西医严峻冲击和挑战的中医药界，虽然由于社会及自身诸多方面的原因，在寻求自我更新发展的道路上障碍重重，有关中西医对比、争论等思潮迭起，但在清醒地认识到中西医学之间的区别和差距后，融会西医新知与时俱进，并时有创新，成为这一时期中医的一大特色。这一时期的中医学，在学科建设、基础理论、临床诊疗、中药学等方面，都或多或少地融入了西医学的内容。
在学科建设方面，中医参照近代自然科学的分类方法，对中医学科的设置和中医教材的编写采纳一些相关的西医内容。1933年，中央国医馆公布《中央国医馆整理国医药学术标准大纲》，把中医学分为基础学科和应用学科两大类，并且初步确立了这两大学科下属各门科目的内涵与外延。教材编写逐步系统化：何廉臣、史铁生主张仿照欧美先进国家治科学之法编写教材；1928、1929年曾两次召开全国教材编辑委员会会议，各地涌现的中医教材讲义有172种之多。
民国早期中医对西医解剖学知识的融会，不可否认，有将中西医对待脏腑的观念强行比附对应情况的存在，但应指出的是，有一些医家如恽铁樵等，已经认识到了中西医脏腑实质的不同。在对待西医解剖学说的问题上，采取了一种比较明智的态度，吸取之，可以有助于更好地认识中医的脏腑学说；但并不强行将其融合，任其两者共存。对于西医的生理、病理学说，这一时期的许多医家都主张将其吸收到中医学中来。
民国时期，中医临床诊断、治疗学已经发展得比较成熟，但对一些重大疫病的病名、病因病机、诊断等的认识上，中医在坚持中医自身理论的同时，仍会适当地融合西说，时有创新。如一些重大疫病，早期多据症状命名，如鼠疫又被称为痒子症、耗子症、核症、核瘟等，民国中医接受西说后，将其细化为腺性鼠疫、败血性鼠疫、肺鼠疫。神州医药会组织全国医家展开痉瘟、伏瘟、疫痉、流行性脑脊髓膜炎、急头风等病名的讨论。1932年，严苍山在《疫痉家庭自疗集》扉页上写“脑膜炎”，适合当时民众的需要，中西医病名相对应，有坚持，有融合。
在病因病机方面，随着对西医细菌等病因学说接触的增多，一些医家开始尝试用这些西医知识来认识、解释各种疫病。譬如认识到鼠疫是由鼠疫杆菌经蚤类或鼠疫病人飞沫等途径传染；霍乱是由霍乱弧菌引起，通过被此菌污染的饮食物及霍乱病人的吐泻物等进行快速传播等。部分医家还将中西医的病因学说进行比较，在用中医病因病机学说分析疫病的同时，适当地参合一些西医知识，有助于对疫病的诊治。
民国时期的部分中医，接受部分西医诊断学知识，引用实验室诊断方法鉴别诊断疾病；将一些西医诊断器械如探喉镜、体温计、听诊器、脉压计、压舌板、X线摄片技术等，引入到诊断实践中来，在一定意义上提高了中医诊断的客观性。
西医治疗细菌感染，在磺胺药和青霉素发明前，并无优势；发明之后，又受社会、经济等诸多条件的影响和限制，优势难以发挥，因此民国中医仍然有较多的优势。即使如此，部分中医仍然能够主动融会新知，并进行一些可贵的探索。 譬如时逸人、陆渊雷、施今墨等参考西医相关知识，对一些重大疫病的病因病机、诊断的认识渐趋清晰，在治疗模式上，开始初步尝试将中医辨证论治与西医辨病治疗应用到临床实践中。如张锡纯石膏加阿斯匹林汤，中西药物联用；在时疫医院里，采用中西医两法，使用盐水静脉注射治疗霍乱；中医李建颐还发明二一解毒注射液，用于临床鼠疫的治疗。
这一时期，一些中医还撷取西医部分药理学内容，对中药的研究也开始转向药物成分的提取、分析。当时已有医家认识到不能单纯依靠化学分析方法来确认中药疗效，这种观点至今仍有现实意义。
简言之，在国家内忧外患、疫病流行以及中西文化激烈碰撞和融合的环境中，民国中医融会新知，与时俱进，始终是中国社会防治疾病的中坚力量。
民国时期，在西学东渐和日本明治维新废除汉医成功的影响下，政府限制中医，甚至听任废止中医，致使中医教育被摒弃于官方学制之外。中医教育合法化直接影响中医执业的合法化，成为中医界图存与发展的命脉所在，为此中医药界进行了长达30余年的抗争。
1912年11月，北洋政府教育部《中华民国教育新法令》未将中医列入“医药学教育规程”，这就是史上著名的“漏列中医”事件。上海神州医药总会会长余伯陶等首先提出抗议，并在一年内联合19个省市的中医药同仁，组织“医药救亡请愿团”，掀开近代史上中医抗争的第一幕。迫于舆论压力，教育部、国务院复文：无意废弃中医，准许中医学校开办。随后，上海、浙江中医专门学校（1917年）、广东中医药专门学校（1924年）等相继成立，但中医加入学制却被“暂从缓议”，中医学校只能在内务部而不是在教育部立案，因而中医并未真正加入学制。学制外中医学校毕业生，不能获得合法的执业资格。
1929年2月，南京政府卫生部召开第一届中央卫生委员会议，通过余云岫提出的《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》，即近代中医史上著名的“废止中医案”。同时余氏另拟《请明令废止旧医学校》送呈教育部，要求“明令禁其传习，废其学校”。此案一经公布，全国舆论哗然，各地中医药团体及报社、商会纷纷致电南京政府，表示强烈反对。随后成立全国医药团体代表大会，推选代表赴京请愿。3月，代表们分别向国民党第三次全代会、国民政府、行政院、立法院等请愿。最终迫使“废止中医案”未予实行。
1930年5月，国民党中央执行委员会举行第226次中央政治会议，通过全国医药团体总联合会关于设立中央国医馆的提案。中央国医馆成立，中医存废斗争一度有所缓和，但国民政府教育当局对中医教育的限制仍然存在。1929年8月，教育部第949号部令取缔中医学校，禁止各校招生。教育部、卫生部主张将中医学校改为学社、传习所，不列入学制。
1937年国民党五届三中全会上，焦易堂等53位中委提出“责成教育部明令制定中医教学规程编入教育学制系统以便兴办学校而符法令案”获会议通过。经多方努力，重庆政府教育部于1938年颁布了《中医学校通则》，1939年5月公布五年全日制《中医专科学校暂行课目时数分配表》，中医界抗争数十年的中医教育合法化取得了初步成果。1943年9月公布的《医师法》，明确将“在中医学校修习医学，并经实习成绩优良，得有毕业证书者”作为中医通过“检核”的条件之一。据统计，经过中医师检核委员会议认证，前后共有60所中医院校颁发的毕业证书获准通过检核。
但好景不长。1946年2月，国民政府教育部指令上海市教育局取缔上海中医学院及新中国医学院。同年6月，南京政府卫生署命令各地卫生局，规定中医不得再称医师，公然否定1943年公布的《医师法》。1947年11月，上海不准各中医学校毕业生参加中医特种考试，使中医教育再受重创。
中医教育是关系到中医药学能否生存和发展的关键，因而成为存废双方历次斗争的焦点。民国时期，中医药界在抗争的同时，借鉴西医学教育，兴办中医学校，培养中医人才，不断改进自身，为发展中医教育进行了艰苦的探索。