几千年来，中医学自诞生之日起就一直沿着自己的轨迹运行，遵循着自身的规律发展。近百年来，西方医学进入中国并迅速成为主流医学，特别是近30年来，随着现代医学的飞速发展，中医学遇到了前所未有的挑战，这些挑战对中医学的发展走向和前途产生了极其深远的影响。我们必须清醒认识，积极应对，回避与坚守壁垒是行不通的。
明确中医学面临的四大挑战
治疗目标转换产生的理论障碍和方法学困扰
所谓治疗目标转换是指中医诊疗面对的已不再是传统的中医病证，而几乎完全是经过明确诊断的西医疾病，疗效目标也从单纯追求中医“证”的改善和消除，转换为中医“证”与西医病（包括相应的客观指标）的好转和康复。而西医疾病诊断和疗效评判的标准在中医理论中完全是空白，中医理法方药中也没有针对西医客观指标的内容。
这就产生一个问题，就是用传统中医理论和方法治疗西医疾病是否可行。如果可行，理论基础是什么，实践依据在哪里；如果不行，几十年来的临床实践是如何进行的，众多的研究成果是怎样取得的，中医对西医疾病的疗效学基础是什么？这些疑问我们应该怎样回答？治疗目标转换带来严重的理论障碍和方法学瓶颈对中医思维方法和诊疗模式等所产生的冲击是巨大的，这个挑战是根本性的。
近年来，中医学术发展之所以举步维艰，其根本原因也正在于治疗目标转换及由此产生的逻辑悖论没有得到根本解决所致。而当前普遍存在的中医特色淡化、中医思维弱化、中医评价西化等倾向亦无不由治疗目标转换所导致。用中医理论和方法治疗西医疾病，这些学术“西化”现象的发生就是必然的，也是毫不为怪的。今天，我们讨论任何中医问题如果离开治疗目标转换这一现实就都是纸上谈兵、隔靴搔痒，就永远不会得出正确的结论。
科学环境变化带来的学术理念与模式的矛盾与冲突
新中国成立至今的60多年间，中医学面临的科学环境发生了巨大的变化，最主要的如中医医疗机构和建制的变化。因为中医没有自身的建院模式和规章制度可循，原有的中医个体行医方式又无法适应现代社会的需求，因此，作为中医主流医疗机构的各级中医医院几乎完全是按照西医院的结构模式和框架建立和设置的，只不过增加了针灸、推拿、中药房、煎药室等中医特有科室而已。中医医疗、教学、科研等业务工作的运行也就必然受到专业分类、学科设置、教育模式、医疗法规、医疗文件书写、科研设计等许多按西医学要求制定的规范和标准的约束。就使中医的很多特色受到限制，如个体化诊疗与大样本多中心等循证医学理念和模式的冲突如何化解？我们强调和追求的中医特色和规范化标准化建设的矛盾如何权衡？
科学环境的变化使中医学一方面极不适应，一方面又不得不认真面对和接受，这个挑战是巨大的。近年来，普遍存在的中医机构“西化”现象其形成的根源也正在于此。道理非常简单，因为从中医院结构而言本来就是按西医模式建立的，那么“西化”现象的发生就也是必然的，而不是如理论家们所说的所谓什么“哲学贫困”和“文化精神溃败”。
治疗领域受到挤压
近年来现代医学的理论和方法的突飞猛进使许多医学难题得到了根本的解决，使中医治疗领域逐渐缩小，如溃疡病治疗，随着H2拮抗剂和质子泵抑制剂的广泛应用，使中医治疗机会减少；再如介入治疗、溶栓治疗、消融治疗等新技术的广泛开展，也使中医药在某些方面相形见绌，失去优势。正如阙华发先生所言：“每一项新技术或新药问世，就意味着中医学原有的临床优势可能被取代，原有的优势变成相对的劣势，诊疗范围逐渐缩小。”
中医学自身的理论缺陷和方法学局限
同所有门类的自然科学一样，中医学也有自身的缺陷和片面性，有些缺陷和不足是中医学自身所固有的，是由于其产生的历史条件限制造成的，有些则是面对现代医学的发展特别是面对西医疾病的防治任务而日益凸显出来的。主要如诊断方法的主观笼统性、辨证论治的主观随意性、无证可辨的尴尬、缺乏科学统一的疗效评价标准及中药复方的安全性操控问题等，而这些缺陷和不足短时期内还难以得到根本的解决，因而极大地妨碍了中医学术的发展。
应对挑战的三大措施
理念上重视在继承、质疑、批判的基础上创新
长期以来，人们总是习惯将继承和创新视为中医学术发展的永恒主题，视继承为创新的基础和源头，视创新为继承的动力与引擎，这种理念原本没有错，但是我们往往忽略了质疑和批判才是创新更为重要的条件。如果说继承更多地是遵循、承接、吸纳，而创新则主要是在对某些传统观点、学说的质疑、验证甚至纠正的基础上进行。正是这一过程才能使我们发现某些观点学说和理论的缺陷和不足，并找到其发生的根源，而创新就是为了克服这些缺陷和不足，使之适应现代人们防治疾病的需要。从某种意义上说，质疑和批判才是创新的内在动力。而当前质疑和批判的精神恰恰是中医界所最缺乏的，这也正是多年来中医学术创新远非尽如人意的真正原因所在。
创新应当是全方位、立体化、有选择地进行，主要应包括理论体系和方法学创新，如建立新学说，提出新观点，建构新理论；创新中医诊疗模式，调整更新诊疗思路，创建新的治疗方案，创立新的组方，创制新剂型，研制新药物，开辟治疗新途径，扩大给药新渠道等等，没有理论创新和方法学的突破，所谓创新也就成为空中楼阁。
坚持追求个体化诊疗特色与探索普适规律并重的理念与实践
个体化诊疗是中医学最重要的特色之一，中医学的很多优势就是通过个体化诊疗承载和体现出来的，这当然是我们永远的学术追求，但是，由于当代中医的实践范围和诊疗方式都与前代不同，这就要求确立新的科学规范。因此，对于中医学术进步而言，探索中医药诊疗的普适规律具有更为重要的科学意义。
我们要在总结个体经验的基础上，适时引进循证医学的理念与方法，挖掘和发现普适规律，反复验证提炼升华出具有普遍指导意义的结论，形成经得起重复、适宜推广应用的普适的学术规范标准和相对统一的理论核心，从而使这些成熟的理论和经验服务于更多的患者群体，进一步提升中医药的作用和贡献度。
建构新的中医理论体系
根据治疗目标转换和疾病谱变化的实际需要，建构新的中医理论体系是中医学术发展不可回避的必然进程，是医学科学进步对我们提出的必然要求，是当代中医人光荣而神圣的科学使命。
在继承传统中医理论的基础上，适当融入现代科学理念，实现中医理论的创新，使之既保留中医原有的学术精华和技能特长，又体现现代医学新成果。这一理论体系，既能指导中医病证诊疗，又适用于西医疾病诊治的需要，从而使中医学真正成为开放包容的学术体系。正因为这一体系在保留中医原有学术精华的基础上又充分吸纳了现代医学的研究成果，因此也最有可能保持其永久的生命力。