注释，是对古籍中出现的冷僻费解或具有特定含义的字词及名词术语等，用通俗的语言进行解释，为读者提供方便。具体工作包括注字音、释通假、正字形、解词义、详出处及分析句读等方面。
注释工作既有利于保存文献、服务后代，也有助于利用文献、服务当下。
对于侧重文献保存的注释工作，可以进行必要的考证，考证的过程要有简略体现，必要时要举出相似的例证。采用前人、他人的注释时应明确注明文献出处。有多解难于取舍时可并列各种解说，并适当表明注者的倾向态度。
需要注释的字词有时同时有多个义项，在注释时只保留与文句最贴切的义项。如缪希雍《梓行〈本草经疏〉题辞》：“下根人读之，如盲人谭五色，总不能别。”谭，本义同“谈”，作为动词，作谈话、谈论解；又有“绵延相及”之义，作为形容词，具有“宏大、广大”之义；作为名词，可作言论解；又作为古国名、姓等解。义项很多，此处作动词“谈论”解，只须标注此义即可。
有些比较冷僻生疏的义项，为了便于理解还要适当地加上例句。如《植物名实图考》人参：“我朝发祥长白山，周原膴膴，菫荼如饴。固天地之奥区，九州之上腴也。”（卷之七人参）奥区，为“腹地”之义。除注释义项外，最好加上例句，如《后汉书·班固传》：“防御之阻，则天下之奥区焉。”李善注：“奥，深也。言秦地险固，为天下深奥之区域。”这种例句在侧重文献保存的注释工作中具有积极的意义，而对于侧重今人利用的注释工作中就显得累赘了。因为一般读者只需要知其然，不需要知其所以然。
对于侧重今人利用的注释工作应该省略考证过程，甚至省略考证，直接表明今义。对于一些古今不同的语法现象、修辞行为和字义区别应着力阐述，因为这类整理本读者主要是中医药工作者，对于常见医学术语不需过多笔墨，力求简单明了。
（四）今译
今译，即将古文翻译为现代文，方便今人的阅读、学习和利用。高质量的今译，不但可以解释疑难词句，而且能全面反映文章的思想内容、逻辑关系、风格特点等，对于中医学术的传承和学习有重要意义。
对于侧重文献保存的今译工作，要以直译为主，要与原文的词性、词义、语法结构和逻辑关系一一对应，不能随意改变与增减。好的直译甚至应该把原文的修辞特点和语言风格保留下来。同时，必须与注释相结合，注意有一些不能翻译的内容如医学术语、地名、人名、职官名、年代、书名等专有名词要辅助注释，一些可以翻译但会丢失原意的双关语、褒贬反义、引申、形容、比喻等要辅以注释，一些引用的典故、诗词、经文要辅以注释。如：《本草纲目》卷三十二椒红附方：“损疮中风：以面作馄饨，包秦椒，于灰中烧之令热，断开口，封于疮上，冷即易之。（孟诜《食疗》）”可翻译为：“损疮中风：孟诜《食疗本草》附方：以面作馄饨，以秦椒为馅，放置在炭火灰堆中烧热，断开缺口，敷在创口上，凉了再换。”古时的“馄饨”与现今不完全相同，是一种面食。用薄面片包馅做成。类似今天的水饺。这种情况在翻译时难以译出，只能用加注的方法解释。冷僻的成语典故更需要注出，如《植物名实图考》卷之八通草：“朝廷虽以俭德风天下，然以朴而华，如益薪爨火；以华而朴，如逆阪走丸。”意为从简朴到奢华容易，从奢华到简朴困难。其中的逆阪走丸为成语，应当出注：逆阪走丸，出《后汉书·皇甫嵩传》：“若欲辅难佐之朝，雕朽败之木，是犹逆阪走丸，迎风纵槕，岂云易哉！”比喻事情难于办到。
对于侧重今人利用的今译工作可以直译也可以意译，可灵活掌握使用。无论直译还是意译，都必须准确，要忠实于原文，正确地表达原文的含义。再好的今译也会丢失很多信息，需要通过注释尽可能弥补。
（五）辑佚
辑佚，是指对亡佚古籍（即佚书，指见于前代书目著录、文献征引、古籍标记而未流传下来的古籍）的辑复，将现存文献中散见的佚文（即佚书的见存之文，指散见于现存各种书籍中的属于佚书的文字）进行搜集摘录、考校整理、汇聚编排，辑复成册（篇），最大限度地恢复亡佚古籍的原貌。
辑佚工作是对已经遗失的古籍的一种尝试性的补救工作，对于工作人员的要求极高，否则不但不能恢复古籍，还会生产出一堆垃圾。辑佚将原已亡佚的古籍重新恢复，使之得以再度流传，不仅方便了今人的学习、利用，更为后人提供了宝贵的文献版本，有利于古籍文献的保存和流通。
对于侧重文献保存的辑佚工作，必须进行必要的考证，考证的过程要有简略体现，必要时要举出相似的例证。采用的佚文必须有明确清晰的文献出处（不仅说明出自某书、某卷，还要注明版本，甚至页码）。佚文引用要完整，不能断章取义。辑佚的原则要明确，排列依据要有说明。
对于侧重为今人利用的辑佚本，其严肃性一同于侧重文献保存的辑佚工作，但并不需要列出详细的考证过程，重在最后的辑佚成果。
（六）节选
节选，是指为一定目的从完整的古籍中节取部分段落、章节。这种文献整理方法，主要是便于今人的专题研究，方便研究人员的阅读、理解。节选工作看似简单，实则要求甚高，节选者必须对古籍具有全面的把握与较深的了解，同时需要对专业知识非常精通，才能恰当地进行节选，从而达到既突出重点、又避免割裂原文的宗旨。古籍知识和专业知识，二者缺一不可。比如我们要从历代本草中选取有关炮制的内容进行节选，首先必须熟知本草的朝代、原著特点、内容形式等等，还要熟知本草中哪些内容与炮制直接相关和间接相关，才能顺利地将相关内容分离出来，还要依据一定的规则将这些内容有机地结合在一起，这样才有可能成功地作出节选，否则就会出现断章取义、张冠李戴、挂一漏万等错误。
节选是侧重于今人利用的整理工作，主要是为当下的科研、临床、教学、生产等社会服务的，因此力求于既准确反映古人原有精神，又与现实工作相接轨。
（七）汇编
汇编，是指将不同古籍的同类内容的零散资料集中起来，按照一定主题，采取一定方式，遵循一定体例，加以编排的一种方法。古籍汇编的实质是在不改动原文的前提下对古籍进行某种形式的改编；以题为主，分题采摘群书，汇而编之；突出特点在于资料汇总。这种文献整理方法，能够为今人的专题研究提供丰富而集中的宝贵资料；同时，也有利于这类文献的集中保存与流传，一定程度上也为后人提供了方便。
汇编与节选虽然一个是整合，一个是剖取，但却异曲同工，都是以对本草原书动手术形式而为当下实践服务的。
（八）学术研究
是指对古籍进行的专题性研究整理，可以是针对一部书、一个作者的，也可以是针对一类古籍的。这类工作主要也是服务于当代的。以临床工作者为服务对象的，如某种疾病的学术研究、医案的学术研究、用药方法的学术研究等；以中药工作者为服务对象的，如炮制、剂型、药性理论、方剂等研究；以医史文献工作者为服务对象的，如本草史、文献研究等等。
古籍的整理，因其最终目的的不同，所采取的方案亦应有所不同；即使运用同一种方案，在具体的操作方法上也有所侧重。本草著作如此，其他中医药古籍的整理工作亦是如此。