本草文献整理是中医药学研究的重要组成之一，要深入开展其相关工作，必须明确整理工作的目的，从而制定相应的方案。本文试就此问题展开讨论，讨论之前要明确界定本文中的若干基本概念。
首先，“本草文献”，本文所指包括我国历史上标明为“本草”的古籍、未标明但实际为本草内容的古籍，以及某些综合性古籍中独立的本草章节，还有近现代一些以中药为主要内容的著作。
第二，“整理工作”，本文是指以文献文本为基础进行的文案工作，不包括实验、临床、教学内容，也不包括旨在保护古籍的图书馆保管工作及数字化工作。
第三，“本草文献整理工作的目的”，本文所指不是一般意义的“本草文献整理工作的意义”。有关本草文献整理工作的意义，以往的书籍与文章多有阐述，故不赘述。本文所说的目的，严格来讲是指“本草文献整理工作的服务对象”。
第四，“本草文献整理工作的方案”，也可称为“本草文献整理工作的对策”，是指针对不同的服务对象，本草文献整理工作采用的不同的工作对策。
名正则言顺，在明确基本概念的基础上，笔者将本草文献整理工作的目的与方案作一阐述。
本草文献整理工作的目的
如前所述，“本草文献”包括我国历史上标明为“本草”的古籍、未标明但实际为本草内容的古籍，以及某些综合性古籍中独立的本草章节，还有近现代一些以中药为主要内容的著作。然则，何为“本草”？许多学者都试图对其作一科学的定义，但总有不尽人意之处。
“本草”一词，其来也久，从其发展历史来看，《神农本草经》是其元典。《神农本草经》的问世，奠定了本草的基石，在此之前的相关论述，不论是大到著作，还是小到只言片语，均在此书中得到整理、融合；后世的本草，则以《神农本草经》为基础，不断发展，如同冲出三江源的黄河不断汇集各个支脉，最终形成了波澜壮阔的巨流。历代本草以《神农本草经》为楷模，进行补充、修订、增删，虽然各个时期多有创建，但都不离其根本——古代学者讲究学问的其来有自，从一个侧面体现出中华民族敬畏权威、崇尚正统的性格。
基于上述的发展历史，笔者认为，本草是著作，是关于药物的著作，是以《神农本草经》为核心、以中药理论框架为指导、为中医临床服务的著作。近现代，传统本草格局虽遭瓦解，但仍有具备上述要素的本草著作问世。
既然本草是有关中药的著作，则本草文献整理工作的目的亦即服务对象，主要有两个：一是保存文献，把本草作为文物收藏，把前代的遗产原封不动地完整保存下去，即服务于后代；一是利用文献，把本草作为工具使用，使前代的智慧服务于先进社会，即服务于当下。两者之间既有区别，亦有联系。
（一）保存文献，服务于后代
除图书馆、博物馆和收藏家外，文献整理工作者同样也承担着保存文献的责任——保存文献，是文献整理的目的之一。
保存文献体现在两个方面。一是文献本身的保存。古代文献在千百年的流传过程中，不可避免地要经历各种天灾人祸，古人有所谓“五厄”（隋代牛弘）、“续五厄”（明代胡应麟）之说；而文献整理工作者，正是通过收藏、保管、影印等手段，达到保存文献的目的，使之能够继续流传后世。二是文献内容的保存。文献的价值在于其承载的内容，如果其内容无法理解，则纵使流传万代，也只不过故纸而已；而文献整理工作者通过点校、注释、辑佚、翻译等工作，将古籍文献的内容加以发掘，让后人能够理解、接受、学习前人的思想并加以利用，真正使文献在流传后世的过程中体现出应有的价值。
（二）利用文献，服务于当下
一切历史都是当代史，本草文献亦是如此，其同样服务于当下。前文述及，文献的价值在于其承载的内容，文献整理工作者通过点校、注释、翻译等工作将古籍文献的内容加以发掘，一方面保证后人能够理解、接受、学习前人的思想并加以利用，另一方面也是更为重要的方面，即有力促进了今人对于古籍文献的理解、接受、学习与利用，使古籍文献在当代即能体现出应有的价值。具体到本草文献，其文献整理工作对于当代中药开发研究、临床应用都具有重要的意义。
本草文献整理工作的方案
基于不同目的、服务于不同对象的文献整理工作，所采取的方案也有所不同。
（一）影印
影印（古作“景印”），是指对古籍善本、孤本或名家手稿进行拍摄扫描后，在保存古籍原貌的基础上，按一定比例（原大、缩小或放大）制版印刷的方法。影印是保存古籍原貌的最佳手段，能避免重新整理、文字排印过程中产生的新的错误，可信度高；同时，整理难度较低，整理和出版的周期较短，同样规模的图书，投入的人力、物力相对较少。
影印的主要作用在于保存文献的原貌，主要读者对象是具备一定古籍阅读能力的文献工作者及古籍爱好者，并服务于后代，但不适于临床和实验方面的中医药工作者阅读。
为尽可能完整全面地再现古籍原貌，影印工作必须选择最佳底本，并必须保证底本的纯洁性，以及拍摄或扫描的完整性、清晰度。底本的选择与技术处理非常重要，决定了影印本的质量。
1957年人民卫生出版社出版的《本草纲目》影印本是以1885年合肥张绍棠味古斋重校刊本为底本影印的。该版本刻印精良，直接吸收了历代如钱蔚起本、太和堂本、张云中本、张朝瞒本的校勘成果，订正了很多错误，但同时在大量增改中所发生的错误也很突出，尤其是抽换了几百幅图，严重破坏了本书原貌。但在金陵本未被影印之前其影响甚巨。
1993年8月，上海科学技术出版社出版《本草纲目》“金陵本”的影印本，引起了中医医史文献界的一片欢呼——“金陵本”是世间难得一见的善本，是连李时珍、王世贞二人或许都未曾谋面的《本草纲目》首刊本；但该影印本问世后不久，即有专家指出其存在较多的描改（对原本的文字空缺、笔画残缺及字迹模糊之处进行填写描涂的改动）且错误不少，影响了金陵本原貌，令人扼腕。
不过，历史上影响巨大的本草著作多有不同刊本流传，多数刊本均有其价值所在，都具有影印保存的必要。仍以《本草纲目》为例，金陵本问世后，1603年，由夏良心、张鼎思序刊的江西本，刻印精良，更正了金陵本的不少错误，故同样具有影印保存的价值；再如1640年由六有堂出版的钱蔚起本，是在江西本的基础上经仔细校勘后精刻而成，且首次对《本草纲目》的附图进行全面改绘，均由当时最有名望的画工、刻工执笔，其文献价值同样不容忽视。
（二）点校
包括句读和校勘。
句读，是指给古书进行断句。古代文献缺少标点符号，不利于现代人阅读，往往造成歧义。为求得正确达意和语气顺畅，必须要给古书添加标点，即判断句词的停顿。对于本草文献而言，句读即根据古籍的内容实际，恰当地划分段落，正确地点断句子，在完整的句子后和句子内部的停顿位置加上合适的标点符号，使原文的停顿、结构和语气等清晰而准确地显现出来，使文理通、医理显。
校勘，是指利用古籍的不同版本和其他相关资料，通过对比分析、考证推理，指出和纠正古籍在流传过程中发生的各种字、句、篇、章上的不同和错误。
点校既有利于保存文献、服务于后代，也能够促进文献的现时利用，服务于当下。
对于侧重文献保存的点校工作，最好采用竖排繁体字进行排版，以最大程度地保存古书的原有信息；同时应力求点校工作的精细、全面，使后人可以利用我们这个时代的研究成果，作出进一步的研究。如班猫（斑蝥）、恒山（常山）、人薓（人参）、旋覆花（旋复花）等某些药名，包含了一定的时代信息，在侧重于今人利用的整理本中需要改动，而在侧重文献保存的整理中必须维持原貌。校勘力求准确，不要轻易否定或肯定某一观点，不同版本出现不同之处且皆有一定道理时应当并存，并根据点校者的理解指出其最佳者。对于各种文献依据必须保留。
对于侧重今人利用的文献点校，则应力求清晰明了、重点突出、方便阅读，必须以简体字横排进行排版。校勘力求简要、明确，避免繁琐的考证。