《内经》的各个篇章中都蕴含了丰富的病机理论，《内经》以邪正盛衰、阴阳失调、升降失调阐释病变的基本机理，提出了著名的“邪气盛则实，精气夺则虚”以及“百病皆生于气”的学术论断。《素问·至真要大论》是《内经》中唯一明确提出“病机”的篇章，该篇中对临床常见症状的病机进行了归纳和总结，其中“审察病机，无失气宜……谨守病机，各司其属，有者求之，无者求之，盛者责之，虚者责之”，则明确指出了《内经》分析病机的方法。
谨守病机 各司其属
分析病机，首先要做到“谨守病机，各司其属”，找寻主病之因。而主病之因找寻的主要方法是：以疾病表现之象为对象，根据藏象理论中有关五脏、六气的特性，运用类比的方法，进行分类归属、辨别判断。探求其发生的六气之因、五脏之位等，即找出病象与病因、病位的所属关系。
在病因方面，《内经》用六气加以概括，正如《素问·至真要大论》所云：“夫百病之生也，皆生于风寒暑湿燥火，以之化之变也。”而六气各自的特性特点又不同，所致疾病的表现也各异，因此，根据六气的特性对疾病所表现出来的症状进行分析，就可以探求病变发生的原因，从而指导治疗。如火性炎上，有上冲之势，故病象若见有逆而冲上之象的则认为大多是火盛之因，如呕吐、呃逆、哕、咳喘、气上冲胸等，病机十九条以“诸逆冲上，皆属于火”概之。当然，这里的六气既指外邪，也包括内在机体失调所导致的病理变化，病变是外邪所致，还是内生六气所为，还需细辨。
在病位方面，《内经》认为五脏是人体脏腑组织器官的总概括，而五脏又分属五行，各有其特殊的功能特点，故虽然病变之象千差万别，但总能根据五脏之性来分别归属判断，确定五脏之病位，进而治疗。如肾位居北方，五行属水，其性为寒，而寒又主收引、凝敛，故病变之象见有躯体蜷缩、肢体不伸、关节拘挛者，大多归属于肾，正所谓病机十九条中的“诸寒收引，皆属于肾”。当然，这里的五脏指的是五脏系统，包括各自所主的腑、体、窍、华、经脉等，各自的功能所主也不单一，判断某脏的哪个系统层次、哪方面功能异常，还需根据具体的病变表现加以分析。
《内经》这一分析病因、病位的方法，实为后世病因辨证、五脏辨证的雏形，也为中医学辨证论治的形成奠定了基础。
有者求之 无者求之
“有者”、“无者”历代注家大致有四种解释：一是症状的有无；二是气候有无寒热温凉燥的变化；三是“有者”为实，“无者”为虚；四是“有”指经文中已经有明确论述的，“无”指经文中未述及的。综合原文语境及临床实践考察，第一种解释较为合理。
“有者求之，无者求之”意为有此症状或无此症状的，均要求探求其所以然，并对临床出现的症状，同中求异、异中求同，明确真相，明确病机。其中，这里的第一个要求是对某种病象是否出现必须准确判断，即到底是“有”还是“无”，不能模棱两可，因为病象是否有无是进行病因、病位分析的前提。若舌、脉判断不准，四诊又失全面，则真相不明，难以辨证。其次，要对出现的病象探求其出现的原因，其所用的方法是辨别异同。同一病证，可具有不同的病机，即所谓“证同机异”。如病机十九条中的“掉眩”、“收引”、“暴强直”、“痉项强”、“转反戾”、“瞀瘛”均指筋脉拘挛、抽搐之证，但病位却有属肝、属肾之别，病因则有属风、属湿、属热、属火之异。而“诸湿肿满”、“诸胀腹大”、“诸病有声，鼓之如鼓”皆有脘腹胀满之证，但病机却有属脾、属热之异。同样，不同的病证，其病机却基本相同，即所谓“证异机同”。如病机十九条中的“瞀瘛”、“禁鼓慄”、“躁狂越”、“胕肿，疼酸惊骇”、“逆冲上”等证均由火邪所致，而“呕吐酸，暴注下迫”、“转反戾，水液浑浊”、“病有声，鼓之如鼓”等皆由热所为。因此，根据症状的有无是判断病机的关键，是辨证论治的前提。
盛者责之 虚者责之
“盛者责之，虚者责之”，意在强调虚实辨证，是分析病机的重要环节，也是临床诊治的重要前提。《素问·通评虚实论》云：“邪气盛则实，精气夺则虚”，这里的“邪气”可以理解为一切致病因素，包括六淫以及滞气、瘀血、痰饮、积食、诸虫等。“精气”即正气，包括营卫、宗气、脏腑之气、经络之气以及精血、津液等在内，其中任何一种损耗，都可形成正气的虚弱。
大家知道，疾病的发生，就是正气与邪气相互作用的结果，凡邪气强盛的属于实证，正气虚弱的属于虚证。但不能把“邪气盛”和“精气夺”割裂开来理解，因为临床上虚实常常同时存在。从发病学角度而言，《素问·评热病论》云“邪之所凑，其气必虚”，邪之所以能入侵人体，则是因为有正虚之隙可乘。而在疾病的恢复阶段，可能邪气表现得已不明显，滞气、瘀血、痰饮、积食等病理性产物亦不可忽视。因此，《内经》所言虚实，是建立在对正邪力量对比上的综合判断之上的，是对病象的主要方面的概括总结，临床病证并无单纯的实证与单纯的虚证，而且虚与实也是相对的、动态变化的，并不是固定不变的。
另外，《素问·调经论》还有“血气离居，一实一虚”之说，其主要着眼点在于经脉中气血的输布失调，气血所并之处为实，气血所离之处为虚，以气血有无为评判标准，这又是运用经络理论治病的各种疗法，如针刺、艾灸、按摩等的理论基础。疾病的主要矛盾方面，我们一旦判定并给予解决，则疾病问题亦可迎刃而解，因此，判断虚实是分析病机的重要方法，后世八纲辨证中专有“虚实辨证”，也是以说明它的重要性。
审察病机 无失气宜
气宜，指六气的循序主时；无失气宜，即要求我们审察、分析病机要从六气主时出发，而治疗时亦不要违背六气主时的规律，是中医诊治因时观点的反映，也是重视“人与天地相参”的整体观念的体现。这里的六气主时，从某种角度而言也可理解为季节变化，而《内经》认为季节气候变化对人体疾病的影响甚大。
首先，季节气候变化是自然界阴阳消长的结果，而阴阳消长直接影响着疾病的发生发展，正如《素问·阴阳应象大论》所云：阳盛病“能冬不能夏”，阴盛病“能夏不能冬”。
其次，各季节、各主气之时有自己的主气，若淫盛太过，则可见季节多发病，或伏而至下一季节发病；若主气不及，则可见他气或乘或侮而发病。
再次，五脏与各季节存在着通应关系，故季节的变化，也对各脏腑病变产生着重大影响，如《灵枢·顺气一日分为四时》说：“以脏气之所不胜时者甚，以其所胜时者起也”。《素问·脏气法时论》云：“夫邪气之客于身也，以胜相加，至其所生而愈，至其所不胜而甚，至于所生而持，自得其位而起”。
现代研究也表明，各种气象因素，包括气温、气压、湿度、风速等对人体的病理过程均会产生一定的影响。如“冷锋”、“低气压”等气候状况可以促使心绞痛病证的恶化，“高湿度”气候可引起心肌梗死的发作，“气压降低伴高湿”天气可导致多发性关节炎的复发，“不稳定冷空气及逆温层”气候可加重支气管哮喘的发作，“湿热”气候可加重胃溃疡的发病等。
正是由于季节气候变化对疾病有重要影响，所以作为分析病机的方法，《内经》提出“无失气宜”，则应引起我们的高度重视。