发病是指疾病的发生过程，即机体处于病邪的损害和正气抗损害之间的矛盾斗争过程，标志着人体已由健康状态转化为病理状态。《内经》的发病观主要有邪气发病说、正气为本说、两虚相得说和因加而发说等。以下分别论述之。
邪气发病说
《内经》认为，邪气侵入人体是疾病发生的重要条件。风、寒、暑、湿、燥、火是自然界四时的气候变化，但其异常变化，如气候的太过或不及，超过人体的适应能力，则成为致病因素。《素问·金匮真言论》云：“八风发邪，以为经风，触五脏，邪气发病。”指出凡病多为邪气所致，邪气触冒五脏，侵袭人体是发病的基本条件。《灵枢·百病始生》亦云：“夫百病之始生也，皆生于风雨寒暑，清湿喜怒。”说明邪气侵入人体是发病的前提，还指出邪气有外感与内伤之不同，如风雨寒暑和清湿，皆属于外来的致病邪气，而以喜怒，代指七情内伤致病因素，也说明了致病邪气的多样性。
邪气的种类、性质和微甚在一定程度上决定着发病的表现、特点（病性、病位）和轻重缓急。《灵枢·岁露论》云：“寒则皮肤急而腠理闭，暑则皮肤缓而腠理开。”《素问·刺禁论》云：“气盛身寒，得之伤寒；气虚身热，得之伤暑。”说明邪气不同，致病的临床表现各异。《素问·阴阳应象大论》云：“故天之邪气，感则害人五脏；水谷之寒热，感则害于六腑；地之湿气，感则害皮肉筋脉。”《素问·太阴阳明论》云：“伤于风者，上先受之；伤于湿者，下先受之。”提示邪气种类不同，致病的部位也不同。《灵枢·刺节真邪》云：“有一脉生数十病者，或痛或痈，或热或寒，或痒或痹或不仁，变化无穷……此皆邪气之所生也。”表明邪气的微甚、浅深导致病证种类有别、病情轻重不等。
此外，疫疠之邪致病与一般邪气有明显不同，以具有传染性为特点，人群之间易于相互传染，且发病者症状往往具有相似性，如《素问遗篇·刺法论》所云：“五疫之至，皆相染易，无问大小，病状相似。”
正气为本说
虽然发病离不开邪气侵害，但《内经》认为在绝大多数情况下，正气的强弱才是发病的决定性因素，起着主导作用。正气强则胜邪，邪气被抑制，或者被祛除，则不发病；反之，正气虚弱不胜邪气，则邪气得以侵入人体，引发疾病。《素问遗篇·刺法论》云：“正气存内，邪气可干。”指出人体正气旺盛，抗御邪气的能力强，则邪气难以侵入人体。可见，人体是否发病，主要取决于正气的盛衰，而邪的微甚则起着相对次要的作用。
《内经》正气为本的发病观具体表现为：首先，正气不足或失调是邪气侵入或内生的前提，如《素问·评热病论》云：“邪之所凑，其气必虚。”其次，正气不虚，便能对邪气抑制、驱逐乃至消灭，从而使邪气不能发病，如《素问·金匮真言论》所云“藏于精者，春不病温”。再次，即是邪正相搏导致发病，正气较强则发病必缓而轻，正气较弱则发病必急而重，如《灵枢·病传》云“正气横倾，淫邪泮衍，血脉传溜，大气入脏，腹痛下淫，可以致死，不可以致生”。表明正气衰弱，必然导致邪气猖獗，深入内脏，发病严重而预后不良。
两虚相得说
《内经》认为，人体发病并非邪气一方的作用，而是正气不足与邪气侵袭共同作用的结果。正如《灵枢·百病始生》所云：“此必因虚邪之风，与其身形，两虚相得，乃克其形。两实相逢，众人肉坚。”“两虚”，指自然界异常的气候（“虚风”）和人体正虚；“两实”，指自然界正常的气候（“实风”）和人体正气充实。也就是说，并非正邪相争的任何状况都会发病。如果邪气弱而正气强，就更不会发病。如《灵枢·刺节真邪》所说：“正风者，其中人也浅，合而自去，其气来柔弱，不能胜真气，故自去。”如果邪气虽强而正气不弱，正能胜邪，不会发病，即“卒然逢疾风暴雨而不病者，盖无虚，故邪不能独伤人”（《灵枢·百病始生》）。如果邪气相对较强而正气相对较弱，邪正力量对比达到或超过了足以引起发病的程度，就会“两虚相得，乃客其形”而发病。
这里有个“虚风”和“实风”的概念需要清楚，《灵枢·九宫八风》云：“风从其所居之乡来为实风，主生，长养万物。从其冲后来为虚风，伤人者也，主杀，主害者也。谨候虚风而避之，故圣人曰避虚邪之道，如避矢石然，邪弗能害，此之谓也。”张介宾注云：“冲者，对冲也；后者，言其来之远，远则气盛也。”可见，“实风”属于当至而至的自然界正常气候，而“虚风”则属非时之令的反季节气候，极易成为伤人致病的邪气。
因加而发说
《内经》中所论述的“因加而发”是指人体感受邪气之后，由于病邪未亢盛到可以发病，而正气亦未强大能祛除病邪的程度，二者处于某种水平上的暂时平衡状态，而邪气存留于体内，一旦某种条件或诱因使病邪增强或使正气减弱，上述平衡打破则发病。正如《灵枢·贼风》所云：“此皆尝有所伤于湿气，藏于血脉之中，分肉之间，久留而不去；若有所堕坠，恶血在内而不去。卒然喜怒不节，饮食不适，寒温不时，腠理闭而不通，其开而遇风寒……虽不遇贼风邪气，必有因加而发焉。”指出所谓“因加而发”，就是故邪（湿或瘀血之类）内伏加上新邪（情志、饮食、寒温失宜等）而发病，通常包括两种情况：一是新邪作为直接诱因，启动、激发、助长了伏邪而发病；一是新邪作为间接诱因，损伤了人体的正气，改变了正邪力量的对比，为伏邪的发病创造了有利条件。这里的新邪，实指那些轻微的情绪变化、饮食失调、气候的寒温变化等，这些因素可以引起人体气血运行的波动，但在人体体内没有故邪的情况下，尚不足以单独致病，从而也解释了某些病症的发生与所受邪气不符的原因。后世温病学在此基础上形成了“伏气温病”理论，可谓是对“因加而发”的进一步发展。
此外，“因加而发”告诉我们所谓的健康和疾病痊愈者并不等于没有伏邪，疾病的发生有一个从量变到质变的过程，提醒我们要注意养生防病，应通过顺应自然、调节情志、谨和五味、运动锻炼等各种方法使体内的正气充足、伏邪减弱或消除。
《内经》的发病观尚有“生病起于过用”、“百病生于气”及体质与发病等，这里不一一详述。总之，《内经》对发病的认识，提示我们在临证时，必须对患者的病史进行详尽的探询，对病人的病情进行仔细的鉴别，明确诊断，达到治病求本，治愈疾病的目的。