“象思维”之过——取象思维的局限与不足
“象思维”思维方式作为《内经》所使用的最主体的认识论方法，在丰富医学理论、建构医学体系、指导临床思维、丰富药性理论等方面发挥了巨大作用，并由此形成了中医学鲜明的学术特征，即注重整体、关注联系、强调功能等，对中医学科学体系的形成作出了巨大贡献。但同时，这一思维方式亦存在一定的局限与不足，并导致了《内经》理论体系亦存在一定的不完善之处。
1．“象思维”难以形成对事物全面、系统的认识
取象比类与逻辑思维方法中类比方法相似，类比是从对象间已知的同一性、相似性，向对象间未知的同一性、相似性的推理过程。如果说类比推理的客观基础只是对象间的同一性和相似性，那么我们知道，任何两个对象都不可能在一切方面都相同，对象之间除了同一性还存在差别性。由于忽视差别性、不同性，导致了取象比类的思维方式在认识未知事物时就存在一定的粗简、笼统与片面，缺乏足够的全面、精细与准确，其推导的理论亦无法保证足够的全面与系统。如对中药药性理论的总结，有“皮以治皮，子能明目”之说，但梨皮、地骨皮、桂皮等则无治疗皮肤病之用，苏子、莱菔子、白芥子也无明目的功效等。
2．“象思维”未充分论证事物“类”的同质性
取象比类与逻辑思维方法中的类比方法相似，但又不尽相同，类比方法使用的前提是本质、种属相同的事物，因此，确定事物之间“类”的相同性在类比方法中的应用就极为重要。而取象比类方法在使用时并没有充分体现类比的这一特质。
首先，在界定事物属性的相同性时会存在认识分歧，如人与天地是否可以看作属性相同的同类？人与动物、植物是否可以作为性质相同的事物来推演？对此认识的差异，也导致了取象比类思维是否可以在这些事物之间使用的结论的不同。
其次，从现象到现象的推演方式往往失于事物间的简单比附与象征，并没有充分考虑事物之间是否具有同质性，从而导致有些结论牵强甚至荒诞，如《灵枢·邪客》关于天地与人体形象之间的对应联系，就出现了“地有高山，人有肩膝；地有深谷，人有腋腘；地有十二经水，人有十二经脉；地有泉脉，人有卫气；地有草蓂，人有毫毛；天有昼夜，人有卧起；天有列星，人有牙齿；地有小山，人有小节；地有山石，人有高骨；地有林木，人有募筋”之类大量牵强附会的内容。
3．某些“意象”作为本质规律定位难以取得共识
“意象”或共象是从事物的现象中综合、总结、抽提出来的事物的共有征象或属性，应是事物内在本质、规律的概括与总结，因此，经过意象思维推理得出的结论应是对未知事物科学性、客观性最强的认识。但这一结论成立的最关键环节是要求“意象”是科学而客观的。而《内经》中使用到的某些“意象”，如五行、干支、河图等，更多成分上是对自然规律的象征或模拟，对其科学性评价在学术界一直存在分歧。培根言“人的理性是贪婪的”，认为人固有一种概括欲，在尚未掌握充分的材料前就想提出终极因来解释一切。作为早期中国古代自然哲学的内容，我们必须承认，五行、干支、河图等概念尚难以代表事物最本质的内在规律，以此推演得出的结论是否为人体生理病理的科学性规律也存在某种程度的不确定性，如以三阴三阳模型推演的六经的概念与辨证，以五行的属性类比出的人体五脏的功能与病理特性，以五行生克总结出的五脏之间在病理上的相互影响与传变规律等。
同时，“象思维”思维方式的一个重要应用是以阴阳五行构建医学体系，但体系的建立是把双刃剑，一方面，大量片段的实践经验资料借此被整合为一个相对完善的理论体系。零散的医药知识升华为一个具清晰学术脉络的学科，使中医学传承与发展有了一个稳固的支撑结构。可以想象，如果没有阴阳五行思想的纳入，那些零散的医疗经验与知识，在漫长的历史进程中以及现代医学的强势冲击下，可能与世界其他古老的医学，如古埃及、巴比伦、希腊、印度医学的命运一样，走向了没落与消亡，我们甚至可以说，没有阴阳五行，也就没有中医学。
但同时，体系的建立也成为束缚中医学发展的桎梏，在五行的规范下，人体生命结构与功能被机械地、简单地划分为五个系统，并且拘于五行的生克关系解读脏腑之间复杂的生理病理联系，不仅使中医学对人体生命的认识失于粗简与模糊，使中医学失去了利用多种方法与思路进行深入的分析与研究的可能，并使中医学步入了一个难以突破与创新的困境中。正如罗素所说：“从事新发现其乐无穷，而体系乃是从事新发现的死敌。”吕乃基也说：“古希腊自然哲学在认识论上的一个特点就是综合，确切地说是原始的综合，根据有限的事实构建包罗万象的体系。要解释一切，大到天体运行，小到飞矢运动；从烟之上升，到石块落地。中国人则凭一套阴阳五行在万事万物前游刃有余。”《内经》理论体系建立之后，中医学在两千年的历史进程中一直缺少飞跃性的发展，与此有不可分割的关系。