《内经》中有关标本的内容散见于众多篇章中，如《素问·标本病传论》、《素问·至真要大论》、《素问·汤液醪醴论》、《素问·天元纪大论》、《灵枢·卫气》、《灵枢·病本》等篇均有涉及，内容包含经脉标本、六气阴阳标本、先病后病标本等。标和本是两个相对的概念，《淮南子·天文训》有“本标相应”之说，指出“标本互相对应”。就其本意而言，草木之枝叶末梢谓之“标”，草木之根谓之“本”。标本常用以概括说明事物的本质与现象、原因与结果、先与后、主与次等关系，范围包含广泛。
经脉标本
在经脉标本理论中，“标”形容经气弥散之所，经气流注之终末部位，故在头面、胸背等。“本”形容经气本源之处，经气始出生部位，故在四肢末端部位。清·张志聪《黄帝内经灵枢集注》中云：“盖以经脉所起之处为本，所出之处为标。”《内经》中完整介绍针灸标本理论的是《灵枢·卫气》篇，其中详细记述了手足三阴三阳经脉的标本，并讨论了体表肢节部位与各经标本的相应关系和穴位。“本”，是指经气集中的本源部位，手足三阴三阳经脉的本部都在四肢下部。“标”，是指经气弥漫扩散的部位，十二经的标部主要分布于头面胸背等上部。由此可看出，标本理论讲究本经脉首尾相应，但多强调部位的作用，不强调是哪一个穴，文中可见“之中”、“之间”、“之端”、“所”等记述，并没有直接谈到具体的腧穴。
经脉标本理论主要用以阐明四肢与头面躯干之间经气运行的升降关系，说明经气集中与扩散的关系，着重于经脉脉气的弥散影响，与根结理论同是《内经》成书时期的重要针灸理论。两者主要有三个不同点：标本理论出现早，根结理论出现晚；标本理论指一段经脉，根结理论具体到了穴位；标本理论包含经气布散的范围大，根结理论专指经脉之根井穴以及经脉之结头身部某器官。结合众多《内经》中关于标本理论的论述，可见当时标本理论也是医学通用理论之一，故《灵枢·卫气》篇云“能知六经标本者，可以无惑于天下”，充分强调了这一理论的重要性。
标本理论强调了人体头身与四肢的密切关系，对针灸临床的诊断和治疗具有重要的指导意义。十二经均有本部和标部，据《灵枢·卫气》篇载，十二经的本都在四肢部，标则在头面和躯干部，这种以四肢为本的理论，主要是突出了四肢穴位对于头身脏器疾患的远道主治作用。《素问·标本病传论》云：“凡刺之方，必别阴阳，前后相应，逆从得施，标本相移，故曰有其在标而求之于标，有其在本而求之于本，有其在本而求之于标，有其在标而求之于本，故治有取标而得者，有取本而得者，有逆取而得者，有从取而得者，故知逆知从，正行无间。”其中，“前后相应”指胸腹与背腰相互呼应，“标本相移”指上下相互影响，是在十二经的基础上对标本理论的进一步阐述，临床疾病须辨证详察。
标本理论临床配穴可变化多端，如在标治标，在本治本，可谓近取；如在本治标，在标治本，则是远治；更多的是远近结合，即标本同治。此外，《素问·五常政大论》云：“气反者，病在上，取之下；病在下，取之上；病在中，傍取之。”《灵枢·终始》云：“病在上者下取之，病在下者高取之，病在头者取之足，病在腰者取之腘。”多指头身脏腑病症取用四肢肘膝以下的腧穴治疗。五输穴、原穴等重要特定穴均分布于肘膝关节以下，为经气来源，信息量大，刺激性强，分布特征亦属于向心传递，故不仅有较强的治疗作用，还有取穴方便、用穴安全的特点。
六气阴阳标本
在运气学标本理论中，“标”为少阳、阳明、太阳、厥阴、少阴、太阴。“本”为六气风、热、火、湿、燥、寒；在本之下，标之上，与标互为表里之气的就是中气。《素问·天元纪大论》云：“寒暑燥湿风，天之阴阳也，三阴三阳上奉之”，说明六气是气候变化的本原，三阴三阳是六气的标象。《素问·六微旨大论》曰：“少阳之上，火气治之”；“阳明之上，燥气治之”；“太阳之上，寒气治之”；“厥阴之上，风气治之”；“少阴之上，热气治之”；“太阴之上，湿气治之”。
标本中气的从化及与疾病的相应关系是运气学说的一个重要内容，用以解释自然界六气的气候变化和人体疾病产生的相关性，说明证候产生的原因。人生存于气交之中，因天地之气上下相召，变化万千，形成了人与自然息息相关的密切联系。在一般情况下，人能适应天地四时阴阳的正常变化，故无病。若天地之气有变，故感邪而生病。标本之气，各有阴阳寒热的不同，以对立性原则为转化条件，因此其从化关系也各不相同。少阳、太阴从本，如少阳病口苦头痛、耳聋目眩等都是生于火之本气；太阴病腹胀泄泻都是生于湿气。少阴、太阳标本异气，故既可以从本化热，也可以从标化寒。如少阴、太阳伤害均有寒化证和热化证两类。阳明、厥阴从中气，阳明者，两阳合明，为阳之极，阳极则阴生，故燥从湿化，病不从标本而从中见太阴；厥阴者，两阴交尽，为阴之极，阴极则阳生，故木从火化，病不从标本而从中气少阳。
先病后病为标本
《素问·标本病传论》云：“病有标本，刺有逆从。”王冰注：“本，先病。标，后病。”张介宾曰：“病之先受者为本，病之后受者为标。生于本者，言受病之原根。生于标者，言目前之多变也。”即先发之病为本，后发之病为标；原发病为本，继发病为标；病因病机为本，病因病机所引发的症状为标等等。在治疗法则上，本篇云“病发而有余，本而标之，先治其本，后治其标；病发而不足，标而本之，先治标，后治其本”。表明病先发者先治，后发者后治，体现了治疗先治本的原则，也是临床的常规治疗法则。本篇亦提出“间者并行，甚者独行”，其意为病势不急而标本同等者，可标本同治；病势较急重者，标急则先治标，本急则先治本。后世急则治其标，缓则治其本，标本俱急则标本兼治，是对《内经》标本治则的引申和概括。
病为本，工为标
《素问·汤液醪醴论》所云：“病为本，工为标；标本不得，邪气不服。”包含两方面的意思：其一，就医患关系而言。病人为疾病的主体，所以患者为本；医生治病改善患者症状，所以医生为标。其二，就疾病与治疗手段而言。疾病本身为根本，所采取的治疗方法、治疗所需的药物为标。缓解紧张的医患关系应遵循病人为重，医生为轻的思想，这在《内经》中早有体现。此经文对当今社会医患关系的处理上具有现实指导意义。