古代的计时，主要是根据太阳之升落、天色的明晦，而将一日分为不同的时段。“时”，指时段，有的是指瞬间现象，有的则较长，且一年四季昼夜的长短不一，故时域不等。“辰”，指十二辰，将一日分为十二等分，各辰时域相等，四季昼夜无别。《内经》认为时辰与脏腑有着密切的关系，每一脏腑之气，都在一天中特定的时辰内，表现出相对的旺盛，从而影响人的生理和病理，也影响着对疾病的诊断和治疗。由于《内经》理论体系具有以五脏为中心的特点，所以有关时段与内脏的关系，也往往以五脏为代表。这里的五脏，实际是指五脏系统，它包括六腑、五体、诸窍等。因此，时辰与脏腑虽然有不同的配属，但以五脏为中心的特点，却是一致的，其配属主要有以下几种：
第一，五时段配属五脏。即将一昼夜分为五个时段，各配属一脏，其中有两种配属法。
首先，根据五脏所在部位及其功能特点，以上下腹背分别阴阳，并与昼夜阴阳时段相互联系而配属。如《素问·命匮真言论》云：“平旦至日中，天之阳，阳中之阳也。日中至黄昏，天之阳，阳中之阴也。合夜至鸡鸣，天之阴，阴中之阴也。鸡鸣至平旦，天之阴，阴中之阳也。”所谓“合夜”，即“始夜”，天黑之始也。这种时段划分，除黄昏到始夜外，其它都是相连贯的，即合夜→鸡鸣→平旦→黄昏。由此可见，黄昏至合夜亦当为一个时段。这样就把一昼夜分为五个时段，恰好与五脏相配。该篇接着说：“背为阳，阳中之阳，心也。背为阳，阳中之阴，肺也。腹为朋，阴中之阴，肾也。腹为阴，阴中之阳。肝也。腹为阴，阴中之至阴，脾也。”前四段分别与四脏相配甚明，鸡鸣至平旦配肝，平旦至日中配心，日中至黄昏配肺，合夜至鸡鸣配肾。脾为至阴，至者，到也，交也；从阳始交于阴，故称至阴。黄昏至合夜正属这样一个时段，故与脾相配。
其次，根据五脏的五行属性，分别与五个时段相配属。如《素问·脏气法时论》以五脏配五季。为肝主春，心主夏，脾主长夏，肺主秋，肾主冬。对五脏与昼夜时段相配的关系，是从五脏病在各自相配的时段其病情好转而表现出来的，如“肝病者，平旦慧”，“心病者，日中慧”，“脾病者，日映慧”，“肺病者，下晡慧”，“肾病者，夜半慧”。这样，它们的配属关系是：平旦（木)配肝，日中(火)配心，日昳(土)配脾，下哺(金)配肺，夜半(水)配肾。
此种配属法，是根据五行学说以五脏、五时、五行相关为标准，所以脾土在其所生肺金之前；而上述第一配属法，则主要是按照阴阳学说，以五脏上下腹背阴阳为标准，因此，上焦胸背之肺脏，在于腹中脾脏之前。余脏配属顺序相同。这一差异，除反映出阴阳学说与五行学说两者，虽然相互融合，但仍表露出结合并不十分紧密之外，更重要的是各自从不同的侧面，部分地反映出脾脏主时的特殊性。
第二，四时段配属五脏。即将一昼夜分为四个时段，分别配属肝、心、肺、肾四脏，而将脾脏分散于各时段。又因脾脏是分散于四时段全部还是各时段一部，而有两种说法。
一是脾脏分散于四时段全部，没有自己单独所配之时。《灵枢·顺气一日分为四时》篇云：“以一日分为四时，朝则为春，日中为夏，日入为秋．夜半为冬。”根据《素问·脏气法时论》及《内经》其它多处记载，不难看出，朝配属肝，日中配属心，日入配属肺，夜半配属肾。《素问·玉机真脏论》云：“脾为孤脏，中央土以灌四傍。”脾为后天之本，对其它四脏起滋养作用；春、夏、秋、冬四季亦皆赖土气之长养；四时脉象都当有胃气，说明人体一时一刻不可离开脾土，四脏亦须臾不可无土气。所以说脾脏没有单独所主之时，但四时段均有脾气。《灵枢·九宫八风》篇记载五行与九方八时相配时，土数五居中央，不主时令，而其它六方各主四十六日，两方各主四十五日，凡三百六十六日为一岁，也是认为脾不独主一时。一年如此，一日中分四时，亦如此。
二是脾脏分散于四时段之末，各寄配每段五分之一。如《素问·太阴阳明论》云：“脾不主时何也？歧伯曰：脾者，土也，治中央，常以四时长四脏，各十八日寄治，不得独主于时也。”人是一小天地，一昼夜亦是一年的缩影，在一昼夜中，说明脾脏分主四个时段末的各五分之一时间。因每季九十日，十八日则其五分之一，脾脏全年共占七十二日，与其余四脏所主之时的各七个二日，合为三百六十日整。此种四时段配属五脏的方法，与上述五时段配属五脏的基本区别，在于脾脏不独主一个时段而分散于其它四时段之中。虽然如此，但是两类配属法的根本道理则是一致的，都是以“土以灌四傍”为根据的，不论脾主一时还是脾不主时，其中心意思都在于说明脾土具有生化之源、气机转运之枢两重作用。
第三，十二辰配属五脏。上述四时段、五时段的划分，因其时域不等，不易掌握，而十二辰把一日分为十二等分，结合现代计时标准，每辰两个小时，运用计算均较方便。早在《内经》时期，即有一日分为十二时段的记载，在汉武帝太初元年以后，便用十二地支来纪一日的十二时段，称为十二辰。《内经》的十二时辰与脏腑配属是在脾“不得独主于时”、“寄旺于四季之末各十八日”的基础上逐渐形成的，即寅卯（朝）与肝胆木气相配，巳午（日中）与心小肠火气相配，申酉（日入）与肺大肠金气相配，亥子（夜半）与肾膀胱水气相配，辰、戌、丑、未四个时辰与脾胃土气相配。前四个时段，分别主两个时辰，后者主四个时辰，凡十二时辰，合为一昼夜。
这种十二辰与脏腑配属的关系，与上述《灵枢·顺气一日分为四时》篇时段划分法一致，而更加精细；同时又补充入脾不主时的认识，但脾旺的时间，不是《素问·太阴阳明论》指出的占一年或一昼夜的五分之一，而是三分之一。这一配属关系，为目前临床所常用。
《内经》认为“人与天地相参也，与日月相应也”。天体不停息地运动，对包括人类在内的生物界具有广泛而深刻的影响。这种影响，以具有明显节律性的太阳、月亮和地球的运动最为突出。动植物以及人类，在有节律运动变化的环境中发生和演化，也正是在适应这种环境争取生存的漫长过程中，形成了同步于太阳、月亮和地球运动的几种不同节律周期。《内经》认为人体主要生命活动在于肝、心、脾、肺、肾五脏功能活动系统，而由于“天人相应”的关系，这五个系统也必然是“开放”的。因此，对于一年中四季、一天中四时寒热温凉阴阳消长的变化，人体也有不同的功能系统与之相通应，并产生相应的变化。