中医基础理论的研究路径很多，但总得来说不外理论研究、临床总结、实验研究三种路径，其中每一种路径中都包含着多学科研究的思想与方法。
理论研究，一方面是以古代文献为基础，可以从发生演变规律、概念体系结构、思维方法体系、病证论治用药规律、中医理论的诠释与创新以及中医经典中科学问题的梳理等六个方面加以研究。这一研究路径存在着中医基础理论研究的可持续性以及理论、技术、实践的循环加速机制难以形成两个方面的问题。另一方面，理论研究也应包含以中医理论现代研究文献为基础梳理、总结、挖掘研究。这一研究路径存在的问题是中医理论现代研究以“点”为主，“面”上的整体研究较少，加之数据的失真，挖掘方法以及相关人才的缺乏，难以整合集成。
临床研究是中医基础理论形成的重要途径，古代中医理论形成如此，即使现代中风病“毒损脑络”理论的提出，也是以临床对中风病的治疗实践为基础的。但面对现代疾病谱以及人类健康需求的变化，中医临床环境的巨大变革，临床阵地缩小，中西结合治疗方法的普遍使用，加之部分中医临床资料的失真，使从临床实践经验总结提炼中医理论的途径也遇到了前所未有的障碍。
实验研究是当代理论研究的主要方法，也是理论发展的加速器。如果不借用实验方法，则中医学的发展只能步履维艰地爬行于经验积累之途中，不可能获得快速发展的机制，更不用说超越发展。但以整体论“象”思维为基础建构的中医理论，与以西方还原论为指导思想形成的实验研究之间，具有一定的不可通约性，如何消除二者之间的屏障而实现融通，至今还是尚待破解的难题，其中关键是如何准确地提炼中医理论中的科学问题，并进行科学的实验设计。