《三易洞玑》作者黄道周为明末闽海大儒，《三易洞玑》为其主要代表作之一。所谓“三易”，是指伏羲之《易》、文王之《易》和孔子之《易》；“洞玑”是说玑衡为古人测量天文的仪器。按照《易经》所载历数以测天文，可以洞悉天地乃至人事之玄机。全书共16卷，其中4~6卷为《文图经纬》，黄氏对中医基础理论的有关论述集中体现在这一部分论述里。
独特的见解
明末是理学从巅峰走向衰退的时期，儒家学人消化吸收佛道两家乃至西洋学术思想，独树一帜，颇有建树。在其当时，黄道周的学术，并不以医学著名，但是其有关传统生命科学的认识，特别是有关中医理论的见解，颇有亮点内容。
关于藏象
藏象学说是研究人体各个脏腑的生理功能、病理变化及其相互关系的学说，是在象数易学的指导下，概括总结而成的，是中医学理论体系中极其重要的组成部分。《内经》无疑是多个不同时代作者的医学论文汇编，所以对于藏象的认识，各篇也不尽相同。总括来说，大概有六节藏象、九宫八风藏象和五行藏象等不同内容，其中，取得后来学术主流地位的是五行藏象，其主要内容是肝木、心火、脾土、肺金、肾水的分配方法。《三易洞玑》对此提出了两种不同的藏象理论来弥补《内经》的不足。
一为“五德三极”模式。也就是说，肺配元气，为最重要的脏器；心肾配日月，为阴阳太极；胞与清肠合辰星、气海与溷肠合太白、脾胃合填星、肝胆配岁星、心包和三焦配荧惑。肺的地位和作用非常突出，黄道周认为肺有左右中三盖与其他各脏器相连贯，又能通达上中下三门（咽门、贲门、会门），所以肺主气，能够主导心肾水火和其他脏腑的功能。
二为“河图洛书藏象”模式。原文大意是阴藏系背，为洛书之象，肺九肾一、肝三脾七，胃五在中，交通冲脉和阴阳维脉，此为五脏。心为五脏之主，都统于膻中。阳腑系于腹，为河图之象，鬲、包络二七在上，胞、膀胱一六在下，小肠、阑门三八在左而交于前，大肠、气海以四九在右而交于后，此为四腑四房。胃以十治于中央，胆为四腑之主，都统于胞中。在此体系中，心、胃、胆三者作用特别突出。而《内经》以心为五脏六腑之大主，胃为中焦枢机，十一脏取决于胆等，似可佐证相通。
关于经络和子午流注
在该卷中，作者首先对人体腧穴、解剖部位与天文星象之间进行了一一对照。对于人体骨度、经脉阴阳属性、络脉和经别的象数特征进行了全面的整理，很多内容和传统中医学有很大不同。传统中医学十二经络分属三阴三阳，而黄氏又将其配属六十花甲和卦象，书中特别重视奇经八脉和星象度量和卦象度量之间的关系，足以见天人合一并非妄谈。这一部分的内容极其复杂详细，乃至于落实到具体的穴位和卦象的对应关系，为历代中医古籍所未载。宋代以来论针灸之学，必候四时八风之气，故有子午流注学说，而黄道周的经络流注之学，大大超越了子午流注学术内涵，将研究的对象和深度都进行了出人意料的扩展。
关于五运六气
传统中医学利用五运六气理论及其推论，对疾病进行预测、运筹和评估，产生了系统、复杂的各家学术流派，运气理论作为象数的根源，历来受到中医学研究的高度推崇。与运气理论标榜其学源自《太始天元册》，十干化运和十二支化气来自所谓的“五气经天图”不同，黄氏根据自己对于该图的岁差计算，认为运气理论的天文学依据是春秋时期，而不可能是黄帝时期的理论。他认为运气之学出自周礼，由天官所掌管，有严格的计算和考察方法，而且中医学所传的运气学说并不吻合实际。他根据自己的研究，阐发了鲜为人知的独特运气推步方法。《内经》的运气理论是主客之间相克的六步推算法，而黄氏所提倡的易序运气理论是五步相生的推法。一卦主12日，符合古历法十月历的节气长度，而72卦自然就是864日，这是一个主气间气的周期；五运周期是六气周期的五倍，也就是4320日，称之为岁运周期；如果再以干支乘倍，暗合太阳和北辰的周期。运气与人身相合，《内经》依据的是传统经络学的理论，以六气配合三阴三阳经脉，以五运配合五脏。其实这其中暗藏着细微的矛盾。黄道周十分犀利地指出这种理论的不足，提出了六气之中，不但火有二，其余五气也各自有二。火气不但有相火，还有游火，在五运六气里流动不居。黄道周的运气理论重视对岁、日的观察。
黄氏运气理论的推算方法和《内经》相比非常独特，不但天运的算法不同，年内周期和超年周期都是按照七十二卦来推演，而且人身的象数理论依据也不同。传统的运气理论以九星为中心，重视对七政的天文观察，着重考察日月的运行规律。黄道周的运气理论在这一点上根本抛弃了《内经》的思想，直接以日（太阳）、岁（木星）二者为阴阳枢纽，此论与现代天文学暗合。
意 义
除了上述内容以外，黄氏《三易洞玑》等书中论述的中医基础理论，还涉及三部九侯、脉诊、梦诊等内容，也有很多创新之处。这些有关中医理论的论述，不但在明末，乃至在当代也都有重要的启发意义。
一是在传统学术体系的基础上去认识和理解中医学。中医学在传统上被称为方技，其主要的科学方法就是象数。所谓学究天人，天人合一，是由于天文因素对地球生命系统的决定性影响，明确了首先需要建立天文学的术数系统。这是黄氏所处的时代，传统中医学学术范式所决定的研究思路。这一点，启发我们今天的中医学界对于传统学术的继承，应该自觉补课，特别是应该开展医易研究，在传统学术体系的基础上去认识和理解中医学。
二是中医学基础理论需要去伪存真。黄道周对于中医学的经典理论描述，具有独特的视角。根据自己对于天文学和象数的研究，作者认为《黄帝内经》等中医古籍有不当之处，不能盲从。这和大多数中医学者自宋以来的遵经学风大有不同。宋人校书，于医经功过兼有，并且是功大于过。至于后人尊经乃至死于句下，并非前人之过。中医学的基础理论的确需要去伪存真，坚持实践的理性，这启发我们中医基础理论的研究工作应该把医经放在一个既崇高，需要标榜，又理性，可以修订的合理的位置上。