吴茱萸，辛，苦，大热，归肝、肾、脾、胃四经，具有散寒止痛、温中止呕、助阳止泻的功效。临床常用寒滞经脉诸痛证，如寒疝腹痛、厥阴腹痛、冲任虚寒、瘀血阻滞之痛经及寒湿脚气肿痛。因其有温中散寒、降逆止呕作用，也常用于中焦虚寒之脘腹冷痛、呕吐泛酸或外寒内侵、胃失和降之呕吐。还用于脾肾阳虚、五更泄泻，取其温脾益肾、助阳止泻之效。
然本品辛热燥烈，易耗气动火，又有小毒，故临床常用量为3～6克，轻浅之证或可获效，而阴寒重症则杯水车薪，无济于事。笔者根据清代吴师机“外治之法即内治之法，外治之药即内治之药，所异者法耳”，用吴茱萸外治诸病，现简介如下：
寒疝腹痛：吴茱萸30克，小茴、丁香、肉桂、细辛各10克。共研细末，陈醋调膏，贴于脐及痛处，每日一次。
厥阴头痛：吴茱萸10克，川芎、白芷、细辛、独活各6克。共研细末，陈醋调膏，贴于脐、百会穴，每日一次。
虚寒痛经：吴茱萸10克，桂枝、当归、川芎、乳香、没药各6克。共研细末，白酒调膏贴脐、关元、气海穴。经前一周开始，经来停用。
胃寒呕吐：吴茱萸10克，生半夏、苏叶、旋覆花各6克。共研细末，以鲜生姜汁调膏贴脐、足三里（双）、涌泉（双），每日一次。
五更泻：吴茱萸15克，补骨脂、肉豆蔻、五味子、五倍子、乌梅各10克。共研细末，陈醋调膏，贴于脐、足三里（双）、脾俞（双）、肾俞（双），每日一次。
小儿咳嗽：吴茱萸6克，麻黄、杏仁、细辛、干姜、五味子各3克。共研细末，以鲜生姜汁调膏贴脐、肺俞（双）、涌泉（双），每日一次。
小儿哮喘：吴茱萸6克，明矾6克，沉香3克。共研细末，以鲜生姜汁调膏，贴脐及涌泉（双），每日一次。
小儿流涎：吴茱萸6克，生南星3克.共研细末，陈醋调膏，贴涌泉（双）。
小儿荨麻疹：吴茱萸6克，防风6克，蝉衣6克。共研细末，陈醋调膏，贴脐、曲池（双）、血海（双）。