《黄帝内经》云：“肾者，作强之官，伎巧出焉”，指出肾是作用强力的根源，与聪慧技巧有一定关系。《明堂五脏经》则认为“肾者，引也，为言引水谷和利精神”指出肾开窍于二阴，而二阴是水谷糟粕排出的通道，也与精神意识有一定的关系。一般认为，肾位于腰部，脊柱两旁，左右各一。主要生理功能为藏精，主生长、发育、生殖、纳气、主水。肾的生理功能还与骨、髓、毛发、耳及二阴有一定联系。由于足少阴肾经与足太阳膀胱经相互络属于肾与膀胱，故肾与膀胱相为表里。肾的生理特性是主封藏，为先天之本，生命之根。
肾藏精，主生长、发育和生殖
藏精，是肾的主要生理功能。肾藏精，是指肾对精气具有闭藏的作用。肾对于精气的闭藏，主要是为精气在体内能充分发挥其生理功能创造良好条件，不使精气流失而影响机体的生长、发育和生殖能力。
精气是构成人体的基本物质，也是人体生长发育及各种功能活动的物质基础。肾所藏的精包括“先天之精”和“后天之精”。先天之精禀受于父母，与生俱有，是生育繁殖、构成人体的原始物质。在胚胎发育过程中，它是构成胚胎的原始物质，为生命的基础，故称为“先天之精”。由于先天之精只藏于肾，故肾称为“先天之本”。在出生之后，先天之精不断地得到后天之精的充实，成为人体生育繁殖的基本物质，故又称为“生殖之精”。
后天之精来源于水谷精微，由脾胃运化而化生。人出生以后，水谷入胃，经过胃的腐熟，脾的运化而生成水谷之精气，并转输到五脏六腑而成“脏腑之精”。脏腑之精充盈，除供给本身生理活动所需以外，其剩余部分则贮藏于肾，以备不时之需，当五脏六腑需要精微物质给养时，肾又把所藏的精气供给五脏六腑。一方面不断贮藏，另一方面又不断供给，这就是肾藏五脏六腑之精的过程和作用。由此可见，后天之精是维持人体生命活动和促进机体生长发育的基本物质。在日常生活中，中医认为黑色的食物对于肾气有一定培补作用。
先天之精和后天之精虽然来源不同，但却同藏于肾，二者相互依存，相互为用，先天之精为后天之精的化生准备了物质基础，后天之精不断地补充滋养先天之精，只有这样，先天之精才能保证不衰并充分发挥其生理效应。同时后天之精也才能源源不断地化生。二者相辅相成，在肾中结合而成肾中所藏的精气。肾中精气的主要生理功能是促进机体的生长发育和生殖。
促进生殖繁衍
肾精是胚胎发育的原始物质，又能促进生殖机能的成熟，人出生以后，由于先天之精和后天之精的相互滋养，从幼年开始，肾的精气逐渐充盛，发育到一定阶段，便产生一种促进生殖机能成熟的物质——“天癸”。在“天癸”的作用下，男子就能产生精液，女子则月经按时来潮，性机能逐渐成熟，具备了生殖能力。以后，随着肾精由充盛逐渐趋向衰退，“天癸”的生成随之减少，甚至逐渐耗竭，生殖能力也随之而下降，以致丧失。这就充分说明肾精对生殖功能起着决定性的作用，如果肾精的功能失常，就会导致性功能异常，生殖功能下降。由此，对于生殖方面的问题，如尿频、阳痿不举多责之于肾，选用五子衍宗丸等中成药。
促进生长发育机体的生、长、壮、老、衰的生长发育规律，与肾精的盛衰密切相关。人从幼年开始，肾精逐渐充盛，则有齿更发长等生理现象，到了青壮年，肾精进一步充盈，乃至达到极点，机体也随之发展到壮盛期，则真牙生、体壮实、筋骨强健。到了老年，肾精衰退，形体逐渐衰老，全身筋骨运动不灵，齿摇发脱，表现出衰老之象。由此可见，肾精决定着机体的生长发育，为人体生长发育之根本。如果肾精亏少，影响到人体的生长发育，会出现发育障碍，如发育迟缓，筋骨瘦软等，成年者，则未老先衰。由此小儿发育迟缓，老人耳目失聪多会选用六味地黄丸系列的中成药治疗，由此有“有事没事，六味地黄”的说法。