一、《注解伤寒论》
《注解伤寒论》，汉·张机撰，金·成无已注。该书初刊于1144年，原刻本早失，约1172年曾保存到明末，其后亦失。现存主要版本有：元大德八年，永堂刊本、1509年熊氏种德堂刊本、1599年赵开美刊本、《四库全书》本、1870年常郡双白燕堂陆氏刊本、1880年扫叶山房刊本、《四部备要》本、《四部丛刊》本、1924年上海广雅书局石印本、1955年商务印书馆铅印本、1956年人民卫生出版社铅印本等。
《注解伤寒论》是《伤寒论》最早的全注本。共分10卷，22篇，篇次及各篇内容与“宋本”《伤寒论》基本相同，但有部分文字作了增删，如卷首增“运气图”，各卷末增“释音”1项；删去重出方剂，同名方剂只于一处保留，删去“宋本”中与正文重复的子目性条文以及卷八、九、十“可”与“不可”中的重出条文，删除正文中的25个加减方，重集于第10卷之末，等等。
二、《素问玄机原病式》
《素问玄机原病式》，刘完素撰，一卷，刊于1186年。现主要版本有《刘河间伤寒三书》本，1983年人民卫生出版社注释本等。该书十分重视运用五运六气，盛衰胜复等理论，分析阐发人体发病特点及其规律。
在病机认识上，作者又归纳出《内经》病机十九条，所列病证病性的特点，得出“火热病机”为多的结论，并创造性地提出治疗火热病应辛凉解表、泻热养阴等原则，一改以往用辛温法治疗外感热病的百年旧习。这一思想成为后世寒凉派的主要理论基础，并对明清时期温病学的形成、发展产生重要影响。
该书倡导《内经》“亢害承制”理论，五行学说生克制化理论进一步深化、发展，应用于疾病的病机研究及治疗之中，这为认识疾病变化本质与表象的关系，开拓了一条新路。
该书为刘完素的代表作，问世后，影响日益扩大，成为金元医学创新理论兴起的重要开端，从文书所论看，对火热病过分强调，虽为纠弊，但亦有偏颇，后人有所批评。
三、《儒门事亲》
《儒门事亲》，张从正撰，十五卷，成书于1228年，又有十四卷本(《古今医统正脉全书》辑本)。书中前三卷为张从正亲撰，其余各卷由张氏口述，经麻知几、常仲明记录、整理而为完书。现存主要版本有：明朝嘉靖辛丑三月木刻本，《古今医统正脉全书》本。
全书各卷由诸篇论文汇编而成，每卷含数篇论述，有说、辨、记、解、诫、笺、诠、式、断、论、疏、述、衍、诀等体裁。包括：“事亲”本书。治百病法，十形三疗，杂记九门，撮要图，百法心要，三法六门，“三消论”(刘完素)，扁鹊华佗察声色定生死诀要，世传神效方等几部分内容。
该书注重阐发邪实为病的理论，倡导攻下三法治疗诸病。书中以六邪归纳诸病之因，以三法治之，名之为“六门三法”，此即为该书创立的“攻邪论”的主要思想。
在具体应用汗吐下三法时，作者从治法范围，适应证、禁忌证等方面作了系统阐述，较前人认识有了较大的扩充。三法均有具体用法、注意事项、禁忌证，应用范围广泛，内容丰富，所用药物遵崇完素，偏于寒凉，颇有心得。
同时书中对应用补法有独到见解，认为邪去后才可言补，重在以五谷、五菜、五果、五畜、五菜充养之，并批评世风好补之偏。
后人对该书突出的攻邪论思想给予了充分肯定，但是，因为该书治病偏于攻邪，也受到一些医家如朱丹溪的批评。
四、《医家启源》
《医家启源》，张元素撰，三卷，撰年及刊行年均不详，现存最早版本——元刻本前，有题为张建（吉甫）所作序一篇，称该书系张元素为教其门人而著，1232年后洁古弟子李杲特请张建为该书写序。该书在元末以前未见其他文献提及，也无流传的记载，书中内容亦有后人整理痕迹，其是否为张元素亲撰有待进一步考证。现存主要版本有：元刻本，明正德五年（1510年）刻本，人民卫生出版社1978年点校本。
全书分上、中、下三卷，上卷分别介绍了天地六位脏象图，手足阴阳脏腑十一经脉证法，三才治法，三感、四因、五郁之病，六气主治要法，主治心法九门等内容；中卷列《内经》主治备要、六气方治、阐发五运六气主病理论，主要吸收刘完素的观点，并按六气方治分类法，载方62首；下卷为用药备旨，着重痫述药物气味厚薄、寒热阴阳、升降沉浮、引经报使等药物理论，及五行制方生克法等内容。
书中重视脏腑辨证施治的思想，对后人产生较大影响。
在药物理论上，创立和倡导药物归经，引经报使说。在药物、方剂理论上的发挥，使临证辨证用药选方理法具备，分类详晰，又更有针对性，成为系统、实用的药物学理论，为后世医家广泛采用。该书较集中地反映了张元素脏腑学说、药物理论及临床用方等学术思想。
五、《内外伤辨惑论》
《内外伤辨惑论》，李杲撰，三卷，1232年成书，1247年刊订。是李杲生前定稿并作自序的唯一一部著作。现主要版本有《东垣十书》本，《四库全书》本，1959年人民卫生出版社铅印本。
该书卷上为辨证，详论阴证、阳证、脉象、寒热、外感八风之邪，手心手背，口鼻，筋骨四肢，头痛，气少气盛，不恶食，不渴，劳役受病，辨证与中热等诸证候内伤与外感之别；卷中为饮食劳伤、四时用药加减、暑伤胃气等医论及补中益气汤、神圣复气汤等方论内容；卷下为用药所宜、所忌，以及酒客病，临病制方，随时用药等内容。
全书围绕饮食劳倦所伤而致脾胃病的诊察及治疗用药等理论作了较全面而系统的阐述。突出了脾胃盛衰在内伤病的发生、发展、变化中的重要地位，并由此在内伤诸疾的治疗中加以充分体现，如特制补中益气汤等方，重用黄芪，配以升麻诸品，以补土生金，升清降浊。
该书所反映的理论思想，受到历代医家的高度重视，成为反映李杲学术思想及其发展的最重要的著作之一。
六、《阴证略例》
《阴证略例》1卷，元·王好古撰。按作者书后题记，该书在不断增补的过程中，先后有三种抄本传世，其内容多寡不一。最后增补本定稿于1236年，现存最早刊本是元代杜思敬的《济生拔粹》本，但内容较少，1879年陆心源将最后增补本收入《十万卷楼丛书》中，由此得见该书全貌。现存《阴证略例》主要版本有：《济生拔粹》本、《十万卷楼丛书》本、《三三医书》本、《中国医学大全》本、《丛书集成》本、1956年商务印书馆铅印本、1985年江苏科学技术出版社铅印点校本。
《阴证略例》是研究伤寒阴证的专著。该书首列“歧伯阴阳脉例”；次述洁古老人及作者自己的“内伤三阴例”；继则引述伊尹、扁鹊、张仲景、朱肱、许叔微、韩祗和等伤寒大家关于伤寒三阴证的论述，其间多杂有王氏注文及所附方药；而后列作者“阴证例总论”20余条，书末附“海藏治验录”一篇，记载王氏医案8则。
七、《脾胃论》
《脾胃论》，李杲撰，三卷，1249年成书，为其晚年之作，也是集中反映他学术理论的代表著作，刊行于李氏身后。现存主要版本有：《东垣十书》本，《四库全书》本，人民卫生出版社1957年影印本等。
全书由医论38篇，方论63篇组成，分上、中、下三卷。上卷分别阐述了脾胃生理特性，病理变化，及在发病学上的认识意义，宗《内经》、《难经》之旨而发挥之，并附升阳益胃汤等诸方论述各证治疗之法；中卷就气运衰旺、饮食劳倦热中证等专题作进一步阐发，并译述补中益气汤、调中益气汤等补脾胃诸方的主治应用、加减配伍；下卷着重论述脾胃虚损与其他脏腑、九窍的关系，以治疗饮食伤脾等证诸方、有关治验。
全书遵崇《内经》“人以水谷为本”的宗旨，以“人以胃气为本’的思想为基础，着力阐发“内伤脾胃，百病由生”的病机理论，倡导培补脾土、潜降阴火的治则思想，形成较为系统的脾胃内伤病的辨证论治理论体系。书中用方虽多延用《内外伤辨惑论》，但又作了进一步的理论阐发，总以培土补中，甘温除热，甘寒泻火为原则。
八、《卫生宝鉴》
《卫生宝鉴》，罗天益撰，共二十四卷，补遗一卷，撰年不详，刊行于1281年。该书元刻本因战乱而散失，现所存最早版本见于元代杜思敬编纂的丛书《济生拔萃》，但内容不完整。1417年杨荣、韩公达曾校刊此书，后世流传不多。现存主要版本有：1846年李锡龄校刊的《惜阴轩丛书》本，商务印书馆1959年铅印本等。
全书共25篇，主要有“药误永鉴”：以病案形式，结合一个专题进行辨析，以警示后学及同行不要犯误治之错，“名方类集”：精选古今效方766首，以证系方，理法具备，论述临证各科疾病的诊治。为该书主要部分，“药类法象”：简述张元素、李杲的药物学理论，如性味、功效等；“医验记述”：载录作者长期从事临床的诊治经验，内容丰富；最后为“补遗”，选辑张仲景以下诸家有关外感、中暑等病证的验方，为元代以后他人所补充之内容。
该书理论上本于《素问》、《难经》以求其因，并充分吸收李杲的“脾胃学说”及张元素、张璧、钱乙等医家的认识，围绕临证脏腑杂病的辨证论治理论进行系统阐发，具有鲜明的“易水学派”特色。
在临证用药时，以很大篇幅介绍洁古、东垣的有关药物理论，并强调药证相对、名实相符、随证加减等灵活的辨证用药思想。
九、《此事难知》
《此事难知》，王好古撰，三卷，刊行于1308年。该书主要为编集其师李杲的医学论述，其中也反映了王好古的有关医学思想。现存主要版本有《济生拨萃》本，《古今医统正脉全书》本，江苏科技出版社1985年校注本等。
全书分上、下二卷、附录三部分，共载专题论述104篇。上巷主要论述脏腑、经络的生理、病理，六淫所犯，辨证要点，五经（缺厥阳经）证治有关问题，其中伤寒内容最多；下卷广泛涉及《内经》、《难经》，脉法、针灸等有关问题，常附图表以助述；“附录”主要为病证诊治法内容。
该书主要围绕伤寒五经证的有关问题如“太阳六传”、“入阴者可下”、“妇人经病”等作了详细阐发，某些见解有独到之处。如认为气病在表，误用血药，无伤，为安血而益阴；反之血病在里，误用气药如白虎汤等，则有害，因易致泻肺而损阴。既强调治病求本，又主张分别病情采用不同治法，如提出初治之道，当宽猛相济，末治之道，又宜宽缓，三法各有主证、应用法。
十、《无冤录》
《无冤录》系法医学专著。元代王与撰，初刊于至大元年(1308)，于1323～1346年间又经王与修订再版。该书分三部分，第一部分包括“今古验法不同”至“病死罪囚”共13项，是介绍王与自己检尸的经验；第二部分为元代的检验制度，其中许多检尸规定为《元典章》所未载，是研究法医学史的珍贵资料；第三部分题为卷下，包括“检覆总说”等，共43项，是根据儒吏考试程式(结案式)、洗冤、平冤二录汇编而成的。
现今完整的《无冤录》有：《枕碧楼从书》(1909年)本《无冤录》，《无冤录辑注》(1915年)，《敬乡楼丛书》(1929年)本《无冤录》等，后两本是朝鲜《新注无冤录》在我国的重刊。
十一、《饮膳正要》
元·忽思慧编撰，全书共3卷。成书于元文宗天历三年(1330)，并于同年刊行。元刻本已失，今存有明经厂刊本及几种近现代的彩印本。
本书是一部珍贵的蒙元宫庭饮食谱，也是现存最早的我国古代营养保健学专著，具有多方面的较高的学术价值与史料价值。其内容大略可分为如下三部分，一是养生避忌，妊娠，乳母食忌，饮酒避忌，四时所宜，五味偏走及食物利害，相反，中毒等合疗的基础理论；二是聚珍异馔，诸般汤煎的宫庭饮食谱153种与食疗方61种，以及所谓神仙服饵方法24则；三为食物本草，计米谷品、兽品、鱼品、果品、菜品、料物等共230余种，并附本草图谱168幅。全书另有21幅精美插图，为古代线描版画。
本书内容涉及现代营养卫生学的各主要方面，交织反映了当时国内各民族饮食医药文化的成就，尤其突出体现了蒙族人民别具一格的医药饮食文化。本书还充分反映了元代中外医药文化交流的史实，收载了一些前代本草未载的药物，并且是现存唯一的元代本草图谱。在元代本草著述少有流传至今的情况下，本书食疗本草部分的内容弥足珍贵。
十二、《外科精义》
元·齐德之撰，共2卷，撰年不详，刊于1335年，后于明代嘉靖年间(1522～1566)被收入《东垣十书》中，今有明初刊本、嘉靖本、《医统正脉》本、《四库全书》本、《中国医学大成》本等，1956年，人民卫生出版社出有影印本。
本书系博采《内经》、《难经》等古典医籍与扁鹊、张仲景、华佗等有关外科的名论，又结合本人的临证经验而汇集成编。卷上为外科医论，有疮肿诊候入式之法、疮肿诊治等论述35篇；卷下为诸家行之有效的汤、丸、散、膏、丹等方剂145首，并附有论炮制诸药及单方主治疮肿法。诊断方面台调四诊合参，尤其注重外现形色与脉诊，并将26种脉象结合疮疡临证特点作了详细论述，成为本书的一个特点。
十三、《永类钤方》
《永类钤方》，李仲南撰，二十二卷。1331年成书，初由李仲南集成，后经孙允贤补订，原名“锡类钤方”，后改名“水类钤方”，现存主要版本有北京大学出版社1983年根据元代至顺年间刻本影印本。
该书卷1为诊脉图诀，风、寒、暑、湿四中四伤钤田方论；卷2～7列伤寒、杂病证治内容；卷8为“南阳活人书伤寒集要方”；卷9～10为“和剂局杂病方集要”；卷11～14辑录宋元间诸医亲病治验方；卷15～17为妇科证治方论；卷18～19为产科证治方论；卷20为儿科学证治内存“全婴总要”；卷21为骨伤科证治方论。
书中以图散形式对比论述“伤寒”与“杂病”两大证候的脉、病、证、治等内容，并以三因之说加以阐发，纲目清晰、明了，骨伤科病证中，载录了多种骨折、脱臼、整复、夹板固定法，和若干医疗器械、方药等内容。其中首创的过伸法处理腰椎骨折，丰富了创伤骨科的诊断治疗经验。
十四、《世医得效方》
《世医得效方》，元·危亦林撰于至元三年(1337年)，经太医院审阅后，于1345年刊行。现存主要版本有：元至正五年(1345年)建宁路官医提领陈志刻本、明正德元年(1506年)书林魏家复刻本、《四库全书》本、1964年上海科学技术出版社铅印本。
本书共19卷(《四库全书》本末附《千金方养生书》1卷，共20卷)，内容按元代太医院所分13科编排：大方脉科，分总说10则，81种病证；小方脉科，分总说2则，66种病证；风科，分总说3则，7种病证；产科兼妇人杂症科，分总说6则，27种病证；眼科，分总说2则，8种病证；口齿兼咽喉科，分总说1则，5种病证；正骨兼金镞科，分总说13则，16种病证；疮肿科，分总说3则，11种病证；针灸科内容未单列，分散于各科中叙述。
本书虽对内、外、妇、儿、五官、骨伤等各科病证及其治疗方法、方药都有叙述，但其主要成就在于骨伤科方面，首次记载了脊椎骨折，并发明了悬吊式复位方法及外固定法，研制“草乌散”用作全身麻醉药，使药物麻醉法有了新的进步。
十五、《十四经发挥》
《十四经发挥》，元·滑寿撰于至正元年(1341年)。该书问世不久，原本即失，其内容由薛铠、薛已收入《薛氏医案》才得以保存下来。现存《十四经发挥》版本除《薛氏医案》本外，还有单行本，如：日享保十六年(1731年)刻本、日宝永六年(1709年)芳野屋权兵卫刊本、日宝历十二年(1726年)大阪阿内屋喜兵卫刻本、1986年上海科学技术出版社校注本，等等，但上述单行本都源于《薛氏医案》。
《十四经发挥》共分3卷，每卷1篇。卷上为“手足阴阳流注篇”，总论阴阳经脉气血流注次序；卷中为“十四经脉气所发篇”，论十四经循行路线、腧穴位置及手足十二经“是动”病的临床表现；卷下为“奇经八脉篇”，论奇经八脉的循行部位、生理功能和病理变化。书中把督任二脉提高到与十二正经同等的地位，是对经络学说的发展。把657穴全部分属于十四经脉，也是滑氏的一大发明，他所倡导的循经取穴方法，一直为后世针灸医生所遵从。
十六、《格致余论》
《格致余论》，元·朱震亨撰，现存主要版本有：元刊本、明正德间刊本、《东垣十垣》本、《古今医统正脉全书》本、日宽文五年(公元1665年)村上兵勘卫新刊本、《四库全书》本、《丛书集成》本、1956年人民卫生出版役影印本。
《格致余论》是朱氏医学论文集，全书1卷，共收医论42篇，涉及内容相当广泛，篇次排列没有规律，颇有随笔杂记之韵味，若不拘原书篇序而按所论内容分类，则大致有：论苏生者，有“饮食色欲箴”、“养老论”等；论生理病理者，有“受胎论”、“阳有余阴不足论”等，论诊断者，有“涩脉论”、“治病先观形色然后察脉问证论”等；论治则者，有“治病必求其本论”、“大病不守禁忌论”等；论具体病证者，有“痛风论”、“疟论”等；论具体方药者，有“脾约丸论”、“石膏论”等。另外，还有其他杂论数篇。
在人体生理方面，朱氏重视阴血，认为阴精难成而易亏，提出著名的“阳有余阴不足论”；在病因病机方面，朱氏重视湿热，相火，特撰“相火论”，指出正常相火虽为人身动气，但若因物欲妄动，则可成为贼邪；在治疗上，宋氏注重滋阴、养血、清热，互对滥用温补和盲目攻邪。
十七、《回回药方》
作者不祥，约系元时东来的华籍回回医生(或其从事医药活动的后裔)编撰，原书共36卷。编撰年代与刊行情况不详，今存残本4卷，计目录下1卷，58页；卷12众风门，63页，卷30杂证门，63页；卷34金疮门、折伤门、针灸门、汤火所伤门、棒疮门、治人齿所伤门，49页。明红格抄书，抄写年代约在明洪武至水乐年间(1368～1403)。现藏北京图书馆。
本书用汉文写成，但在外来药物译音后多附有阿拉伯文(待考)，从现存目录及残本内容看，本书包括内、外、妇、儿、骨伤及解毒救急等各科疾病证治与方剂，尚有修合药饵、药物等内容，书中的医学理论多本于阿拉伯医学，又引进了不少传统中药的特有药物与个别中医方剂，使用了一些中国医药术语，实质上是中外医药广泛交流的产物。