卫生部设有全国地方病防治办公室；各省、自治区、直辖市都建立了相应的管理机构。各省、自治区、直辖市还针对本地区情况设立了专业机构，组建专业队伍深入病（疫）区工作。
（一）地方病的监测是有计划、有系统、有规律地连续观察地方病消长趋势、影响因素和预防措施效果，为控制和最终消来灭地方病提供科学依据的一种方法。
（二）通过经常性监测，收集、分析、提供地方病动态信息资料，研究地方病的流行规律，作出预报预测及评价防治效果。
（一）化学元素性地方病
1．补充环境和机体缺乏的元素（1）在妇女妊娠前或妊娠初期补充足够的碘可预防地方性克汀病、亚临床克汀病、先天性甲状腺机能低下症及发育性疾病如不孕、早产、死产、新生儿死亡等。出生后各个发育时期补充足够的碘可以预防和治疗地方性甲状腺肿。（2）补硒可预防大骨节病、克山病。补硒（口服亚硒酸钠片、亚硒酸钠强化食盐、粮食喷硒等）后，可促使大骨节病发病率显着下降，患者骨骺端病变修复，也可使克山病发病率明显下降并可预防其恶性发作。
2.限制环境中过多的元素进入机体，如防止氟、碘的过度摄入。
（二）生物源性地方病
1.杀灭宿主使宿主长期大面积下降是消灭自然疫源地的根本控制措施。
2．杀灭媒介昆虫防制生物源性地方病的重要措施。化学药物（敌敌畏、敌百虫、除虫菊类药物）对蚤、螨、蜱均有效；此外，还应加强个人防护（涂沫驱避剂）及注意环境卫生。
3．消毒 又分（1）疫源地消毒：对有或曾经有污染源的场所进行消毒；（2）预防性消毒：对可能受病源体污染的场所、物品进行消毒；（3）随时消毒和终末消毒。
消毒是杀灭传播因素中病原体的重要手段，对预防鼠疫、布鲁氏菌病是不可少的措施。
4．预防接种通过生物制品接种，刺激机体产生特异性免疫力。鼠疫活菌疫苗接种后，其免疫力只有半年；布鲁氏菌活菌疫苗和森林脑炎灭活疫苗的免疫力能维持1年；Q热灭活疫苗的免疫力较为持久。