整个的《伤寒论》，曰表病、曰里病、曰经病。表曰荣卫、里曰脏腑、经曰少阳之经。脏乃脾脏肾脏肝脏，腑乃胃腑与膀胱腑。胃腑之病最多，膀胱腑之病最少。六气（图）三阳与三阴平列。
《伤寒论》整个病证，实是三阴脏与阳明胃腑平列。因少阳胆为经病，而无腑病。太阳膀胱腑病，有两证。膀胱腑热，必胃腑热。故膀胱腑病，可以附属于阳明胃腑病。《伤寒》一书，如内容六瓣之一橘。荣卫加橘皮，三阴脏、三阳腑如橘瓣。将此比喻整个认识之后，再由六瓣之中认为阳明胃腑病与三阴脏病相对，将太阳膀胱腑病用于阳明胃腑病，另将少阳经病划出三阳腑病之外。于是表则荣病热卫病寒，里则腑病热脏病寒。少阳之经病半热半寒的《伤寒论》的原则了然，全书证治皆有系统矣。
腑病阳热，大黄清热救阴为主药。脏病阴寒，以附子温寒救阳为主药。太阴之四逆汤，干姜炙草乃为太阴之主药，附子则太阴之母气药。厥阴乌梅丸，乌梅乃为厥阴之主药，附子则厥阴之母气药。少阴之附子汤，附子乃为少阴之主药。少阴之肾脏，主藏津液。干姜燥烈伤津，如少阴病未发现下利时，干姜慎用。下利乃太阴脾寒之故。肝肾病的药，皆不喜姜草壅留于中之故。母气者，水中之火为土气之根，火生土也。三阴脏病人死最速，因阴盛灭阳，阳亡甚速故也。自王叔和将《伤寒》原文次序编定错乱之后，世人对于《伤寒论》整个阳腑阴脏病热病寒的原理，得不着根本的认识。于是以讹传讹，遂相传为传经为热，直中为寒之种种谬说。直中云者，风寒直中人身阴脏而成病也。按四逆汤、附子汤、乌梅丸药性寻求，乃人身阴脏自己阴盛病寒，绝非风寒直中病寒也。至于传经二字，更非明白辩正，不能解决。自古传统之讹，已于《<伤寒论>原文读法篇》辩正之矣。阴脏病寒的所以然，《古方上篇》已说清楚。所宜注意者，不可误信“直中为寒”四字耳。中医难学的所以然，一在五行的大气无显明的说法，一在伤寒论的原文弄不清楚。再加上“传经为热，直中为寒”的谬说，大家相习不察。王叔和又于《伤寒论》卷首妄加序例以乱之。谓中医学自古主今尚未成立，亦无不可。
乌梅丸治虫之理，尤不可忽。虫乃木气，木气失和，然后生虫。不和者，水寒于下，土湿于中，而木气动也。故椒附细辛以温水寒，连柏以清心火热，干姜党参以补土虚，乌梅当归桂枝补木气而息风。木气复和，虫乃不动。凡病吐虫，吐后则腹之右部即觉空虚者，肝阳耗伤之象。虫即肝阳也。治虫乌梅丸和木气外，《金匮》则有甘草粉蜜汤，其证吐涎，心痛如咬，发作有时。故用铅粉杀虫。然必用甘草蜂蜜以保中气。然后虫去而人不伤。虫证有虚实之分。乌梅丸治虚证，粉蜜汤治实证。实者有宜去之虫也。后世见虫就杀，竟有将人杀死而不悟其失者矣。杀虫宜于秋冬之间，肝阳足也。春夏不可杀虫。
太阴之利，寒热皆有。寒症不渴，热症则渴。寒宜理中丸，一面温寒，一面除湿培土。热宜猪苓汤，一面除湿，一面养津清热。寒热皆兼腹满。寒之满，为土气不能运化。热之满，为木气之热凝于湿中。太阴病热，乃木气之热也。
阴寒证都不大渴，惟少阴寒证有渴者。以肾主津液，津液伤则渴也。然渴的程度，只小渴耳。较白虎加人参之渴，不及多矣。应用附子之证，不得因渴不用附子。服附子后反不渴，是其明验。厥阴病，舌卷囊缩，寒证热证都有。寒则收引内聚，热则煎灼伤阴，故皆有之。心窍于舌，手厥阴心包主之，故肝脏病则舌卷。囊属肝木，肝脏病则囊缩。厥阴之气，上热下寒故也。