屠呦呦在演讲中提到，在大湄公河地区，如柬埔寨、老挝、缅甸、泰国、越南，恶性疟原虫已经出现对于青蒿素的抗药性。在柬埔寨、泰国边境的许多地区，恶性疟原虫已经对绝大多数抗疟药产生抗药性。她在记者会上表示：“青蒿素一旦产生耐药性，就需要再花10年时间研究新药。我为这个药(青蒿素)的前景感到担心。我希望关心疟疾的各位能够共同努力，延缓这种可能性的出现。”
疟原虫对青蒿素敏感性存在个体差异
人类与寄生虫病的抗争，向来就是“道高一尺、魔高一丈”的拉锯战。无论何种药物，病原体在适应了一段时间后就会产生耐药性，疟原虫对青蒿素也同样如此。
2005年，在柬埔寨西部首次确定了疟疾对青蒿素出现抗药性。研究人员认为，抗药性不一定会导致青蒿素治疗的完全失败，但它确实减缓了青蒿素清除患者血液中的恶性疟原虫。目前研究人员已经在疟原虫的基因组中，确定了与抗药性相关的区域。
广州中医药大学特聘教授宋健平曾在东南亚抗疟多年，对于柬泰边境出现青蒿素抗药性的问题，宋健平表示，这个地区的疟原虫非常特殊，和别的地区不一样。
广州中医药大学和美国国内卫生研究院在2005~2009年合作，在柬埔寨的菩萨省对柬泰边境的恶性疟原虫基因多态性进行了研究，发现这里的恶性疟原虫和中国的恶性疟原虫基因多态性不同，甚至和柬埔寨中部、东部的疟原虫基因都不同。柬泰边境在柬埔寨的西北部，这里的恶性疟原虫对青蒿素的敏感性存在个体上的差异，比如原虫在人体内转移的时间，有更多的几率比较长。相关的研究成果于2010年已经在《自然》杂志上发表。
这种现象也引起了世卫组织和西方学术界的高度重视。2012年，发表在《自然》杂志的一篇研究文章提出，一种被称为K13的基因突变蛋白与疟原虫耐受青蒿素有紧密关联性。2013年在《新英格兰医学杂志》上发表的另一篇文章则提示，东南亚的疟疾耐药性普遍存在K13基因突变。研究人员并且确认，K13基因位点在疟原虫的第13个染色体上，其编码的K13蛋白形状与风车类似。2015年初，美国哥伦比亚大学的大卫·费多克等人和位于泰国曼谷的玛希隆大学-牛津大学热带医学联合研究所的邓多普等人在美国《科学》杂志在线发表的两篇文章，确认了K13基因是如何让疟原虫对青蒿素产生耐药的。
于是，有研究人员提出了解决问题的另一个方向：利用基因剪刀，如最新的CRISPR/Cas基因修饰系统（这一发现也被预测可能在未来获得诺贝尔奖）来剪掉疟原虫的耐药基因，从而去除疟原虫的耐药性，让青蒿素和其他抗疟疾药物发挥作用。
不规范用药或可导致抗药性
除了携带基因，广州中医药大学首席教授李国桥认为，不足量、不规范的服药，导致血液中青蒿素含量低度存在，不足以杀死疟原虫，却使它逐步“适应”了青蒿素，敏感性下降，耐受性升高，于是就产生耐药性。 “疟疾泛滥的地区往往都是经济落后的地区，人们连吃饱饭都难，更不用说买药，”李国桥说：“在缺乏慈善组织和政府免费发药的地方，一盒抗疟药物的价格可能会花掉他们一个月的收入。一家人只买一盒药，大人孩子分着吃的情况非常普遍，吃下去感觉好一些了，就不舍得再吃，结果过几天肯定复发。”
对此，华立集团旗下昆药集团国际医药发展有限公司医学总监黄青云持有相同观点。作为全球唯一掌握青蒿素全产业链的华立集团，其提供了全球70%的青蒿素药品。黄青云表示，青蒿素抗药性产生基于多种原因，包括较差的用药习惯，没有服用足够的量和时间；没有明确诊断，滥用青蒿素类药物；长期运用青蒿素类单方口服治疗以至于产生虫株耐药性筛选；使用含量不合格的伪劣药品，以至于治疗失败等。规范诊疗，减少疟疾的误诊漏诊，提高药品使用的准确率是防范关键。
黄青云解释说，由于青蒿素及其衍生物在人体内的消除半衰期很短，1000mg青蒿素在成年健康人中消除半衰期为3.4个小时，蒿甲醚注射液半衰期7~13小时，口服仅1.16~3小时，青蒿琥酯消除半衰期仅34分钟，所以原则上，绝大部分药物在体内停留不超过48小时，属于短半衰期的药物，由于与疟原虫接触时间很短，原理上不容易产生抗药性，经过上世纪80年代至2000年将近20年的临床治疗有效性也证实了这一点。“WHO现在全力推荐治疗疟疾使用口服青蒿素药品必须是复方制剂(ACT)，而不推荐使用单方。”
“这种抗药性的产生是可防可控的”，宋健平认为，延缓青蒿素抗性最关键的，是要尽快清除人体内的疟原虫，减少疟原虫与药物接触的次数，尤其是低血药浓度与疟原虫共处的时间。
屠呦呦此前在接受采访时也表示：“这个问题其实很难控制，对我来说只能呼吁大家不要滥用青蒿素，尽量规范用药。”
联合疗法抗疟效果最好
据了解，早在1985年至1992年，中国军事医学科学院微生物流行病研究所李国福、时云林、焦岫卿等人，就已经开展了关于青蒿素抗药性的体内研究，他们做了6种抗疟药（青蒿素、蒿甲醚、氯喹、本芴醇、萘酿喹和蒿甲醚-本芴醇复方）的抗药性原虫株在小白鼠的培育试验，经过20~30代培育（每代培育7天），都先后出现抗药性。其结果显示，短半衰期药青蒿素和蒿甲醚培育了200代，抗药性指数一直保持在10左右，即仅有轻度抗药性；但其他长半衰期药则显著不同，氯喹培育30代后，抗性指数就达到80，以后一直维持在100左右，其中抗性指数维持最高者为本芴醇，一直在400左右。显然，抗性指数高的药物，临床上就已经没有太多实际效果了，而青蒿素复方药物目前的治愈率都高达95%以上。
尽管面临着疟原虫对其产生耐药的可能，但由于现阶段还没有替代青蒿素的药物，世卫组织推荐在使用时尽量配合用药（以青蒿素为基础的联合疗法，ACTs），以尽可能减少耐药性的产生。
屠呦呦在12月7日的演讲中，呼吁全球抗疟工作者认真执行世卫组织遏制青蒿素抗药性的全球计划。“这项计划出台的目的是保护ACTs对于恶性疟疾的有效性。鉴于青蒿素的抗药性已在大湄公河流域得到证实，扩散的潜在威胁也正在考察之中。参与该计划的100多位专家们认为，在青蒿素抗药性传播到高感染地区之前，遏制或消除抗药性的机会其实十分有限。遏制青蒿素抗药性的任务迫在眉睫。为保护ACTs对于恶性疟疾的有效性，我诚挚希望全球抗疟工作者认真执行WHO遏制青蒿素抗药性的全球计划。”