明朝的衰亡始于万历时代。明神宗在位四十八年，是明代在位时间最长的皇帝。神宗28岁就为自己修建陵墓，可见神宗身体状况不佳，且神宗疏于朝政。而在宫廷之内，宦官专权也深刻影响了医药制度。明代的御药房是为皇帝健康服务的一个最直接部门。明初叫尚药局，后改为御药局，嘉靖十五年（公元1536年），在紫禁城的文华殿后面又建了圣济殿，作为御药房办公所在。圣济殿在李自成攻入紫禁城后被烧毁。万历三年(1575)又规定：凡各监局讨取药料必须用印信,并造圣济殿御药关防一颗，交由提督太监收管,以凭传取。御药房的主要职责是收贮药材,辨别其品种产地优劣,并进行炮制加工；负责御用药饵的制造、供奉。
然而，万历时代宦官制度不仅把持药品的制作加工供奉方面，甚至皇帝有疾时，他们还可以直接选派医生，为皇帝治疗，这些医生有的甚至不是有编制的太医院医生，而是地方上的民间医生。以山东巨野县姚默为例。根据《巨野县志·杂稽志》记载：
姚默，子缄堂。明代山东巨野县人。习儒不就，改习外科。万历末，各县征战马两匹，送部交纳。巨野县小吏畏惧不敢进京，默慨然代之。至京师，部吏索规费，默三月不能交纳，战马皆瘦，旅资尽竭，计无所出。忽忆同乡某在京行医，遂造门求助，适医者外出，乃候于其门。突有宦官率校尉数人至，误认默为医者，挟持入宫。盖神宗患目疾，肿痛，服清凉剂不效，故遣人觅良医。默既入大内，不敢辩白，遵外科法呈一方，肿痛立愈。神宗大悦，授八品御医。不久，升太医院院判。著有《家藏外科》一书，多可采者。今未见流传。
姚默本来是去拜访朋友，却被误认为是医者，挟持入宫，阴差阳错治好了万历皇帝的“目疾”。在这其中，虽然说皇帝是施令者，而宦官则在其中起到了主导作用，姚默是这一制度下的一个“幸运儿”。可见万历皇帝对于宦官的信任已经到了一种极致的地步。
另一方面，类似姚默这种被直接任命医官的现象在明代也绝非少数现象。明初袭元之制，实行“配户当差”的户役制度。太医院官多由医户充任。医户大多世代行医，社会地位较低。太医院官品级较低，俸禄也较少，洪武二十五年，定太医院使月俸米十六石，太医院判月俸米十石，太医院御医月俸米六石五斗，太医院吏目月俸米五石。至于太医院中的医士，待遇很低。
明代初期已经有太医院医士缺员现象。而万历后期，帝既不视朝，不御讲筵，不亲郊庙，不批答奏章，中外官员缺亦不补。二十四年七月，礼部尚书孙丕扬言：“数月以来，庭推搁矣，行取停矣，年例废矣。诸臣中或以功高优叙，或以资深量迁，或服阙而除补。”三十年十二月，大学士沈一贯奏御史巡差缺员。万历时代一些重要职位尚有缺员现象，那么俸禄本来就不丰厚的太医院出现缺员现象，以致帝“遣人觅良医”就不足为奇了。（河南 王志翔）