作为敦煌学的重要分支，敦煌医学至今已有近一个世纪的研究历史，从对原始文献的搜集、复制、编目和题跋，到对文献资料的辑校、考释，敦煌医学的文物价值和文献价值得到了足够的重视和充分的挖掘。
然而，重于文本的整理，轻于学术本体与学术价值的研究，使敦煌出土医学文献巨大的中医药学术价值只露冰山一角。添加敦煌医学学术本体与学术价值的研究“砝码”，是甘肃中医药大学的敦煌医学研究者们近年着力开展的工作。
特色鲜明却鲜有研发
敦煌医学文献反映的是唐五代时期敦煌地区医疗实践情况，是当时主流理论与实践具有敦煌地域性的呈现形式，它在古代中医所占的重要地位不言而喻。
甘肃中医药大学副教授田永衍介绍，宋代以前的医学典籍由于多为手抄本保存下来的不多，敦煌藏经洞出土的文献极大地丰富了六朝到隋唐时期的中医典籍，填补了传世遗书的空白。
甘肃中医药大学敦煌医学研究所副所长李应存以敦煌出土的《伤寒论》为例，“敦煌版本《伤寒论》是唐人抄写版本，没有经过北宋校正医书局的系统较正，表述比宋本更客观更切合实际，保留了文献的原始面貌。”
唐代的治疗方法丰富多样，仅外治法就有20种之多，包括外涂法、膏摩法、药物吹入鼻中法、舌上下给药法、药物点眼法、局部药熏法、药物塞耳法等，自宋代以后这些外治法的应用范围逐渐缩小，医方汤药成为后世中医临床主要的治疗方法。
纵然敦煌医学的开发转化有非常广阔的前景，但是目前专职从事敦煌医学研究的人员屈指可数，谈到原因，甘肃中医药大学校长李金田语气中流露出遗憾和无奈，“敦煌医学研究进展比较缓慢，年轻一代学者愿意真正静下心来做这项研究的人少了。”
“敦煌医学卷子完整地将古代颇具特色的中医外治法保留下来，对于今天的中医技能实践和临床疗效提高有很大的价值，应该系统研究和推广”，田永衍坦言，敦煌医学研究属于中医文献研究，相对于目前占据最大比重的中医实验研究，文献研究工作枯燥、冷寂，而对于研究者又有着很高的要求，他们必须具有扎实的中医理论、文献学基础和中国传统文化功底，同时研究地域性较强的敦煌医学，还需要了解敦煌当地独特的历史文化背景。
另外，文献研究申报课题又面临在自然科学类和人文社科类之间“两不靠”的尴尬局面，一些学者只能望而却步。
田永衍认为，如果今后能够设立专门针对文献研究的科研基金，将会激发更多的高层次文献科研课题。
挖掘学术价值加大研究
历史学价值和文献学价值充分挖掘之后，本该开始更深一层的学术价值研究和临床应用转化，但敦煌医学研究的发展曲线却进入了平台期。
李应存介绍，目前仅有一些敦煌遗书中的代表方剂在临床上有散在的应用，另有敦煌大宝胶囊、萎胃灵号系列秘方和敦煌消肿镇痛贴等院内制剂的小范围使用。
“我们逐渐开始注重对敦煌医方的挖掘和整理，并通过现代技术手段对其作用机理进行实验验证”，李金田介绍，甘肃中医药大学敦煌医学与转化教育部重点实验室先后开展了针灸、美容和养生方面的项目开发，并积极与企业开展合作，加速敦煌医学研究向产品方向转化，更早服务于社会。
宏观地看，敦煌医学的内容涵盖了中医药学、藏医学、西域医学和印度医学，尤其不同民族相互交流与影响中产生的壁画医学内容及佛教医学内容蔚为大观。
因此，推动敦煌医学的普及，并不仅仅局限在医疗范畴，“壁画、古方、医术，光是学者掌握是不够的，我们要把敦煌医学的内容用数字化的手段向公众展示出来，真实全面地反映敦煌中医药文化，让敦煌医学不在束之高阁，真正融入大众生活。”
甘肃中医药大学早在1997年就意识到敦煌医学的学科建设与人才培养密不可分，为启迪学生的科研思路，推广敦煌医学的临床应用，他们开设了《实用敦煌医学汇讲》这门新课程。然而，只有甘肃中医药大学的学生能够接触敦煌医学还不够，李金田说，“开设敦煌医学课程也是要对学生进行爱国主义教育，敦煌文物历史上曾经遭到外国列强的掠夺，中医学子应铭记这段耻辱史，注重文物保护和文化传承。
近日，北京中医药大学遴选特聘中医临床教授，李应存受邀参加评选，他希望，把敦煌医学中最实用、最能切合临床实际的东西传承下去，从临床角度为更多年轻人讲授敦煌医学知识，发挥临床优势。”