陈宝贵教授强调中医、西医都是人类文明长期实践的结果，都是人类智慧的结晶，都是人类本身可持续发展进步的宝贵财富。我们决不能排斥西医，并主张中西医并重；我们同时提倡中西医要认真地互相了解、配合。中西医完全可以并行不悖地发展，真正的中西医结合也可能是产生新的医学理念和医学体系的有效途径。从哲学理念上说，中医是从整体出发到局部，进而有效地认识局部，通过调理整体来医治局部。而西医往往是从局部出发而不问整体，通过医治局部来改善整体。因此，总的来说，中西医的理念各有各的优长。从整体上说，西医检测的定性和量化等可能比中医直观、先进。秉持“天地一体”“天人合一”“心物一源”的理念，从哲学理念上的返璞归真，在更高层次上从大自然中寻求人类健康与长寿之道之术，则有可能是整个人类文明与进步的前进方向。
陈宝贵教授在临证与教学中多次提出，哲学是一种思维，一种认识事物与客观规律的方法，任何学科只有在哲学的统摄下才能不断进步，中医学也不例外。余曾问师，如果他当初没学中医，那么最想从事的领域是什么？政治亦或科学，陈宝贵教授答曰：“哲学。”看来陈宝贵教授已经把哲学溶入生命，当作不可或缺的一部分了。