在战时，医药对于交战双方以及普通百姓来说都是非常重要的，因此，医生或药店的身份有时相对中立。但医药界人士也有一腔爱国心，在抗战期间，不少中医药人在敌后继续执业的同时暗中为抗战服务。
乐氏族人暗抗日
同仁堂乐氏家族，分支众多。抗战时同仁堂在北京继续营业，不时要应对日寇的骚扰。而此时，乐家的子弟中，有的暗中投身了地下抗日。其中达仁堂五股东之一、乐达仁的侄女乐倩文，加入了北平抗日杀奸团。这是一个爱国中学生组成的地下组织，经常开展刺杀汉奸活动。乐倩文经常参与活动。1940年7月7日，日伪《新民报》编辑主任吴菊痴被“北平抗日杀奸团”成员冯运修枪击身死。引起日伪军警全城大搜捕，乐倩文等数十人均被逮捕。好在乐家积极营救，花了一大笔钱财，请北京警察局局长向日本人说情，才将其救出。被捕者有16人分别被判处无期徒刑和10年、5年、3年、1年有期徒刑。而冯运修在抵抗搜捕时牺牲。
与年轻人惊心动魄的冒险不同，乐家另一支族人乐元可、李铮夫妇，则在暗中成为了中共地下组织的“金库主任”。乐家规定，同仁堂字号要由全族共管，乐氏分支允许另外开店，但不准用“同仁堂”的字号。乐元可这支开设永仁堂。他的表弟杨宁在抗战时去延安参加了枣园地下工作人员训练班，受派遣回到北平开展地下工作。在他影响下，乐元可夫妇参加了地下工作，他们家成为地下工作者开会和活动的基地，而且，“在抗日战争和解放战争期间，乐园可夫妇了解到解放区缺乏药品时，就通过从解放区来的交通员，送去了不少同仁堂的名贵药品……这些良药都是由乐园可亲手批发，而且多是免费的”（谢雪华《地下“金库主任”》）。后来在解放战争时期，乐元可夫妇成为中共地下党经费的保管者，李铮于是有了一个“金库主任”的称呼。
国药经理护组织
上海徐重道国药号，由著名中医师徐之萱创办，在上海滩以首创“代客煎药，送药上门”闻名。药号专门雇佣30多名工人，穿着徐重道国药号标志服，背袋携箱骑车飞驰收方、送药，将剪好的汤药装入专用保暖瓶送到病家手中，并随药奉送“滤药器”“过药糖”，深受病家欢迎。抗战爆发后，上海很多地方设立了难民救济所。徐重道国药号承揽了玉佛寺、金司徒庙、四明公所等十几个难民所、几千个难民的生病配药代煎等业务，虽有慈善救济性质，也是一笔很大的生意，名利双收，业务得到继续发展。
药厂在上海沦陷期间，虽然不得不接受日伪管理，但也暗中支持地下抗日团体。1938年中共上海地下组织领导面向各行业职工成立了一间“益友社”，创办了益友业余补习学校、益友图书馆、益友诊疗所，并开展歌咏、话剧等文娱活动，支持工人运动，暗中还采购军用物资等输送后方。1941年太平洋战争爆发后，日军占领了租界，益友社为了避免日军注意，需要更换组织形式。于是通过关系，联系到时任徐重道国药号总经理及国药业公会主席的胡士高，来担任益友社的名誉理事，后来担任理事会主席。“胡本人既属民族资产阶级，又是中医师，我们就请他担任益友诊疗所的实际医务工作，并进一步选他为理事会的主席，以应付日伪当局……各理事在席间纷纷表示坚持办社，决不退缩，胡士高的态度也比较明朗”（《益友社开展统战工作》）。于是，“益友社”由胡士高等社会知名人士向敌伪机关登记立案，“表面上接受敌伪机关的控制，实际上‘伪而不化’，仍然在共产党领导下开展隐蔽的抗日活动”（《上海工人运动史（下卷）》）。
邓铁涛联络“东纵”
抗日战争中，在广东活动的东江游击区（东纵）、珠江游击区（珠纵）和北江特委等系统，都在广州设立有地下联络点、交通站，为部队输送人员、文件，购买医药用品，搜集敌人军事、政治情报等。他们为了安全，都是单线联系。其中，东纵的一个广州联络站，就建在今日国医大师邓铁涛当时工作的药店里。
1938年，邓铁涛刚刚从广东中医药专门学校毕业，就遇到了战乱，只得随行医的父亲迁到香港。在香港，邓铁涛先在小学教书，不久又与几位同学一起创立了一所“南国新中医学院”，传授中医。在这期间，邓铁涛由于爱好文艺，参加了中华全国文艺界抗敌协会在香港组织的“文艺通讯社”的活动，这是党的外围组织，培养港九文艺青年，同时宣传抗日。他的一位朋友谭军在他影响下也加入了文通社。后来，谭军参加了东江纵队，成为文工团副团长。
1941年底，香港沦陷，邓铁涛一家生活陷入困顿。而这时广州的药业有所复兴，药材行记述：“迨民国三十年（1941年），香港告陷，日敌鱼肉侨商，极为惨酷，而广州伪府假行仁义延揽民心，而越、沪船艘亦有些来往，故港中行号多渐渐移设广州。所以当夫卅一、二年间，本行由十余间增到百余间，可谓一时之盛。”（旨冬《南北药材经纪业沿革略谈》）于是，为了生计，邓铁涛携家回到广州，在太平南路药材店坐堂应诊。
此时，谭军在香港做地下工作，组织说部队很需要革命理论书籍，希望他帮收集。谭军颇觉难办，突然，“我忽然想起以前读书会的老伙伴邓铁涛，他是个中医生，又是我的启蒙老师，他几大书柜的革命理论书籍还完整地保存着，隐藏在一家工厂的仓库里。但他人在广州，我便用‘暗语’写信到广州向他索取，他欣然答允，立即寄来介绍信让我去取书”（谭军《在香港隐蔽的日子里》），就这样谭军完成了任务。
不久谭军回到部队，后来奉东江纵队司令部之命，到广州找邓铁涛，请他做秘密交通站的工作。邓铁涛毅然答应。此后，经常有地下工作者以看病为名，到他坐堂的地方接头。他还不时陪东江纵队来的一位乔装打扮的女同志上街购买游击队需用的物资，存在自己家里，等游击队派人来取。在邓铁涛的启发下，又有一个十三行药材店的少东家冯杲也参加了地下交通站的工作，后来冯杲还到东江纵队担任外文翻译。对于这一段经历，东纵地下交通站的负责人彭会回忆说，邓铁涛和冯杲所在的两处药材店，“因为看病和抓药更便于接头”“起过很多的作用”（彭会《东江纵队驻广州地下交通站的回忆》）。