根据少阳经的生理功能和病理特点，少阳病大致可分为气郁证、水郁证和气水同郁证。由于气郁的程度和时间的不同，气郁证还可分为气郁证、气滞证和气结证。
少阳气郁证
少阳气郁轻者如小柴胡汤证，其成因是人体气血虚弱，正气不能卫外，外邪乘虚侵入，与正气相搏，结于胁下而成。病机为少阳枢机不利，气机郁而不畅。邪入少阳，枢机不利，故表现为往来寒热、胸胁苦满、嘿嘿不欲饮食、心烦喜呕。
往来寒热是少阳病典型的寒热症状，具体表现为发热与恶寒间歇出现，一往一来，交替发作，一日数次，无一定时间规律，是气郁不畅，营卫不调，正邪分争所致。胸胁为少阳经脉循行部位，邪陷少阳，枢机不利，气机郁滞，经络不畅故胸胁苦满。木郁不舒，乘脾犯胃，使脾胃气机不畅，胃气上逆，故嘿嘿不欲饮食；“嘿嘿”指气逆而言，是指体内气机逆乱而非神情默默。气机郁而不畅，胆火内扰，胆胃气逆，故心烦喜呕。从其症状机理分析，小柴胡汤证的病机以枢机郁而不利为主，各种症状均是在气机失常的病理基础上产生的。
“胸中烦而不呕，或渴，或腹中痛，或胁下痞硬，或心下悸，小便不利，或不渴，身有微热，或咳”等或然证的产生显示少阳气机在病理变化中的重要性，说明足少阳胆与手少阳三焦经络相连，生理相辅，病理相通，小柴胡汤证重在气郁，然也有水郁，足少阳胆经气郁不畅的同时，手少阳三焦水道也因气机的不畅而郁，水道不畅，水停为患，既可凌心犯肺，又致气化失常，故“咳、呕、小便不利”等在所难免。
少阳气滞证
少阳气郁重而成气滞者如大柴胡汤证，太阳表邪传入少阳，表证已罢，此时治疗应当以和解少阳为主，但医者反复使用攻下之法，不仅气机不能通畅，反而由于正气的损伤，邪气郁阻更重，在原有气郁的基础上，由少阳气郁证发展成为少阳气滞证。
主症为呕不止、心下急、郁郁微烦，甚至心中痞鞕、呕吐下利。邪犯少阳，枢机不利，气机郁滞，里气不通，故表现为心下急甚至心下痞鞕。少阳气滞，腑气不通，胆气横逆犯胃，故呕不止，甚至呕吐下利。木郁不舒，升降反作，呕利不止，故郁郁微烦。
以上诸症为少阳气郁证加重的表现。由“胸胁苦满”到“心下痞硬”，是少阳经气郁阻更重，乃至不通所致；由“心烦”到“心下急”，是少阳邪郁更盛，心神被扰加重所致；由“喜呕”到“呕不止”，是气机由郁到滞，胃气频繁上逆而成。
由于气机的阻滞，导致升降的失常，出现升降反作的病理机转，因而除了气机上逆而呕吐外，尚有下利。
少阳气结证
少阳气机结而成柴胡加芒硝汤证，少阳气机郁滞没有得到缓解，胸胁满、呕等症仍在，并新加了日晡所发潮热的症状，从治疗用药来看，是由于病久不解，气机由郁而滞、由滞而结，但因病时已久，病势渐缓，虽邪势已衰，但却结而不散，故在用小柴胡汤解郁的基础上，又加入芒硝软坚散结。条文中已经指出“日晡所发潮热”，此本柴胡证，实也，是指气机滞塞，有人将其解释为少阳兼阳明是不正确的。
小柴胡汤证、大柴胡汤证、柴胡加芒硝汤证三证，均是少阳枢机不利所引起的，本质并无二致，其区别在于气郁程度的轻重和气郁时间的久暂：小柴胡汤证是邪气初入少阳，气郁不舒；大柴胡汤证是邪气深踞少阳，气滞不通；柴胡加芒硝汤证则是邪结少阳日久，气结不降。
治疗用药，亦有轻重的不同。小柴胡汤以柴胡、半夏、黄芩、生姜辛开苦降，温凉配伍，以达到调畅气机的目的，而用人参、炙甘草、大枣以补中气，斡旋气机，匡扶正气，从而使全方达到燮理阴阳，扶正祛邪，调节升降的作用。
大柴胡汤以柴胡、半夏、枳实、黄芩、生姜调畅气机，可见其加重沉降作用，以适应少阳气滞而引起的气机上逆和升降反作的病理变化，用大枣以养胃和胃，去人参不是因为少阳气滞证正气不虚，而是因其邪气过实，气机阻滞较重。关键在于，大柴胡汤不似小柴胡汤以人参、炙甘草、大枣养中焦，健运气机，而是以芍药养肝之体、助肝之用，意欲借助肝的疏泄条达，以打通少阳气滞，从其用药上，可以看出两者的轻重缓急。
柴胡加芒硝汤则是在小柴胡汤的基础上加芒硝，一则散结除胀，推陈致新；二则通畅肠胃，理顺气通，利于枢转；三则除邪气，退潮热。
少阳水郁证
少阳水郁证，即柴胡桂枝干姜汤证，伤寒五六日，已用汗法解表，又用下法攻里，病当解而不解，是汗下不当。邪气侵袭少阳，正邪相争，互有胜负，因见往来寒热；邪郁少阳，致使少阳经气不畅，故见胸胁满而有结滞之感；三焦气化不行，水道不利，津液不生，故见小便不利，渴而不呕；水道不畅，阳郁不能宣达全身，反蒸腾于上部，故见但头汗出而身无汗；少阳水郁，枢机不利，上焦郁热，故见心烦。是邪入少阳，损伤三焦气化功能，为少阳水郁证。
治疗以桂枝入膀胱，化气行水，且以牡蛎软坚散结，更助利水以通下焦；干姜入肺强治节，散水气，并以花粉生津润肺助上焦，上行下利，温阳化气，用以调理三焦水道。炙甘草入脾健运强中焦。如此，三焦同调，标本同治，气水同利，则三焦通利，气机调畅，少阳水郁便可迎刃而解。
少阳气郁证呕而不渴，小便不利，是病在气，为气郁而不畅，然气郁未尝不波及水道，兼有水道不利，故小柴胡汤证间或有小便不利之症；而少阳水郁证渴而不呕，小便不利，是病在水，为水郁不化，然水道郁滞未尝不波及气机，故柴胡桂枝干姜汤证亦有胸胁满微结，此两者异同。
少阳气水同郁证
少阳气水同郁证，即柴胡加龙骨牡蛎汤证，由于本少阳病误用下法，越发损伤正气，邪气深陷，阻滞少阳气机和三焦水道，导致少阳水道、气机同郁的病变。
少阳水道、气机同郁证的症状表现为胸满烦惊、小便不利、谵语、一身尽重、不可转侧。邪结少阳，经气不利故胸满；少阳相火上炎，心神被扰则谵语；少阳火旺，木邪亢进，母盗子气，心神不守，则烦躁不宁，惊惕不安；邪热阻滞三焦，水道不利，决渎不行，故小便不利；邪气弥漫三焦，内外气机运行受阻，气血不得宣达，故一身尽重，不可转侧。总由少阳邪气弥漫三焦内外，而气机、水道皆为之不通所致。虽然病象涉及脏腑经络范围较广，但终以少阳胆与三焦为病变为重点。
柴胡加龙骨牡蛎汤是小柴胡汤原方去炙甘草，用以疏通少阳胆经气机，柴胡桂枝干姜汤原方去花粉、炙甘草，用以调畅少阳三焦水道，另加龙骨、大黄、铅丹以泻热镇惊。
少阳气水同郁证与少阳气郁证、少阳水郁证既有联系，又有区别。少阳气郁证伴有水郁，是气郁不畅影响了水道的通调；少阳水郁证伴有气郁，是水道郁阻影响了气机的通畅；而少阳气水同郁证则是气机与水道共同发生病变，郁滞较深，症状较重，涉及与少阳相关的经脉和脏腑，是少阳气郁和少阳水郁误治后病变加重的证候。