中国古代虽然也有某些收容贫病的病坊、广慧坊、安济坊等，但真正意义上的医院，是在第二次鸦片战争以后随着西医东渐才开始建立起来的。1900年设立的山东官立中西医院、1906年开设的内城官医院及1908年创办的外城官医院，都分设中医、西医两部，还不能算作真正的公立中医院。中央国医馆于上世纪三四十年代筹设、建立的首都国医院，才是中国近代第一所公立中医院。
筹设首都国医院
1930年5月7日，焦易堂联合谭延闿朱培德、邵元冲、陈立夫等著名人士向国民党中央执行委员会第226次政治会议提出了设立“中央国医馆”的提案，其中有“国医馆得附设国医医院”的宏伟蓝图与远大规划。获得批准并经多方努力与筹备，中央国医馆最终于1931年3月l7日在南京正式成立。自此以后，馆长焦易堂就将建立国医医院作为自己的一项重要工作任务与目标。
“鉴于中医之自矜心得，各分派系，为集中研究，增进效能起见”，焦易堂与国民政府中一批热心中医的要员于右任、陈立夫等人，在1935年12月发起了创设首都国医院的提议。认为首都国医院的建立，“不仅改良医术，树立民族健康基础，即对于农村经济之辅助，固有文化之宣扬，亦有莫大关系”（《焦馆长筹备首都国医院第一期收款报告书》）。经过积极斡旋与友好协商，组织成立了由国民党要员、社会名流和医学专家等组成的董事会，如于右任、陈立夫、焦易堂等。
1935年12月4日，“假最高法院，宴请中央各要人。到冯玉祥、李煜瀛等百余人”。焦易堂“希望各位予以精神或物质之帮助”，“陈立夫、李煜瀛等先后演说，均认为国医院之设立，可以改善治疗，便利社会，实含有重大之意义”。嗣后，“何键首先倡导，认捐创办费一万元。同时柏文蔚、何成濬等十余人，均各认捐巨款，合计已达五六万元”（《中央各要人发起筹设首都国医院》）。
随后，建设首都国医院的各项准备事宜就在中央国医馆的运筹帷幄下，紧锣密鼓地进行着。1936年3月7日，“首都国医院已觅定大光路基地多亩，刻在接洽购买中”（《卫生月刊》）。3月15日，“首都国医院地基已勘定”（《中央日报》）。5月3日，“首都国医院建筑基地征收竣事，刻已分函各方，促请将捐款提早寄京，以利建筑进行”（《卫生月刊》）。最终签订的合约是：大光路建设地基的面积为50亩。
为争取国民政府的支持与援助，由孙科、冯焕章领衔，92位中央委员联名向1936年7月10日～14日召开的国民党第五届中央执行委员会第二次全体会议提出了“请中央补助首都国医院建筑筹备等费十五万元”的议案，“经决议，送常会酌予补助”（《补助首都国医院建筑筹备经费案》）。最终的结果是：国民政府给予首都国医馆开办经费10万元。
为取得全国中医药界的声援，1937年1月19日，焦易堂与张锡君等人到当时中医药翘楚云集的上海亲自募捐。1937年2月2日的《中央日报》对此报道说：“分访海上医药界巨子暨各名流，并于新亚酒店招宴各界，发表劝募国医院经费意见，各界均表赞成。兹悉沪上医药两界，已由杜月笙、方椒伯等负责进行。
为尽早建成首都国医院，中央国医馆专门成立了建筑委员会，陈郁、彭养光、林平一等为委员，由陈郁负责召集（《首都国医院建筑委员会》）。
为尽快筹足首都国医院预定30万元的建设基金，焦易堂基于“这是社会事业，不能全靠政府，还要我们同胞自己努力”的信念，发出了“为创办首都国医院募捐告全国同胞书”，呼吁社会各界慷慨解囊，希望广大医士和药商“最低限度能够捐给一日所得，共成此建立国医院的创举”。至1937年5月25日，第一期共筹得法币77289.36元（《焦馆长筹备首都国医院第一期收款报告书》）；至1937年7月1日，第二期共筹得法币37470，84元（《焦馆长筹备首都国医院第二期收款报告》）。
为广揽英才、储备人才，特别是基于提高未来首都国医院工作人员的理论素养与操作技术起见，国医馆还举办了学习期限为6个月的国医特别训练班与国医特别研究班，“俟首都国医院成立时，依毕业名次择优派充院医”（《首都国医院之筹备》）。1936年7月，国医特别训练班在南京毕业；同年11月，第一期国医特别研究班也学成毕业。
就在地基、资金、人员等各项筹设事宜基本完成之时，抗日战争的烽火已经逼近南京城下，首都国医院的建设遂不得不停止下来。
创办陪都中医院
南京沦陷，中央国医馆随国民政府迁至陪都重庆后，又于1940年制订了创办中医院的计划方案及经费预算，历时2年以后才终于获得卫生署与行政院的批复同意。
1943年，国民政府卫生署拨款1000万元法币，筹办陪都中医院，在七星岗租民房一楼一底共30平方米；1944年5月，卫生署又拨款在长安寺租二楼一底民房一幢，正式成立卫生署陪都中医院。1945年，迁到肖家凉亭（《重庆市志》）。
在行政架构及职能方面，陪都中医院隶属于卫生署，“掌理疾病之治疗及中医中药之实验研究等事宜”，设有内科、外科、小儿科、妇科、检验室、护士室、事务室、会计室，“置院长一人，综理院务并指挥监督所属职员；副院长一人，助理院长处理事务”，卫生署中医委员会主任陈郁任院长（王福民曾任代院长），名医胡光慈任副院长。“各科室置主任一人、主任中医师一人、中医师四人至六人、护士长一人、事务员二人至八人，会计佐理员一人，检验员二人至四人，护士八人至十六人”。
在人员聘任及经费来源方面，院长、副院长“均由卫生署聘任”，其他人员“均由院长派充，呈报卫生署备案”（《陪都中医院组织规程》）。所有工作人员的工资，由政府拨款发放。为此，卫生署还专门制定了《陪都中医院聘派人员薪俸表》：院长，相当简任八级至三级（每月430～600元）；副院长，相当荐任六级至简任七级（每月280～490元）；科主任医师、室主任，相当荐任十级至一级（每月220～400元）；护士长、医师，相当委任三级至荐任七级（每月160～280元）；助理医师，相当委任六级至一级（每月120～200元）；护士、检验员、事务员，相当委任十一级至二级（每月80～180元）。
在疾病诊断与诊疗方面，陪都中医院“采用科学之诊断、检验，然后用中医治疗，信照日本和汉医学之先例，以促中医之进展”（《中医师公会会员大会盛况》）。医务人员以中医为主，名医张简斋、邱啸天、胡书城、张锡君等十余人均被该院聘任，因诊费低廉，求诊者众多，“全市病家，咸感便利”（《中华医药学史》）。
但限于各方面条件的制约与影响，陪都中医院只开设门诊，每日接诊约100～200人次，且一直持续经营到重庆解放。1950年9月18日，西南军政委员会卫生部将接管的陪都中医院和劳福医院合并，成立工人医院。1951年10月，工人医院又与仁爱堂医院合并，改名新渝医院。1953年4月，移归重度市卫生局领导，改称第七人民医院。1955年3月，改名为重庆市第一中医院。
建成首都国医院
具有了举办陪都中医院的成功经验，抗战胜利后，国医馆于1946年迁回南京长生祠原址，焦易堂决心在有生之年一定建成首都国医院。
首先，联络商定了发起人：李宗仁、于右任、邹鲁等。
其次，推举成立了筹备委员会：陈果夫、焦易堂、张简斋为委员，陈果夫为主任委员。
再次，谈判签约了新的院址：“首都国医院原有院址，大光路。嗣以地点不适用，乃将该地基出售，另择地址。”（《首都国医院正在购址建筑》）南京毗卢寺主持峻岭，以中医济世活人之旨，与佛教慈悲之旨相契，愿将寺西土地，借与首都国医院为院址，因寺庙为公产，不得转让，故立借约，定期15年，自1948年3月至1962年3月，期限如需用，仍可续借（江定《追忆焦易堂先生》）。
最后，建造完成了首都国医院。与毗卢寺订约后，由发起人殷冠三以最低估价、最佳材料负责建筑，并许诺经费不足之数，由其负责支付。1948年年底，首都国医院落成。中央国医馆于1949年2月“二十八日午后一时，在本京杨将军巷四十八号首都女子中学举行发起人会，讨论进行事项并推正副院长”（《首都国医院建筑完成开办有期已会商进行事项》）。但这时南京解放的炮声已经悄然响起，未能举行开业仪式。