从简单阴阳卦画的发明，到八八六十四卦的成形，卦、爻、系辞的详论，再到《内经》的五运阴阳学说，中国的哲（哲学）理（理则学，即今之逻辑学）体系经历了由简单到繁复，由朦胧到详尽细微，包罗万象的演变。可以说如果没有周易的卦爻系辞，我们无法溯源《内经》，同样，没有《内经》的五运阴阳学说，也无法完美考察《周易》。
我们知道，凡事都存在相互依存的两个方面，如天地、日月、昼夜、刚柔、上下……于是，古人画直横（阳爻）表阳、表事物的正面，断横（阴爻）表阴、表事物的反面。
而很直观的，我们存在的宇宙大致可分为天、地、人三个基本单元，三元两分，各画阴阳，就形成六爻。六爻反复组合，成八八六十四卦象，进而从384爻诠释世界，并取得极大的成功。
《内经》综合了《易经》的阴阳五行学说，创立了更为严谨完备的五运阴阳学说，认为宇宙肇生于无，无中肇生基元。这基元肇生伊始就蕴含五行之性和恒动之机（名为五运五行，释家称为五蕴）；敷布出厥阴风木、少阴君火、少阳相火、太阴湿土、阳明燥金、太阳寒水，即三阴三阳六元真灵之气（乾元），总持、统摄、控制坤元万有之生化始末，维系宇宙春秋循环。经过几千年的研究和实践表明，这也许是目前和今后一个时期存世的科学之科学。
《易经》的六爻是三阴三阳，《内经》的五运阴阳更是三阴三阳。从《素问·阴阳应象大论》到《素问·五运行大论》等九篇大论，无时不在论说阴阳五行的密不可分，综合为用。以天之六元联系、认知、阐释人体经脏五体、气血津液的生理病理，药物的性味归经，针砭的性用，认知、诊疗、康复疾病，这是《内经》到《伤寒论》古典中医医道、医术的特点。
奈何今人依然割裂五运阴阳学说，舍《内经》、《易经》而尊《洪范》。五运阴阳学说被肢解离断为气化学说、阴阳学说、五行学说、运气学说。这固然有西方哲学的影响，但我们绝不能忽略某些医家似是而非的误导。
现代“二元论”绝不是认识的终极，五行阴阳绝不是朴素落后的元素说。三阴三阳六元论（即五运阴阳学说）才是我们亟待弄明、吃透的，极富辩证唯物主义和历史唯物主义思想的认识论和方法论。仲景据此创立的疾病脉证系统辨证法——六元辨证（即今所谓六经辨证），千百年来指导历代医家创造了一个又一个医学奇迹，而且历久弥新，魅力无穷。
我们无法厚非前贤，却可以痛下苦工，重新学习经典，使《内经》和中医科学研究回到自己的轨道上来。