自20世纪90年代初以来，我开始研究阴阳五行的数学理论。1995年创造“新概念五行图”及“世界全息太极图”，1999年创立“哲理数学”，2007年建立哲理数学的分支学科“阴阳五行数学”。基于新概念五行图构建的“阴阳五行数学”研究于2004～2009年纳入国家“973”计划，建立了阴阳五行逻辑和河图、洛书公式体系。根据这个公式体系，不仅可以反推中医经典名方，而且可以探索新的处方；对中医的治疗方法从逻辑检验的角度进行严格的证明或发现其不足之处。
2007年由科学出版社出版41万字著作《阴阳五行数学及其在中医学上的应用》，创立哲理数学的分支学科——阴阳五行数学。2009年由科学出版社出版56万字著作《阴阳五行数学与中医辨证论治现代化》，为中医数学化和辨证论治规范化奠定了基础，还创造了“基于阴阳五行数学的中医应用软件”。这些成果标志着阴阳五行数学的研究向前迈出三大步：一是与中医基础理论相结合，可对中医基础理论进行圆满的数学诠释。二是与应用相结合，推出“阴阳五行生理公式”，揭示出人体生理活动的普遍规律，由之既可从逻辑检验的角度对中医的治疗方法进行严格的数学论证，又可由既病推断未病和推导处方。三是与计算机相结合，可利用计算机由既病推断未病和推导处方。
这些研究将原来靠思辨的东西变成用公式推导的东西，将原来靠经验的东西变成有规律可循，具有可操作性的东西，将隐性的东西变成显性的东西，不仅对中医学赋予现代科学特征，使之有可能跻身现代科学行列，而且为中医辨证论治规范化和现代化奠定了基础。特别是将整体思维与分析思维相结合，容易为习惯于分析思维的西方人所理解，从而为中医走向世界架起一座桥梁。
证候的生物学基础、方剂的作用机理是中医药现代研究的难点。我通过多年的研究，以生物分子网络为切入点，从网络药理学、系统生物学角度提出“网络靶标”这一新的概念与方法。即从网络的角度理解复杂病证的分子机制，将病证分子网络作为治疗靶标，设计合理的药物干预方式，同时利用网络靶标筛选、发现合理的药物或方剂。
网络靶标的基本思路“网络”是机体复杂生物系统的构建基础。“网络靶标”旨在将病证生物分子网络当作靶标，由此设计和预测最佳的药物干预方式。网络靶标方法的重点是将方药、病证映射于生物分子网络，以网络为基础建立方药与病证关联机制。这里的“方药”指中药、方剂里成分清楚的化合物或其集合，或现代化学药物；“病证”指具有分子基础的疾病、证候或有关表型；“生物分子网络”主要是基因及基因产物等生物分子之间通过复杂相互作用形成的网络，也可拓展到以生物分子为基础的信号通路网络、生物过程网络、组织网络等。
网络靶标方法具体而言，即以病证生物分子网络的关键环节为靶标，通过衡量方药成分的靶标谱与病证分子网络关键环节的关系，发现中药方剂的药效物质及其作用机制；通过分析方剂所含成分的靶标在网络上的分布规律，来探索药性、君臣佐使、七情合和等方剂特色内涵的网络特征；进一步地，利用这种网络特征来预测组方用药的临床生物标志，并利用所发现的规律来进行组方用药的理性设计。（本版文章由本报记者白晓芸整理）